Progetto 1 Input Creare una Funzione commentata che prenda come input:

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1 Progetto 1 Input Creare una Funzione commentata che prenda come input:
Un parametro di testo che dovrà essere riportato in ogni riga dell’output, sotto la colonna ‘Gruppo’. (Valore di Default se non presente “Gruppo”) Un file di testo contente un elenco di Identificativi da ricercare (un identificativo per riga, l’input potrà essere un vettore di tipo carattere o un file esterno ad R). Un parametro che permetta di limitare la ricerca ad uno solo dei valori tra i 53 disponibili nella Primary Table: gtexGene Field expScores  Database: hg38. (Valore di Default se non presente 1 i.e primo campo) Il nome del file di output dove dovranno essere scritti i risultati della funzione . (Valore di Default se non presente Risultato.txt)

2 Progetto 1 Output La funzione dovrà produrre cono output:
Un file di testo txt con nome costituito da: nome script ;data e ora dell’esecuzione dello script. Il file dovrà contente l’elenco degli input forniti, l’elenco degli oggetti prodotti dalla funzione ed eventuali segnali di errore prodotti dalla funzione stessa. Un oggetto tibble di output e scrivere un file di output (punto 4 di input ) che contenga i risultati della ricerca effettuati su UCSC Genome Browser nell’assembly di Uomo HG38. Per ogni riga di output dovrà essere indicata: L’identificativo usato per il parametro ‘Gruppo’. L’identificativo usato per la ricerca. Evenutali Sinonimi dell’identificativo ottenuti dalla ricerca. ( Primary Table: ncbiRefSeq  field name, name2). La Posizione genomica dell’identificativo (N.B 6 campi separti chrom, strand, txStart, txEnd, cdsStart, cdsEnd). L’eventuale valore di score del campo selezionato di expScores per l’identificativo usato.*1 Il rapporto del valore di expScores rispetto al valore medio di tutti gli score dello stesso campo.*2 *1 Il valore per l’identificativo usato del campo selezionato di expScores ( punto3 di input). (NB. expScores è un campo contenente 53 valori separato da virgola) *2 Il rapporto del risultato del punto 3 rispetto al valore medio di tutti i dati expScores presenti nello stesso campo (medie delle campo nelle righe)

3 Progetto 2 Input Creare una Funzione commentata che prenda come input:
Un parametro di testo che dovrà essere riportato in ogni riga dell’output, sotto la colonna ‘Gruppo’. (Valore di Default se non presente “Gruppo”) Un file di testo contente un elenco di Identificativi da ricercare (un identificativo per riga, l’input potrà essere un vettore di tipo carattere o un file esterno ad R). Un parametro che permetta di limitare la ricerca ad uno solo dei valori tra i 53 disponibili nella tabella gtexTranscExpr Campo expScores da importare tramite un file esterno gtexTranscExpr.gz (Valore di Default se non presente 1 i.e primo Campo) Il nome del file di output dove dovranno essere scritti i risultati della funzione . (Valore di Default se non presente Risultato.txt)

4 Progetto 2 Output La funzione dovrà produrre cono output:
Un file di testo txt con nome costituito da: nome script ;data e ora dell’esecuzione dello script. Il file dovrà contente l’elenco degli input forniti, l’elenco degli oggetti prodotti dalla funzione ed eventuali segnali di errore prodotti dalla funzione stessa. Un oggetto tibble di output e scrivere un file di output (punto 4 di input ) che contenga i risultati della ricerca effettuati su UCSC Genome Browser nell’assembly di Uomo HG38. Per ogni riga di output dovrà essere indicata: L’identificativo usato per il parametro ‘Gruppo’. L’identificativo usato per la ricerca. Evenutali Sinonimi dell’identificativo ottenuti dalla ricerca. ( Primary Table: wgEncodeGencodeBasicV27  field name, name2). La Posizione genomica dell’identificativo (N.B 6 campi separti chrom, strand, txStart, txEnd, cdsStart, cdsEnd). L’eventuale valore di score del campo selezionato di expScores per l’identificativo usato.*1 Il rapporto del valore di expScores rispetto al valore medio di tutti gli score dello stesso campo.*2 *1 Il valore per l’identificativo usato del campo selezionato di expScores ( punto3 di input). (NB. expScores è un campo contenente 53 valori separato da virgola) *2 Il rapporto del risultato del punto 3 rispetto al valore medio di tutti i dati expScores presenti nello stesso campo (medie delle campo nelle righe)

