PubMed Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca Polo centrale, Policlinico.

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1 PubMed Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca Polo centrale, Policlinico

2 PER INIZIARE AVERE CHIARO L’ARGOMENTO E LO SCOPO DELLA RICERCA
SCEGLIERE LA/LE BANCA/HE DATI INDIVIDUARE LE PAROLE CHIAVE DA UTILIZZARE IMPOSTARE LA RICERCA Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca Polo centrale, Policlinico

3 OTTIMIZZARE LA RICERCA
MASSIMIZZARE IL RICHIAMO NUMERO DOCUMENTI PERTINENTI RECUPERATI NELLA RICERCA / NUMERO DOCUMENTI PERTINENTI ESISTENTI IN BANCA DATI RIDURRE AL MINIMO IL RUMORE NUMERO DOCUMENTI NON RILEVANTI RECUPERATI PERTINENZA = entità oggettiva RILEVANZA = entità soggettiva RICHIAMO = RECUPERARE TUTTI I DOC. RILEVANTI PRECISIONE = RECUPERARE SOLO I DOC. RILEVANTI RUMORE = DOC. NON RILEVANTI RECUPERATI SILENZIO = DOC. RILEVANTI NON RECUPERATI RICHIAMO= DOC. PERTINENTI RECUPERATI NELLA RICERCA / DOC. PERTINENTI ESISTENTI IN BANCA DATI PRECISIONE = DOC. PERTINENTI RECUPERATI NELLA RICERCA / DOCUMENTI PERTINENTI O NO - DOVE NO = RUMORE - RECUPERATI NELLA RICERCA Richiamo e precisione sono 2 parametri inversamente proporzionali Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca Polo centrale, Policlinico

4 BANCHE DATI: struttura
L’UNITA’ CARATTERISTICA DELLE BANCHE DATI E’ IL RECORD IL RECORD E’ COMPOSTO DA SUB-UNITA’ DETTE CAMPI Le banche dati BIBLIOGRAFICHE forniscono il record COMPLETO DI abstract, quando disponibile L’UNITA’ DI STRUTTURA CARATTERISTICA e’ un elemento ripetitivo il cui schema viene stabilito dal produttore del data base anche in rapporto alle caratteristiche di contenuto. Cio’ significa che all’interno di ogni record I campi vengono stabiliti secondo uno standard costante e invariabile. Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca di Medicina Veterinaria

5 PUBMED: COSA CONTIENE? Banca dati Medline
Citazioni di articoli che non rientrano nelle discipline normalmente trattate in Pubmed (es. Astrofisica), ma pubblicati in periodici indicizzati in Pubmed Citazioni relative ad articoli pubblicati in alcuni periodici di scienze naturali che inviano i propri lavori all’archivio Open Access PubmedCentral di NLM   Citazioni relative a libri elettronici contenuti nell’archivio Bookshelf di NLM

6 DATI 1 Ogni giorno vengono aggiunti tra i 2000 e i 4000 record (>700mila L’anno) I dati raccolti partono dal 1966 (+ OldMedline ) Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca di Medicina Veterinaria

7 DATI 2 COMPRENDE OLTRE 27 MILIONI DI CITAZIONI BIBLIOGRAFICHE ESTRATTE
DA CIRCA PERIODICI BIOMEDICI 90% CIRCA DEI RECORD FA RIFERIMENTO AD ARTICOLI PUBBLICATI IN LINGUA INGLESE 48 % PUBBLICATI NEGLI U.S.A. 52% PUBBLICATI IN ALTRI 70 PAESI 4.600 PERIODICI BIOMEDICI PUBBLICATI NEGLI U.S.A. E IN ALTRI 70 PAESI DI CITAZIONI IN GRAN PARTE IN LINGUA INGLESE IL 52% CIRCA DEI RECORDS È COMPLETO DI ABSTRACT Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca di Medicina Veterinaria

8 STATO DEL RECORD [Publisher] = Inviati in maniera automatica dagli editori. Sono compresi gli [Epub ahead of print] [In-process]= Presi in carico, ma non ancora indicizzati [Indexed for MEDLINE]= RECORD COMPLETATO con MeSH, eventuali correzioni, ECC. Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca Polo centrale, Policlinico

