CLONAGGIO POSIZIONALE:

Presentazione sul tema: "CLONAGGIO POSIZIONALE:"— Transcript della presentazione:

1 CLONAGGIO POSIZIONALE:
UTILIZZO DEI MARCATORI ASSOCIATI GENETICAMENTE PER COSTRUZIONE DI UN CONTIGUO DI CLONI GENOMICI

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3 METODI PER L’IDENTIFICAZIONE DI GENI ESPRESSI
Ricerca per omologia attraverso ibridazione intra o interspecifica di cloni genomici interi o parziali su: 1) Southern blot 2) Northern blot 3) Librerie di cDNA 4) Zoo blot Ricerca elementi caratteristici del genoma: Ricerca di specifiche sequenze consensus Identificazione di isole “CpG” Ricerca di moduli di lettura aperti (ORF) Ricerche attraverso banche dati e programmi di analisi di sequenze Ricerca omologia in banche dati Predizione della funzione dalla struttura nucleotidica

4 Ricerca per omologia attraverso ibridazione interspecifica

5 Proteina del glutine

6 Ibridazione di uno zoo blot (Southern blot)

7 METODI PER L’IDENTIFICAZIONE DI GENI ESPRESSI
Ricerca per omologia attraverso ibridazione intra o interspecifica di cloni genomici interi o parziali su: 1) Southern blot (DNA interspecifica, zoo blot) 2) Northern blot (RNA intraspecifica o interspecifica) 3) Librerie di cDNA Ricerca elementi caratteristici del genoma: Ricerca di specifiche sequenze consensus Identificazione di isole “CpG” Ricerca di moduli di lettura aperti (ORF) Ricerche attraverso banche dati e programmi di analisi di sequenze Ricerca omologia in banche dati Predizione della funzione dalla struttura nucleotidica

8 La bioinformatica per comprendere il genoma

9 Bioinformatica: la ricerca di sequenze consensus

10 Bioinformatica: confronti di sequenze nelle banche dati

11 Metodologie integrate per predire geni espressi

12 Identificazione di isole CpG
Isole CpG rare nei vertebrati Rappresentano i siti a più alta concentrazione di G+C del genoma Ipometilate al 5’ dei geni dei vertebrati 56% dei geni dei vertebrati associati alle CpG (tutti gli housekeeping e 40% geni tessuto specifici) Metilazione come metodo di controllo dell’espressione genica - Riconosciute da enzimi di restrizione che tagliano quando sono le isole CpG sono ipometilate. Es: SacII (CCGCGG), EagI (CGGCCG) tagliano raramente nel genoma ma molte volte nelle isole. Tagliano se C non sono metilate

13 Ricerca di ORF in una sequenza genomica