VARIABILITA’ GENETICA

Presentazione sul tema: "VARIABILITA’ GENETICA"— Transcript della presentazione:

1 VARIABILITA’ GENETICA
Nelle popolazioni naturali la variabilità genetica (ovvero ereditaria) può essere di tipo qualitativo o quantitativo La variabilità qualitativa si riscontra in classi fenotipiche discrete (caratteri alternativi con eredità mendeliana) La variabilità quantitativa assume la forma di un intervallo fenotipico continuo La variabilità intra-specifica (tra individui) viene generata da mutazione (geniche e cromosomiche) e ricombinazione e viene valutata dal livello di polimorfismo genetico. Il livello di polimorfismo genetico in una popolazione viene valutato dalla frequenza degli alleli per specifici loci

2 Un esempio di variabilità qualitativa: l’emoglobina S

3 Variabilità qualitativa

4 Variabilità qualitativa
6° aa della catena  globinica: Glu Val

5 Variabilità quantitativa

6 Variabilità quantitativa
Istogrammi di frequenza con diverse classi di intervallo Curva della distribuzione continua: Moda Media Varianza

7 Relazione tra carattere mendeliano e carattere quantitativo
Distribuzioni singoli genotipi Distribuzione complessiva I 3 genotipi su cui l’ambiente ha diversa influenza determinano distribuzioni con diverse mode, medie e varianze Proporzioni diverse nella popolazione 1:2:3 (A/A, a/a, A/a) Che genotipo hanno le piante con quelle altezze?

8 Variabilità quantitativa
La maggior parte delle variazioni fenotipiche sono dovute a loci quantitativi (Quantitave Trait Loci, QTL) che contribuiscono con un certo effetto misurabile senza dimostrare dominanza o recessività di uno rispetto ad un altro. La maggior parte delle variazioni fenotipiche ha una eredità multifattoriale, ovvero determinata dall’interazione tra più geni (caratteri poligenici) con diversi fattori ambientali e di sviluppo

9 Determinazione fenotipica per interazione geni-ambiente

10 EQUILIBRIO DI HARDY-WEINBERG
Descrive la variabilità genetica nelle popolazioni e permette di predire le frequenze genotipiche conoscendo quelle alleliche Popolazione mendeliana con accoppiamento casuale per un gene con polimorfismo biallelico Locus: A Alleli: A1, A2 Genotipi: A1A1, A1A2, A2A2 Definiamo p la frequenza dell’allele A1 Definiamo q la frequenza dell’allele A2

11 Quadrato di Punnet Frequenze genotipiche della prole: A1A1 = p2
Spermatozoi allele A1 p A2 q frequenza A1 p A1A1 p2 A1A2 pq Frequenze genotipiche della prole: A1A1 = p2 A1A2 = 2pq A2A2 = q2 Cellule uovo A2 q A1A2 pq A2A2 q2 Relazione tra frequenze alleliche e genotipiche, locus biallelico: quadrato del binomio (espansione binomiale) (p + q)2 = p2 + 2pq + q2 = 1 allele frequenza

12 U Conoscendo le frequenze alleliche di un locus genico è possibile
Dipartimento di Biologia Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” Conoscendo le frequenze alleliche di un locus genico è possibile inferire la distribuzione delle frequenze genotipiche, a patto che:

13 U 1) L’organismo in questione sia diploide.
Dipartimento di Biologia Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” Conoscendo le frequenze alleliche di un locus genico è possibile inferire la distribuzione delle frequenze genotipiche, a patto che: 1) L’organismo in questione sia diploide.

14 U 2) La riproduzione sia sessuale.
Dipartimento di Biologia Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” Conoscendo le frequenze alleliche di un locus genico è possibile inferire la distribuzione delle frequenze genotipiche, a patto che: 1) L’organismo in questione sia diploide. 2) La riproduzione sia sessuale.

15 U 3) Le generazioni non si sovrappongano.
Dipartimento di Biologia Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” Conoscendo le frequenze alleliche di un locus genico è possibile inferire la distribuzione delle frequenze genotipiche, a patto che: 1) L’organismo in questione sia diploide. 2) La riproduzione sia sessuale. 3) Le generazioni non si sovrappongano.

16 U 4) L’accoppiamento sia casuale.
Dipartimento di Biologia Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” Conoscendo le frequenze alleliche di un locus genico è possibile inferire la distribuzione delle frequenze genotipiche, a patto che: 1) L’organismo in questione sia diploide. 2) La riproduzione sia sessuale. 3) Le generazioni non si sovrappongano. 4) L’accoppiamento sia casuale.

