ViralPack: Un pacchetto integrato di bioinformatica su Genius

Presentazione sul tema: "ViralPack: Un pacchetto integrato di bioinformatica su Genius"— Transcript della presentazione:

1 ViralPack: Un pacchetto integrato di bioinformatica su Genius
Alessandro Lombardo*, Annamaria Muoio, Gaetano Lanzalone, Marcello Iacono Manno *Consorzio COMETA-Università degli Studi di Catania Incontro finale con referee del progetto PI2S2 Palermo,

2 Il problema scientifico
Luogo, Evento, dd.mm.aaaa

3 Il problema scientifico
CMV (Cucumber mosaic virus) TYLCV (Tomato yellow leaf curl virus) TYLCSV TSWV Tomato yellow leaf curl sardinia virus) (Tomato spotted wilt virus) CTV (Citrus tristeza virus) Luogo, Evento, dd.mm.aaaa

4 ViralPack workflow Luogo, Evento, dd.mm.aaaa

5 Porting Applications:
ClustalW is an execution MPI job on the Grid of data analysis program for multiple alignments TOPALi and Splitstree programs run as interactive jobs on the Grid Knetfold application runs as a parametric job Luogo, Evento, dd.mm.aaaa

6 GENIUS CLUSTALW Luogo, Evento, dd.mm.aaaa

7 GENIUS KNETFOLD Luogo, Evento, dd.mm.aaaa

8 Vantaggi Sequences alignement time by ClustalW
Elapsed time for the ClustalW-MPI results of 9 Citrus Tristeza Virus complete genome as a function of the number of processor. Luogo, Evento, dd.mm.aaaa

9 Vantaggi Luogo, Evento, dd.mm.aaaa

10 GriDock MPI master node
Output files GriDock MPI master node Database Receptor VEGA AutoDock 4 Node 2 Node n Node loop MPI Node 1 Luogo, Evento, dd.mm.aaaa

11 Pubblicazioni C. M. Iacono-Manno, M. Fargetta, R. Barbera, A. Falzone, G. Andronico, S. Monforte, A. Muoio, R. Bruno, P. Di Primo, S. Orlando, E. Leggio, A. Lombardo, G. Passaro, G. De Francisci-Morales, S. Blandino The Sicilian Grid Infrastructure for High Performance Computing International Journal of Distributed Systems and Technologies (IJDST) , 1(1), 40-54, January-March 2010 A. Lombardo, G. Lanzalone, A. Muoio, M. Iacono-Manno Performance of ViralPack applications on PI2S2 Grid infrastructure Proceeding del workshop finale dei progetti Grid del PON “Ricerca” Avviso Catania febbraio 2009 A. Pedretti, A. Lombardo, G. Vistoli, E. Mastriani, F. Pappalardo, S. Motta Porting of a docking application on PI2S2 Grid infrastructure. M. Iacono-Manno, M. Fargetta, R. Barbera, G. Andronico, A. Falzone, S. Monforte, A. Muoio, P. Di Primo, S. Orlando, E. Leggio, A. Lombardo, G. Passaro, G. De Francisci-Morales, S. Blandino Sicilian Grid Infrastructures towards High Performance Computing Luogo, Evento, dd.mm.aaaa

12 Pubblicazioni A. Lombardo, G. Lanzalone, A. Muoio , M. Iacono-Manno
GRID as a bio-informatic tool in plant virology investigation. Proceeding Grid open day-University of Palermo (2008) pag. 105 ISBN: M.G. Bellardi, S. Davino, A. Lombardo, M. Davino Biological and molecular characterization on the basis of the movement protein gene of Cucumber mosaic virus isolates from medicinal and aromatic plants in Italy. Physiological and Molecular Plant Pathology (2008) (submitted) G. Lanzalone, A. Lombardo A. Muoio , M. Iacono-Manno,. Porting of bioinformatic tools for plant virology on a computational grid. Proceedings of the Third Conference of the EELA Project (2007) pp R. Gavela, B. Marechal, R. Barbera et al. (Eds.) CIEMAT ISBN S. Davino, A. Lombardo, M.Davino, M.G. Bellardi Analysis of a natural population of Cucumber mosaic virus infecting medicinal plants. Journal of Plant Pathology (2009) in press. A. Lombardo, G. Lanzalone, A. Muoio, M. Iacono-Manno, R. Barbera ViralPack: un pacchetto software, basato sulla GRID, per indagini in virologia vegetale. Conferenza nazionale e-science 2008, Maggio 2008, Napoli. A.Lombardo, S. Davino, M. Iacono Manno and A. Muoio A high computing bioinformatic approach based on GRID for detecting recombination in whole Citrus Tristeza Virus genomes. Journal of Plant Pathology (2007), 89 (3, supplement ) pag. 45. Luogo, Evento, dd.mm.aaaa