BIOINFO3 - Lezione 321 ACCESSO REMOTO AL SERVER SIBILLA Attraverso Internet è possibile accedere al server sibilla.cribi.unipd.it. Potrete così effettuare.

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1 BIOINFO3 - Lezione 321 ACCESSO REMOTO AL SERVER SIBILLA Attraverso Internet è possibile accedere al server sibilla.cribi.unipd.it. Potrete così effettuare delle prove di SQL, HTML e Perl direttamente da casa prima dellesame o anche completare le esercitazioni Tramite una connessione criptata (SSH) è possibile avere sul proprio computer (sia in ambiente UNIX, sia in ambiente WINDOWS) un terminale per lavorare su sibilla.cribi.unipd.it anche da casa. Sul terminale è sufficiente digitare la propria login e password

2 BIOINFO3 - Lezione 322 ACCESSO REMOTO CON SSH Da LINUX è sufficiente usare il comando ssh: Per windows potete utilizzare questi due programmi: WinSCP: permette di copiare files dal client al server e viceversa Putty: ssh Potete scaricarli al seguente indirizzo: http://www.jfitz.com/tips/ssh_for_windows.html

3 BIOINFO3 - Lezione 323 PUTTY Il più semplice è putty, molto piccolo (300k) e quindi rapido da scaricare, è già pronto per essere eseguito (putty.exe) da windows. 123 4

4 BIOINFO3 - Lezione 324 WinSCP

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6 6 SOTTOPROBLEMI Con questa lezione concludiamo la panoramica sul Perl. Abbiamo visto insieme gli strumenti necessari per scrivere dei programmi in grado di risolvere problemi bioinformatici. Oggi vedremo come Perl permetta lesecuzione di subroutine e di altri programmi. Vi avevo già accennato che lapproccio utilizzato comunemente per scrivere un programma che deve risolvere un problema è quello di spezzare il problema in sottoproblemi più semplici e tentare di risolvere questi ultimi singolarmente (approccio top-down). problema sottoproblema 1 sottoproblema 2 sottoproblema 3 problema

7 BIOINFO3 - Lezione 327 PROGRAMMI ESTERNI Può capitare (quasi sempre…) che un sottoproblema che ci interessa risolvere sia già stato risolto da altri con la scrittura di un programma. Ad esempio il problema della ricerca delle sequenze più simili ad una sequenza query presenti in un database di sequenze è già stato abbondantemente studiato e risolto e numerosi programmi sono a disposizione per questo scopo. Ove possibile si tenterà perciò sempre di utilizzare i programmi già esistenti e il nostro programma risolverà quindi tali sottoproblemi semplicemente chiedendo lesecuzione di un programma esterno già belle pronto. sottoproblema 1 sottoproblema 2 sottoproblema 3 programma esterno Problema della riusabilità del software: cercare di scrivere dei programmi che siano facilmente riutilizzabili da altre persone o anche per altri problemi

8 BIOINFO3 - Lezione 328 SUBROUTINE Unaltra possibilità è quella di riuscire a risolvere più sottoproblemi con una stessa porzione di codice (con lo stesso pezzetto di programma). In questo caso non avrebbe senso riscrivere più volte le stesse istruzioni ed infatti queste vengono scritte una volta sola, definendo una SUBROUTINE, che potrà poi essere eseguita ogni qualvolta sia necessario nel programma sottoproblema 1 sottoproblema 2 sottoproblema 3 programma subroutine

9 BIOINFO3 - Lezione 329 SUBROUTINE La differenza tra chiamata di subroutine e chiamata di programmi esterni consiste nel fatto che le subroutine sono generalmente scritte nello stesso linguaggio e nello stesso file in cui è scritto il resto del programma. Sono, anche fisicamente, una parte vera e propria del programma. In realtà è possibile avere delle subroutine in altri file e addirittura in altri linguaggi (ad esempio in assembler per eseguire in modo molto veloce determinate operazioni time-consuming). Quando però il programma viene compilato allora il programma principale e le subroutine sono comunque raggruppate assieme e vanno a formare un unico file eseguibile. Al momento dellesecuzione avremo quindi lesecuzione di un unico programma. Può essere molto utile usare delle subroutine anche per evidenziare meglio i vari sottoproblemi dedicando ad esempio una subroutine per ciascuno di essi. In questo caso le subroutine saranno eseguite solamente una volta ciascuna, ma daranno immediatamente lidea delle parti che compongono il programma.

10 BIOINFO3 - Lezione 3210 PROGRAMMI ESTERNI Nel caso di un programma esterno, invece, verrà eseguito sia il nostro programma, sia tutti quelli esterni, richiesti dal nostro. Ogni programma esterno sarà eseguito da un nuovo processo di sistema operativo, diverso da quello che sta eseguendo il nostro programma. A seconda delle modalità di attivazione potremo avere che mentre il programma esterno è in esecuzione, il nostro programma venga momentaneamente interrotto, oppure che essi siano contemporaneamente in esecuzione (in parallelo). Anche le modalità di acquisizione dei risultati prodotti dal programma esterno possono essere variabili. I risultati potrebbero essere restituiti al programma chiamante direttamente in una stringa (e in tal caso il programma chiamante dovrà sicuramente essere interrotto e ripartirà solo quando il programma esterno è stato interamente eseguito). Oppure i risultati potrebbero essere salvati in un file, che poi il programma si preoccuperà di utilizzare

11 BIOINFO3 - Lezione 3211 RICAPITOLANDO… Chiamata di subroutine Chiamata di programma esterno Programma Chiamata di subroutine Programma esterno subroutine Da un programma possiamo chiamare sia subroutine sia programmi esterni