Tassonomia È la scienza che studia e mette in evidenza le relazioni naturali tra microrganismi: la tassonomia si occupa della caratterizzazione, nomenclatura.

Presentazione sul tema: "Tassonomia È la scienza che studia e mette in evidenza le relazioni naturali tra microrganismi: la tassonomia si occupa della caratterizzazione, nomenclatura."— Transcript della presentazione:

1

2 Tassonomia È la scienza che studia e mette in evidenza le relazioni naturali tra microrganismi: la tassonomia si occupa della caratterizzazione, nomenclatura e classificazioni dei microrganismi

3

4

5

6 donimi>phyla>classi>ordini>famiglie>generi>specie
Tassonomia Classificazione filogenetica o naturale donimi>phyla>classi>ordini>famiglie>generi>specie Tassonomia numerica

7 Tassonomia batterica e filogenesi batterica
Concetto di specie Sequenza rRNA 16S >97% Ibridazione DNA/DNA > 70%

8 Relazione tra rRNA e Ibridazione DNA/DNA

9 Tassonomia polifasica

10 Classificazione naturale o filogenetica
Orologi evolutivi  orologio molecolare Caratteristiche: Distribuito universalmente Funzionalmente omologa Presenza di regioni conservate Cambiamenti nella sequenza = cambiamenti evolutivi

11 RNA ribosomiale 16S

12 Sequenze di RNA ribosomale come strumento dell’evoluzione molecolare

13 Nella sequenza del gene 16S rRNA si riconoscono diverse regioni: •regioni CONSERVATE universali, che hanno la stessa sequenza in tutti i batteri •regioni SEMICONSERVATE, che hanno sequenza uguale tra batteri dello stesso taxon• regioni VARIABILI, che hanno la stessa sequenza tra batteri appartenenti alla stessa specie Confrontando la sequenza di questo gene di diversi batteri è possibile:• Quantificarne la DISTANZA FILOGENETICA: determinare a che punto dell’evoluzione 2 organismi si sono differenziati •Determinare la diversità tra gli organismi •Identificare un batterio: se 2 organismi hanno 16S rRNA con più del 97% delle basi omologhe, appartengono alla stessa specie

14

15

16 Ibridazione DNA/DNA

17

18 Spettrofotometro

19 Dominio dei batteri

20 Proteobatteri

21 Proteobatteri (alcuni esempi)
Batteri rossi fotosintetici (sulfurei e non sulfurei) Batteri chemiolitotrofi autotrofi (nitrificanti, solfobatteri, ferrobatteri) Batteri chemiorganotrofi eterotrofi ad esempio: Batteri Gram-negativi aerobi facoltativi (batteri enterici) Batteri azotofissatori aerobi simbionti (rizobi) Batteri azotofissatori aerobi non simbionti(spirilli) Pseudomonadi (Pseudomonas, Burkholderia, Zymmonas, etc.)

22 Cianobatteri

23

24

25 Batteri Gram positivi Basso GC (Firmicutes) Alto GC (Actinobacteria)
Clostridium, Bacillus Streptococcus, Lactobacillus Alto GC (Actinobacteria) Attinomiceti (corinobatteri, streptomiceti, Frankia)

26 Attinomiceti Batteri Gram +, Filamentosi (formazione di ife spesso settate), habitat suolo, formazione di spore, capacità metaboliche peculiari.

27

28 Dominio degli Archea

29 H2 H2 Legami chimici nei lipidi. A) Il legame estere si trova nei Batteri e negli e Eucarioti. B) il legame etere si trova nei fosfolipidi degli Archea. C) isoprene, elemento fondamentale delle catene laterali ( R ) dei lipidi degli Archea, al contrario nei batteri e negli Eucarioti le catene laterali sono costituite da acidi grassi

30 Parete cellulare degli Archea
Non è presente il peptidoglicano ma pseudomureina N –acetilglucosamina N-acetil talosaminuronico Legame β 1-3 glucosidico (no lisozima)

31

32 Hypersaline habitats for halophilic Archaea
Hypersaline habitats for halophilic Archaea. (c) Lake Hamara, Wadi El Natroun, Egypt. A bloom of pigmented haloalkaliphiles is growing in this pH 10 soda lake. Note the deposits of trona (Na2CO3) around the edge of the lake

33 Habitats of hyperthermophilic Archaea
Habitats of hyperthermophilic Archaea. (b) Sulfur-rich hot spring, a habitat containing dense populations of Sulfolobus. The acidity in solfataras and sulfur springs comes from the oxidation of H2S and S0 to H2SO4 (sulfuric acid) by Sulfolobus and related prokaryotes