9 DISCIPLINE COPERTE MEDICINA NUTRIZIONE ODONTOIATRIA SANITÀ PUBBLICA
INFERMIERISTICA E DISCIPLINE COLLATERALI MEDICINA VETERINARIA Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca Polo centrale, Policlinico

10 MY NCBI

11 STRUMENTI DI RICERCA OPERATORI BOOLEANI CARATTERI SPECIALI
CODICI DEI CAMPI THESAURUS Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca Polo centrale, Policlinico

12 OPERATORI BOOLEANI SEMPRE IN CARATTERE MAIUSCOLO
AND I RECORDS CHE CONTENGONO sia A che B OR I RECORDS CHE CONTENGONO A, B, e sia A che B NOT A ma non B A B A B Questi sono gli operatori messi a disposizione anche dall’interfaccia A B Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca Polo centrale, Policlinico

13 ESECUZIONE DEI BOOLEANI
QUANDO SI UTILIZZANO PIU’ BOOLEANI L’ORDINE CON CUI SONO ESEGUITI IN PUBMED È DA SINISTRA VERSO DESTRA TALE ORDINE DI RICERCA PUÒ ESSERE MODIFICATO CON LE PARENTESI: SONO ESEGUITI PER PRIMI I TERMINI TRA PARENTESI, POI COMBINATI CON GLI ALTRI ES.: INFLUENZA AND (VACCINE OR VACCINATION) Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca Polo centrale, Policlinico

14 CARATTERI SPECIALI SIMBOLO DESCRIZIONE ESEMPIO *
SIMBOLO DI TRONCAMENTO PER CERCARE TUTTI I TERMINI CHE INIZIANO CON UNA CERTA RADICE. UN TERMINE TRONCATO NON VIENE CERCATO NEI MeSH HISTOLOG* “…” PER CERCARE FRASI INTERE (O PAROLE ADIACENTI). “HUMAN OSTEOBLASTIC CELLS” @ oppure ‘’…’’ PER LA RICERCA ESATTA DI NOMI DI PERSONA ROSSI oppure ‘’ROSSI C’’[AU] non recuperano: Rossi CA, CB, etc. […] LE ETICHETTE DI CAMPO DEVONO ESSERE INCLUSE TRA PARENTESI QUADRE E SEGUIRE IL TERMINE DA CERCARE ASTHMA[MH] Il simbolo di troncamento disattiva l’automatic term mapping Frasi: altrimenti I termini devono essere limitate ad un campo, senza inserire operatori booleani; in questo modo I singoli termini vengono ricercati in sequenza. Anche cio’ comporta l’esclusione dell’automatic term mapping Genitivo sassone: es.: crohn disease per crohn’ s disease @ : es.: smith trovera’ solo smith j e non ja, jb,jc … Date: devono essere cercate nella forma YYYY/MM/DD [edat] (o [dp]) dove mese e giorno sono facoltativi; per cercare un range temporale separare le date con : es.: 1993:1995 [edat] Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca Polo centrale, Policlinico

15 RICERCA PER CAMPI IDENTIFICARE OGNI TERMINE DELLA RICERCA CON IL CODICE DEL CAMPO IN CUI RICERCARLO ES. HYPERTENSION [TI]

16 THESAURUS – MESH 1 Vocabolario controllato dei descrittori (sinonimi, acronimi e varianti di lingua vengono normalizzati con un unico termine) Strutturato ad albero (DAL GENERALE AL PARTICOLARE) Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca Polo centrale, Policlinico

17 THESAURUS – MESH 2 I TERMINI MESH SONO AGGIORNATI ANNUALMENTE
NEL 2017 SONO STATI AGGIUNTI 627 DESCRITTORI, 3 SONO STATI CANCELLATI E 35 MODIFICATI CON VOCI PIU’ AGGIORNATE COMPLESSIVAMENTE AL 2017 IL THESAURUS E’ COMPOSTO DA DESCRITTORI

18 THESAURUS – MESH 3 LA STRATEGIA DI RICERCA PUÒ AVVANTAGGIARSI DELLE
SEGUENTI OPZIONI: MAJOR TOPIC (TERMINE PRINCIPALE) ESPLOSIONE O NON ESPLOSIONE DEL TERMINE USO DEI SOTTO DESCRITTORI