5 Progetto 3 Input Creare una Funzione commentata che prenda come input:
Un parametro di testo che dovrà essere riportato in ogni riga dell’output, sotto la colonna ‘Gruppo’. (Valore di Default se non presente “Gruppo”) Un file di testo contente un elenco di Posizioni genomiche da usare (una posizione per riga, l’input potrà essere un dataframe o un file esterno ad R). Il nome del file di output dove dovranno essere scritti i risultati della funzione . (Valore di Default se non presente Risultato.txt)

6 Progetto 3 Output La funzione dovrà produrre cono output:
Un file di testo txt con nome costituito da: nome script ;data e ora dell’esecuzione dello script. Il file dovrà contente l’elenco degli input forniti, l’elenco degli oggetti prodotti dalla funzione ed eventuali segnali di errore prodotti dalla funzione stessa. Un oggetto tibble di output e scrivere un file di output (punto 3 di input ) che contenga i risultati della ricerca effettuati su UCSC Genome Browser nell’assembly di Uomo HG38. Per ogni riga di output dovrà essere indicata: L’identificativo usato per il parametro ‘Gruppo’. La Posizione genomica dell’identificativo (N.B 4 campi separti chrom, strand, Start, End). Gli eventuali valori dei campi dbName , comments e uniProtId ottenuti selezionando i dati compresi nelle posizioni genomiche usate rispetto Primary Table: unipOther Database: hg38 Gli eventuali valori del campo acc,uniprotName, status e geneName ottenuti selezionando i dati compresi nelle posizioni genomiche usate rispetto Primary Table:  unipAliSwissprot Database: hg38

7 Progetto 5 Input Creare una Funzione commentata che prenda come input:
Un parametro di testo che dovrà essere riportato in ogni riga dell’output, sotto la colonna ‘Gruppo’. (Valore di Default se non presente “Gruppo”) Un file di testo contente un elenco di Identificativi da ricercare (un identificativo per riga, l’input potrà essere un vettore di tipo carattere o un file esterno ad R). Il nome del file di output dove dovranno essere scritti i risultati della funzione . (Valore di Default se non presente Risultato.txt)

8 Progetto 5 Output La funzione dovrà produrre cono output:
Un file di testo txt con nome costituito da: nome script ;data e ora dell’esecuzione dello script. Il file dovrà contente l’elenco degli input forniti, l’elenco degli oggetti prodotti dalla funzione ed eventuali segnali di errore prodotti dalla funzione stessa. Un oggetto tibble di output e scrivere un file di output (punto 3 di input ) che contenga i risultati della ricerca effettuati su UCSC Genome Browser nell’assembly di Uomo HG38. Per ogni riga di output dovrà essere indicata: L’identificativo usato per il parametro ‘Gruppo’. L’identificativo usato per la ricerca. Gli eventuali valori dei campi geneId, geneName, transcriptId ottenuti dalla ricerca rispetto Primary Table:  wgEncodeGencodeAttrsV27 Database: hg38 field: geneName e/o geneId (NB nel caso di molteplici transcriptId inserire una nuova riga) Gli eventuali valori dei campi rnaAcc ottenuti dalla ricerca degli identificativi individuati al punto 3 (transcriptId ) rispetto Primary Table: wgEncodeGencodeRefSeqV27 Database: hg38 field: transcriptId La Posizione genomica degli identificativi individuati al punto 3 (transcriptId ) rispetto Primary Table:  wgEncodeGencodeBasicV27 Database: hg38 field: name (N.B 4 campi separti chrom, strand, txStart, txEnd).