17 U 5) La dimensione della popolazione sia sufficientemente grande
Dipartimento di Biologia Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” Conoscendo le frequenze alleliche di un locus genico è possibile inferire la distribuzione delle frequenze genotipiche, a patto che: 1) L’organismo in questione sia diploide. 2) La riproduzione sia sessuale. 3) Le generazioni non si sovrappongano. 4) L’accoppiamento sia casuale. 5) La dimensione della popolazione sia sufficientemente grande

18 U 6) La migrazione sia trascurabile.
Dipartimento di Biologia Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” Conoscendo le frequenze alleliche di un locus genico è possibile inferire la distribuzione delle frequenze genotipiche, a patto che: 1) L’organismo in questione sia diploide. 2) La riproduzione sia sessuale. 3) Le generazioni non si sovrappongano. 4) L’accoppiamento sia casuale. 5) La dimensione della popolazione sia sufficientemente grande 6) La migrazione sia trascurabile.

19 U 7) La mutazione possa essere ignorata.
Dipartimento di Biologia Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” Conoscendo le frequenze alleliche di un locus genico è possibile inferire la distribuzione delle frequenze genotipiche, a patto che: 1) L’organismo in questione sia diploide. 2) La riproduzione sia sessuale. 3) Le generazioni non si sovrappongano. 4) L’accoppiamento sia casuale. 5) La dimensione della popolazione sia sufficientemente grande 6) La migrazione sia trascurabile. 7) La mutazione possa essere ignorata.

20 U 8) La selezione naturale non abbia influenza sul gene in esame.
Dipartimento di Biologia Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” Conoscendo le frequenze alleliche di un locus genico è possibile inferire la distribuzione delle frequenze genotipiche, a patto che: 1) L’organismo in questione sia diploide. 2) La riproduzione sia sessuale. 3) Le generazioni non si sovrappongano. 4) L’accoppiamento sia casuale. 5) La dimensione della popolazione sia sufficientemente grande 6) La migrazione sia trascurabile. 7) La mutazione possa essere ignorata. 8) La selezione naturale non abbia influenza sul gene in esame.

21 EQUILIBRIO DI HARDY-WEINBERG
Relazione tra frequenze alleliche e genotipiche, locus biallelico: quadrato del binomio (espansione binomiale) (p + q)2 = p2 + 2pq + q2 = 1

22 EQUILIBRIO DI HARDY-WEINBERG per un locus autosomico con due alleli
Dipartimento di Biologia Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” EQUILIBRIO DI HARDY-WEINBERG per un locus autosomico con due alleli (p + q)2 = p2 + 2pq + q2 = 1 q q2 (aa) p2 (AA) 2pq (Aa) Frequenze genotipiche p Se le frequenze alleliche sono comprese tra 1/3 (0,33) e 2/3 (0,66), gli eterozigoti saranno il genotipo più comune della popolazione. Hz max per p=q=0,5

23 U Dipartimento di Biologia Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” Una popolazione si dice in equilibrio di Hardy-Weinberg per un determinato locus se le sue frequenze genotipiche sono distribuite secondo la legge, o principio, di Hardy-Weinberg (1908). Se sono valide le condizioni predette, le frequenze genotipiche si mantengono costanti durante le generazioni Una popolazione non in equilibrio lo raggiunge dopo una generazione di matrimonio casuale Se le frequenze alleliche di una popolazione vengono stimate mediante l’analisi di un campione della popolazione stessa, le frequenze genotipiche osservate possono essere diverse da quelle attese per effetto del caso. L’accordo tra le frequenze osservate e quelle attese può essere stimato quantitativamente per mezzo del “test del 2”.

24 U Il valore di 2 si calcola come segue:
Dipartimento di Biologia Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” Il valore di 2 si calcola come segue: (numero osservato  numero atteso)2 2 =  (numero atteso)

25 U GENOTIPO +/+ +/- -/- totale Numero di individui 16 28 20 64
Dipartimento di Biologia Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” GENOTIPO +/+ +/- -/ totale Numero di individui Numero di alleli Numero di alleli Somma degli alleli + e Frequenza allelica di + = 60/128 = = p Frequenza allelica di - = 68/128 = = q

26 U GENOTIPO +/+ +/- -/- totale Numero di individui 16 28 20 64
Dipartimento di Biologia Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” GENOTIPO +/+ +/- -/ totale Numero di individui Numero di alleli Numero di alleli Somma degli alleli + e Frequenza allelica di + = 60/128 = = p Frequenza allelica di - = 68/128 = = q Frequenza attesa p2 2pq q2

27 U GENOTIPO +/+ +/- -/- totale Numero di individui 16 28 20 64
Dipartimento di Biologia Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” GENOTIPO +/+ +/- -/ totale Numero di individui Numero di alleli Numero di alleli Somma degli alleli + e Frequenza allelica di + = 60/128 = = p Frequenza allelica di - = 68/128 = = q Frequenza attesa p2 2pq q2 es: :1= x : x = x 64 = 14.1 Frequenza attesa assoluta Valore di 2 [(A - O)2/A] Gradi di libertà  = 1

28 Gradi di libertà = n° delle classi - 1 - n° parametri stimati da questi dati
n° di classi = 3 (date 3 classi solo 2 sono libere di variare, la terza è determinata) n° parametri stimati = 1 (frequenza di p o q) Gradi di libertà per l’equilibrio di H-W per due alleli = 1