19 MESH SUBHEADINGS (SOTTODESCRITTORI)
Riducono il numero di record recuperati, MA FOCALIZZANO LA RICERCA A ogni termine mEsh corrispondono solo i subheadings che lo riguardano Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca Polo centrale, Policlinico

20 PAUSA Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca Polo centrale, Policlinico

21 INIZIARE LA RICERCA Dopo aver inserito il termine di ricerca, il sistema suggerisce una lista di termini a partire da quello inserito Non è una lista esaustiva Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca Polo centrale, Policlinico

22 AUTOMATIC TERM MAPPING.1
UNO O PIU’ TERMINI LIBERI SONO CERCATI NEL SEGUENTE ORDINE ALL’INTERNO DI: MeSH TRANSLATION TABLE JOURNAL TRANSLATION TABLE FULL AUTHOR TRANSLATION TABLE AUTHOR INDEX FULL INVESTIGATOR TRANSLATION TABLE INVESTIGATOR INDEX E POI ANCHE IN [ALL FIELDS] Quando si inserisce un termine libero senza tag nè troncamento nel query box, Entrez lo ricerca attraverso l’automatic term mapping nelle: MeSH translation table (MeSH terms, MeSH Heading terms, MeSH Subheadings, Publication Type, Termini derivati dall’Unified Medical Language system UMLS, che presentano sinonimi o varianti in inglese, Supplementary concept substance names) journal translation table (Full journal title, Medline abbreviation, ISSN) author index (singole parole seguite da una o due lettere) per cercarne un riscontro anche con eventuali espressioni alternative indicizzate. Cliccando su details ci viene mostrata la traduzione effettuata. Es.: Vitamin H Se nessun record viene trovato la ricerca viene automaticamente rieseguita conbinando I singoli termini, cercati in tutti I campi, in AND L’inserimento del troncamento esclude l’automatic term mapping. Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca Polo centrale, Policlinico

23 AUTOMATIC TERM MAPPING.2
IN PRESENZA DI PIù termini GLI STESSI SONO COMUNQUE RICERCATI ANCHE SINGOLARMENTE E COMBINATI CON AND (ALLARGANDO molto la ricerca). Es.: "child rearing"[MeSH Terms] OR ("child"[All Fields] AND "rearing"[All Fields]) OR "child rearing"[All Fields] mA: AD ES. Protein C NON SARA’ RICERCATO ANCHE COME Protein[All Fields] AND C[All Fields]. Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca di Medicina Veterinaria

24 SEARCH DETAILS PERMETTE DI:
VEDERE COME UNA STRINGA È STATA TRADOTTA ATTRAVERSO L’AUTOMATIC TERM MAPPING MODIFICARE EVENTUALMENTE L’IMPOSTAZIONE E LANCIARE LA NUOVA STRATEGIA DA SEE MORE, CLICCANDO SU URL, E’ POSSIBILE SALVARE LA STRATEGIA COME LINK MEMORIZZABILE NEL BOOKMARK In PubMed Query box viene visualizzata la strategia di ricerca e la sintassi utilizzata. Sotto il risultato ottenuto. Per visualizzare I records cliccare sul numero oppure utilizzare back del browser. In translation ci viene mostrata la sintassi; in User query il termine come e’ stato introdotto. Per editare una strategia di ricerca nel box PubMed Query cliccarci dentro, aggiungere o cancellare termini e cliccare su search. Per salvare una strategia impostata cliccare su URL ed aggiungere l’indirizzo al bookmark. Le strategie che contengono # non possono essere salvate utilizzando l’url in quanto lo stato di questi numeri si cancella quando l’history viene cancellata. Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca Polo centrale, Policlinico

25 FILTERS Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca Polo centrale, Policlinico

26 SUBJECT FILTERS I «Subject filters» sono stati costruiti per la ricerca in alcuni campi specifici: AIDS, Bioethics, Cancer, Complementary medicine, History of medicine, Systematic reviews, Toxicology, Veterinary science Per ognuno è stata studiata una specifica strategia di ricerca, che può essere richiamata anche usando i rispettivi nomi (*)+ il codice [sb]. Es:asthma AND cam [sb] (*) aids, bioethics, cancer, cam, dietsupp, history, space, systematic, tox, veterinary

