Attività LIBI e BioinfoGRID (+Archeogrid) da settembre ad oggi Giorgio Maggi INFN e Dipartimento Interateneo di Fisica - Politecnico di Bari 7 marzo 2007.

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1 Attività LIBI e BioinfoGRID (+Archeogrid) da settembre ad oggi Giorgio Maggi INFN e Dipartimento Interateneo di Fisica - Politecnico di Bari 7 marzo 2007

2 G. Maggi 7 marzo 2007 BioinfoGRID: Le persone BIOINFOGRID (UE)  Coordinatore: ITB (Milano) - Prof Luciano Milanesi  Sezioni partecipanti: Bari, Catania, Padova  Personale funded: Antonio Pierro, Giuseppe La Rocca, Cristina Aiftimei unfunded: G. Maggi, A. Tulipano, G. Donvito, V. Dudhalkar, R. Barbera, GILDA team  Attività: dissemination e training, supporto agli utenti ed alle applicazioni Valutazione dei tool e dei servizi disponibili sull’infrastruttura di GRID

3 G. Maggi 7 marzo 2007 BioinfoGRID: l’attività Due deliverables  D6.1 Plan to rise the Grid awareness inside the bioinformatics community, including training plan WP6 INFN M 3 31 Mar 2006  D6.2 Report on the evaluation of the services provided by the European Grid Infrastructure on the basis of the collection of the requirements WP6, INFN, M9, 30 Sept 2006 Una milestone  M6.1 Introductory GRID technical course completed INFN PM3 Project Review  Bruxelles 5 febbraio 2005

4 G. Maggi 7 marzo 2007 BioinfoGrid reviewer reccomendation 1. The reviewers recommended the acceptance of all deliverables prepared and submitted during the reporting period (1st year of the project). 2.The reviewers recommended that the project should prepare a white paper at the end of the project that should address the subgroups of user communities such as medical informatics, bioinformatics, standardisation, biology, computational chemistry and biotechnology, and to provide to them guidelines and recommendations based on the experience and the results gained from the project especially through the activities of WP1, WP2, WP3, WP4 and WP5. 3.The reviewers recommended that the project should efficiently interact with the most related and respected bioinformatics institutions in Europe in a bilateral way that means: a.The dissemination of the potentiality of the use of Grids to the established bioinformatics community b.The access to the latest advances of the bioinformatics development to the BIOINFOGRID consortium. 4.The reviewers recommended that the project should prepare publications to highly respected journals related with the bioinformatics community. 5.The reviewers recommended that the project should strengthen and extend the liaison with other projects or more exploit results of past projects (e.g. PRIDEH, GEMMS) and focus on additional issues important for GRID, e.g. interoperability, security, privacy, data protection and standards. 6.The reviewers recommended that the project should increase effort to the dissemination and training activities. 7.The reviewers recommended that the work/results between the different work-packages should be better connected and their results to be shared by all BIOINFOGRID participants.

5 G. Maggi 7 marzo 2007 The Biomed Summer School 2007 Next training event: Varenna, Lake Como, Italy - 14 to 19 may 2007 School type event (one full week, ~30 students)  can serve several projects (BIOINFOGRID, EMBRACE, SwissBioGrid, EGEE and EGEE related projects, ICEAGE, regional projects….) Aim:  to provide biomedical application developers with the understanding and skills to develop or port applications for use in gird environments. Being advertised on the BioinfoGRID Site. Most of the program already defined

6 G. Maggi 7 marzo 2007 LIBI: le persone LIBI (FIRB): Laboratorio Internazionale di BioInformatica  Coordinatore: ITB (Bari) - Prof Cecilia Saccone  Inizio progetto: 12 settembre 2005, Durata: 4 anni  Sezioni partecipanti: Bari, Cnaf, Padova, (Catania)  Personale funded : G. Donvito, L. Carota, M. Verlato unfunded: G. Maggi, R. Gervasoni, S. My, G. Selvaggi, V. Dudhalkar, J. Atul  Attività: realizzazione dell’Infrastruttura di grid alla base del Laboratorio

7 G. Maggi 7 marzo 2007 Attività LIBI+BioinfoGRID Gestione dell’infrastruttura di GRID e dei servizi centrali per le attività di bioinformatica (alcuni sono specifici, es. storage)  RB’s, VOMS server, UI’s, Genius UI, LFC, MySQL servers, gridICE server… Gli script per il download, l’indicizzazione e la pubblicazione (LFC) di DB bioinformatici su Flat files. L’accesso trasparente ai DB su Flat files: valutazione di Parrot e Fuse + sviluppo del GFAL plug-in Sviluppo del tool di sottomissione dei job (JST) Portale Genius  Accesso con il certificato di Portale  Sottomissione job a DEISA+EGEE

