P. Urbano 2008 Modulo di Microbiologia Clinica Anno accademico 2008-2009 Per il Corso Integrato METLAMEC sono previste 3 ore di lezione, nell'Aula grande.

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1 P. Urbano 2008 Modulo di Microbiologia Clinica Anno accademico 2008-2009 Per il Corso Integrato METLAMEC sono previste 3 ore di lezione, nell'Aula grande del complesso chirurgico

2 P. Urbano 2008 A seguito della modifica al piano di studi ufficiale, a partire dalla sessione di Febbraio 2009 l'esame di Microbiologia C.I. verterà anche sugli argomenti presentati alle lezioni di Microbiologia Clinica che prima rientravano nel C.I. MetLaMec. Le lezioni sono state fissate come segue: Mercoledì 15 Ottobre, ore 9:30, Mercoledì 22 Ottobre, ore 9:30, Mercoledì 29 Ottobre, ore 9:30, Tutte nell’aula delle cliniche chirurgiche

3 P. Urbano 2008 15 ottobre 2008, ore 9:30 Scaletta Linee generali di diagnostica microbiologica. Vedi la presentazione che segue. Visita il sito del Laboratorio di Microbiologia di Careggi. sito del Laboratorio di Microbiologia di Careggi

4 P. Urbano 08 Linee generali di diagnostica microbiologica

5 P. Urbano 2008 Clinical Microbiology in the 21st Century Clinical microbiology laboratories provide services that are critical to the well-being of our population—analyzing specimens collected from sick patients and gathering data that enable the correct diagnosis to be made for victims of infectious diseases. They are the sentinels for bioterrorism events and natural outbreaks of infection which threaten the public health of the communities they serve. These laboratories provide crucial information that guides the selection of the right antimicrobial therapy for patients with treatable infections. They are the first to recognize the emergence of resistance to frequently used antimicrobial agents. Individuals who work in clinical microbiology laboratories are highly trained professionals who make countless decisions each day that save lives and benefit the sick and at-risk members of our society.

6 P. Urbano 2008 Premessa La diagnostica microbiologica è un esempio tipico di diagnostica etiologica Consiste nell’identificare la causa microbica di una malattia o di un’infezione Il più delle volte consiste nell’identificazione dell’agente di un’infezione [alla base di una malattia infettiva]

7 P. Urbano 2008 Casi particolari Diagnosi di malattia non infettiva, ad etiologia microbica Botulismo alimentare; intossicazione alimentare stafilococcica; TSS,.. Diagnosi di immunità specifica a una data malattia o infezione

8 P. Urbano 2008 Partizione principale Diagnostica diretta Trova e identifica l’agente Isolandolo e identificandolo  Dimostrando la presenza di suoi prodotti specifici Tossine Antigeni Acidi nucleici Diagnostica indiretta Cerca le prove di una risposta immunitaria specifica in atto Aumento del titolo anticorpale verso antigeni specifici dell’agente causale [‘movimento anticorpale’] Reperto di anticorpi ad alto titolo Reperto di anticorpi della classe IgM, o di anticorpi sIgA

9 P. Urbano 2008

10  Isolamento L’isolamento dell’agente ha un valore che va oltre la diagnosi etiologica Ne permette uno studio approfondito, per valutare: Caratteristiche infraspecifiche [  interesse epidemiologico e preventivo] Fattori di virulenza e di patogenicità Suscettibilità agli antibiotici Antibiogramma = premessa a una terapia ‘razionale’

11 P. Urbano 2008 Per l’isolamento: È necessario ipotizzare su base clinica una gamma di ipotesi etiologiche Per ogni ipotesi, richiamare lo schema patogenetico corrispondente, per decidere quale materiale prelevare, in quale momento, e in quali condizioni Inviare il materiale al laboratorio, informandolo delle ipotesi da perseguire

12 P. Urbano 2008 Semine isolanti

13 P. Urbano 2008 Isolamento in piastra È preliminare a ogni studio fenotipico

14 P. Urbano 2008 I caratteri macroscopici variano a seconda del terreno [B. anthracis]

15 P. Urbano 2008 Per l’isolamento, il laboratorio: Potrà partire da un materiale normalmente sterile: Sangue, liquor, tessuti interni, versamenti articolari, …  Terreni non selettivi … o da materiale normalmente microbico Essudati su mucose, tamponi nasali, cutanei, faringei, …; feci; …  Terreni selettivi

16 P. Urbano 2008 Esempio di chiave diagnostica - coprocolture http://www.swbic.org/outbreak/procedures/flow_ch.html

17 P. Urbano 2008 Tendenza Sempre di più si ricorre a metodi miniaturizzati ed automatizzati, sia per l’identificazione che per gli antibiogrammi Ci si basa su un gran numero di caratteri fenotipici e molecolari, elaborati poi in modo algoritmico

18 P. Urbano 2008 Per l’EBM Già nel Corso di Laurea si devono presentare gli strumenti metodologici per valutare le caratteristiche operative delle singole prestazioni del laboratorio [di Microbiologia] Specificità, sensibilità, valori predittivi, rapporti di verosimiglianza I concetti necessari a capire la problematica si acquisiscono nel corso di statistica medica e biometria

19 P. Urbano 2008 Counterintuitive is bad news Bandolier, Evidence-based health care, 1999: 6, 1 Down with sensitivity and specificity, and up with likelihood ratios and common sense. The moral is that methods of working which are muddling should be superseded by methods which are comprehensible. Down with sensitivity and specificity, and up with likelihood ratios and common sense.

20 P. Urbano 2008 Specificità e valori predittivi

21 P. Urbano 2008 è RV fa da puntatore della linea che dalle probabilità pre-test porta a quelle post-test Il nomogramma permette di risalire dalle probabilità pre- test della malattia (cioè dalla prevalenza) alle probabilità post-test (valore predittivo del risultato) Il rapporto di verosimiglianza (RV)

22 P. Urbano 2008 Absence of evidence is not evidence of absence