29 U Dipartimento di Biologia
Università degli Studi di Roma “Tor Vergata”

30 U 12 = 0.955 Dipartimento di Biologia
Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” 12 =

31 U 12 = 0.955 Dipartimento di Biologia
Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” 12 =

32 U 12 = 0.955 Dipartimento di Biologia
Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” 12 =

33 U P > 0.05 non significativo 0,05 > P > 0.01 significativo
Dipartimento di Biologia Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” P > non significativo 0,05 > P > 0.01 significativo P < 0.01 altamente significativo

34 Il test del chi-quadro indica la probabilità che la differenza tra i valori osservati e quelli attesi sia dovuta al caso, ovvero permette di ottenere la probabilità che solo il caso possa produrre la differenza tra i valori attesi e quelli osservati E’ stato arbitrariamente scelto il valore P=0,05 come limite per accettare o rifiutare l’ipotesi nulla.

35 3, ,63 P 0, ,01 Quando la probabilità calcolata da tale test è alta (P>0,05) si assume che sia solo il caso a dare ragione di tale scarto, mentre, quando è bassa (P<0,05), si presume che qualche altro fattore diverso da esso, ossia un dato fattore significativo, abbia prodotto la differenza

36 Un valore di chi-quadro maggiore di quello corrispondente a P = 0,05 significa che nel 5% degli esperimenti, con un campione della stessa numerosità, la deviazione potrebbe essere dovuta al caso. Quindi, nel rifiutare l’ipotesi zero sbagliamo il 5% delle volte

37 In assenza di forze perturbanti la quantità di variabilità resta costante di generazione in generazione, con piccole oscillazioni casuali delle frequenze alleliche e genotipiche Attraverso il campionamento casuale è possibile stimare le frequenze degli alleli e calcolare la frequenza dei genotipi attesi. Il campione deve essere grande e rappresentativo Deviazioni dalle attese in base al principio di Hardy-Weinberg suggeriscono la presenza di cambiamenti genetici all’interno della popolazione (per es: selezione naturale contro un genotipo, inincrocio, deriva, mutazione direzionale)

38 Le forze che cambiano le frequenze alleliche

39 CALCOLO DEL CHI-QUADRATO
AA x aa Aa x Aa AA + Aa aa Tot Oss Att , ,5 chi-quadro = 2,0 gdl = 2 classi -1 = 1

40 Il test del c AaBb x aa bb c S c = (+15) + (+10) + (-15) + (-10) c 2
Ipotesi: i geni non sono associati e l’attesa dei genotipi è 1:1:1:1 2 AaBb x aa bb c 2 (Oss-Att) S = Att oss. att. AB ab Ab aB 2 2 2 2 ( ) + ( ) + ( ) + ( ) c = 2 ______________________________________ 125 c (+15) + (+10) + (-15) + (-10) 2 2 2 2 2 = 125 = 5,02 gdl = 4-1 = 3

41 0,25>p>0,10

42 U Stima delle frequenze alleliche in presenza di dominanza
Dipartimento di Biologia Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” Stima delle frequenze alleliche in presenza di dominanza Le frequenze fenotipiche di un sistema biallelico in cui l’allele A è dominante su a sono Genotipo Frequenza Fenotipo A AA + Aa p2 + 2pq Fenotipo a aa q2

43 U Dipartimento di Biologia Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” Ammettendo a priori che questo locus sia in equilibrio di Hardy-Weinberg, le frequenze alleliche possono essere inferite dalle frequenze fenotipiche, q =  freq. aa =  q2 e p = q

44 U Dipartimento di Biologia Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” ESEMPIO Nella popolazione caucasica la fibrosi cistica ha una frequenza di circa un caso ogni 2000 nascite. 1 frequenza omozigoti  ——— = 2000 quindi in condizioni di equilibrio di Hardy-Weinberg q2 = da cui q =  = 0.022

45 U Dipartimento di Biologia Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” ESEMPIO Nella popolazione caucasica la fibrosi cistica ha una frequenza di circa un caso ogni 2000 nascite. 1 frequenza omozigoti  ——— = 2000 quindi in condizioni di equilibrio di Hardy-Weinberg q2 = da cui q =  = 0.022 e, per conseguenza, la frequenza dell’allele normale è p = = 0.978 la frequenza dei portatori di fibrosi cistica è quindi 2 x x = 0.043

46 U Dipartimento di Biologia Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” Poiché in questo caso sono individuabili solo due classi fenotipiche, l’errore standard della stima delle frequenze è 1 - q2 e.s. = ———— 4N 

47 Loci associati al cromosoma sessuale X con alleli codominanti
Fenotipi Pelo nero Pelo variegato Pelo giallo Totale Femmine XnXn XnXg XgXg Maschi XnY XgY (277x2) Alleli Xn = = 919/1029 = 0,893 (338 x2) Allele Xg = 0,107 Attesi: XnXn = 0,893 x 0,893 x 338 = 269,53 XnY = 0, 893 x 353 = 315,23

48 GRUPPO SANGUIGNO AB0 DONATORE RICEVENTE