27 HISTORY LA STRATEGIA DI RICERCA
PERMETTE DI: EFFETTUARE UNA SERIE DI OPERAZIONI: UTILIZZARE GLI OPERATORI BOOLEANI PER COMBINARE I DIVERSI PASSAGGI CANCELLARE I SINGOLI PASSAGGI VISUALIZZARE I RISULTATI VISUALIZZARE I DETAILS (ECCETTO CHE IN CLIPBOARD) SALVARE IN MY NCBI LA STRATEGIA DI RICERCA (O I RECORD NELLA STRINGA CLIPBOARD) CANCELLARE TUTTA LA STRATEGIA CON CLEAR HISTORY Una volta raggiunte le 100 righe di strategia queste vengono automaticamente rimosse. La strategia si perde dopo un’ora di inattivita’ su PubMed o entrando su uno degli altri databases. Le righe possono non essere continue perche’ vengono spostate nei processi intermedi come ad es. La visualizzazione in formato diverso. Sconsigliato: combinare più stringhe di ricerca Utilizzare il numero di riga corrispondente preceduto da # Interporre l’operatore booleano Premere Go per visualizzare i risultati Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca Polo centrale, Policlinico

28 DISPLAY SETTINGS E’ POSSIBILE MODIFICARE:
L’ORDINAMENTO DELLE CITAZIONI (recentemente è stato introdotto Relevance) IL NUMERO DELLE CITAZIONI VISUALIZZABILI IN UNA PAGINA IL FORMATO DI VISUALIZZAZIONE (ricordare: MEDLINE riporta l’Original Title)

29 AMPLIARE LA RICERCA: Similar articles
Applica un algoritmo basato su TI, ABS e MESH TERMS Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca di Medicina Veterinaria

30 FORMATO ABSTRACT con link al full text e TROVAMI

31 SCARICARE LA VERSIONE ELETTRONICA
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32 SEND TO OPERAZIONI SUI RECORD
Text: per tornare alla visualizzazione normale back del browser; File: Max items o quelle selezionate in un formato selezionato. Per salvare le citazioni in HTML usare save as … del browser, cambiando l’estensione in html Clipboard: selezionare gli items e send to clipboard include le seguenti opzioni: format, sort, html o text e consente di aggiungere un messaggio Order: si puo’ ordinare ad una delle biblioteche del circuito PubMed. Per usufruire del servizio bisogna stipulare in anticipo un contratto con una Loansome Doc participating library; prima assicurarsi che non sia in PMC o che non presenti un link al full-text. Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca Polo centrale, Policlinico

33 CLIPBOARD PERMETTE DI:
CONSERVARE PER LA DURATA DELLA SESSIONE (MAX 8 ORE DI INATTIVITÀ) LE CITAZIONI SELEZIONATE DURANTE UNA O PIÙ RICERCHE ESEGUITE IN SEQUENZA INVIARE LE CITAZIONI A: IL NUMERO MASSIMO DI CITAZIONI CONSERVABILI PER 8 ORE È 500 EVENTUALI RECORD DOPPI SONO ELIMINATI IN “HISTORY” CLIPBOARD E’ PRESENTE ALLA RIGA #0 Per poterlo fare queste citazioni devono essere inviate a clipboard durante una o piu’ ricerche. #0 dovrebbe poter essere combinabile con altri termini ma quando ho provato non funzionava. Order per ordinare una copia full-text ad una biblioteca (ovviamente si paga) Le citazioni vengono conservate nell’ordine in cui sono state salvate ma possono essere riordinate con il tasto sort. Per eliminare un record dal clipboard inserire il flag corrispondente ed inviare a clip remove. Se si invia a clip remove senza aver inserito alcun flag viene rimosso tutto il clipboard In my NCBI si possono salvare fino a 1000 collezioni contenenti ciascuna max 1500 records Per eliminare il contenuto della clipboard selezionarla da send to cliccare su clip remove Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca Polo centrale, Policlinico

34 SINGLE CITATION MATCHER
PER COMPLETARE CITAZIONI PARZIALI SI PUÒ COMPILARE ANCHE UN SOLO CAMPO Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca Polo centrale, Policlinico

35 CLINICAL QUERIES Biblioteca Alberto Malliani, Polo didattico di Vialba - Biblioteca Polo centrale, Policlinico