8 G. Maggi 7 marzo 2007 Attività LIBI+BioinfoGRID FAF-Functional Analogous Finder: find genes with similar functionalities MultiBLAST on Demonstrator: an easy way to run BLAST multiple queries in a Grid infrastructure. Rosetta: a protein structure prediction method used to predict the three- dimensional structure of the “never born proteins”. CSTGrid: a whole genome comparison tool for the identification of coding and non-coding conserved sequences (submitted to EGEE User forum). ASPic: Alternative Splicing Prediction on EGEE infrastructure (submitted to EGEE User forum). PAML and MrBayes application on the EGEE infrastructure (submitted to EGEE User forum). Massively evolutionary task by BLAST on grid. (submitted to EGEE User forum). DNAfan: a software tool for automated extraction and analysis of user-defined sequence regions

9 G. Maggi 7 marzo 2007 Comparative evaluation of tools providing access to different types of data resources exposed on the Grid Tools sotto test  OGSA-DAI (UK product)  GRelC (Università di Lecce)  G-DSE (INFN-INAF Trieste) Attualmente:  OGSA-DAI servers+ clients: Bari, Padova, CNAF  GRelC servers: Università di Lecce clients: Lecce, Bari, Gilda, CNAF In progress:  Setting up del testbed Bari, Lecce, Trieste (server OGSA-DAI, GRelC, G-DSE- più client) CNAF, Catania, Padova (Client +….)  Definizione della procedura di test condivisa Tre db attaccati ai tre tools (bioinformatici, astrofici, generici) Risultati attesi per fine aprile (submitted to EGEE User forum).

10 G. Maggi 7 marzo 2007 Pubblicazioni “bio” Donvito G., Tulipano A., Maggi G., Gisel A. A GRID challenge to find functional analogous gene products Proceedings of the NETAAB06 International workshop 2006 103-108 Aiftimiei, C. - Barbera, R. - Carota, L. - De Filippis, N. - Donvito, G. - Falzone, A. - Pierro, A. - Tulipano, A. - La Rocca, G. - Maggi, G. P. - Verlato, M. Multi BLAST on Demonstrator: an easy way to run BLAST in a Grid infrastructure CAPI 2006 Convegno Calcolo ad Alte Prestazioni in Italia "Biocomputing” http://convegni.cilea.it/conf/viewabstract.php?id=154&cf=9 DONVITO, G. - DUDALKAR, V. - MAGGI, G. Enabling bioinformatics applications to access files over the grid via a GFAL plugin to Parrot EGEE'06 25-29 September 2006 http://indico.cern.ch/contributionDisplay.py?contribId=218&sessionId=130&confId=1504 A. Tulipano, C. Marangi, L. Angelini,M. Pellicoro, G. Donvito, G. Maggi, A. Gisel Genes Clustering on large, mixed microarray data set BITS 2006 Abstract 111 http://www.biocomp.unibo.it/bits2006/Abstract_pdf.pdf

11 G. Maggi 7 marzo 2007 Valutazione ed upgrade di GridICE Novità  Upgrade alla nuova versione di LEMON  Interfaccia al GOC (handling del down time)  LRMSInfo con un inizio di supporto SLA  Usage metering  Monitoring dell’uso delle risorse con il dettaglio dei gruppi e ruoli VOMS e a livello utente  Selezione delle informazioni mostrate sulla base dell’dentità e del ruolo dell’utente  FTS monitoring e storage monitoring

12 G. Maggi 7 marzo 2007 Valutazione ed upgrade di GridICE Pisa su un periodo di due mesi LNL su un periodo di un mese

13 G. Maggi 7 marzo 2007 ArchaeoGRID Groups in EUMEDGrid Multidisciplinary Groups with experience in scientific fields needed for ArchaeoGRID project  Italy Florence –INFN, CSDC-University of Florence, ISC-CNR »Archaeology, Archaeological GIS, Geostatistical and Spatial Analysis, Multi-Agent Based Model Simulation, Paleoclimate, GRID experience  Morocco Fez –University of Al Karaouine »Archaeology, Geology, Cartography, Paleontology Casablanca – Hassan II Ain Chok University »Anthropology, Paleontology Meknes –Moulay Ismail university »Paleontology, Quaternary Stratigraphy  Malta –University of Malta »Prehistory,Malta and the Mediterranean, Roman Malta, GRID experience

14 G. Maggi 7 marzo 2007 ArchaeoGRID Groups in EUMEDGrid Multidisciplinary Group with experience in scientific fields needed for ArchaeoGRID project: other contacts  Palestine Nablus –An-Najah National University »Archaeology, Computer Science  Syria Damascus –Directorate General of Antiquities and Museums »Information Technologies We are waiting answers from:  Algeria, Cyprus, Israel, Jordan, Tunisia,Turkey