PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/.

Presentazione sul tema: "PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/."— Transcript della presentazione:

1 PubMed

2 PER INIZIARE AVERE CHIARO L’ARGOMENTO E LO SCOPO DELLA RICERCA
SCEGLIERE LA/LE BANCA/HE DATI INDIVIDUARE LE PAROLE CHIAVE DA UTILIZZARE IMPOSTARE LA RICERCA

3 OTTIMIZZARE LA RICERCA
MASSIMO RICHIAMO NUMERO DOCUMENTI PERTINENTI RECUPERATI NELLA RICERCA / NUMERO DOCUMENTI PERTINENTI ESISTENTI IN BANCA DATI MINIMO RUMORE NUMERO DOCUMENTI NON RILEVANTI RECUPERATI PERTINENZA = entità oggettiva RILEVANZA = entità soggettiva RICHIAMO = RECUPERARE TUTTI I DOC. RILEVANTI PRECISIONE = RECUPERARE SOLO I DOC. RILEVANTI RUMORE = DOC. NON RILEVANTI RECUPERATI SILENZIO = DOC. RILEVANTI NON RECUPERATI RICHIAMO= DOC. PERTINENTI RECUPERATI NELLA RICERCA / DOC. PERTINENTI ESISTENTI IN BANCA DATI PRECISIONE = DOC. PERTINENTI RECUPERATI NELLA RICERCA / DOCUMENTI PERTINENTI O NO - DOVE NO = RUMORE - RECUPERATI NELLA RICERCA Richiamo e precisione sono 2 parametri inversamente proporzionali

4 BANCHE DATI: struttura
L’UNITA’ CARATTERISTICA DELLE BANCHE DATI BIBLIOGRAFICHE E’ IL RECORD IL RECORD E’ COMPOSTO DA SUB-UNITA’ DETTE CAMPI Le banche dati forniscono il record bibliografico e quando disponibile l’abstract L’UNITA’ DI STRUTTURA CARATTERISTICA e’ un elemento ripetitivo il cui schema viene stabilito dal produttore del data base anche in rapporto alle caratteristiche di contenuto. Cio’ significa che all’interno di ogni record I campi vengono stabiliti secondo uno standard costante e invariabile.

5 MEDLINE COMPRENDE CIRCA 23.000.000 DI
CITAZIONI BIBLIOGRAFICHE ESTRATTE DA PERIODICI BIOMEDICI 90% CIRCA DEI RECORD FA RIFERIMENTO AD ARTICOLI PUBBLICATI IN LINGUA INGLESE 48 % PUBBLICATI NEGLI U.S.A. 52% PUBBLICATI IN ALTRI 70 PAESI 4.600 PERIODICI BIOMEDICI PUBBLICATI NEGLI U.S.A. E IN ALTRI 70 PAESI DI CITAZIONI IN GRAN PARTE IN LINGUA INGLESE IL 52% CIRCA DEI RECORDS È COMPLETO DI ABSTRACT

6 DATI 1 Ogni giorno vengono aggiunti tra i 2000 e i 4000 record (>700mila record/anno) I dati raccolti partono dal 1966 (+ OldMedline ) IN OLDMEDLINE I RECORD HANNO DESCRITTORI MeSH DIVERSI DA QUELLI ATTUALI

7 DATI 2 Inviati in maniera automatica dagli editori [PubMed - as supplied by publisher]. Sono compresi gli [Epub ahead of print] Presi in carico, ma non ancora indicizzati [PubMed - in process] La citazione completata con i MeSH, le eventuali correzioni etc etc [PubMed - indexed for MEDLINE]

8 DISCIPLINE COPERTE MEDICINA NUTRIZIONE ODONTOIATRIA SANITÀ PUBBLICA
INFERMIERISTICA E DISCIPLINE COLLATERALI MEDICINA VETERINARIA

9 MY NCBI

10 STRUMENTI DI RICERCA CAMPI THESAURUS OPERATORI BOOLEANI SINTASSI

11 RICERCA PER CAMPI IDENTIFICARE OGNI TERMINE DELLA RICERCA CON IL CODICE DEL CAMPO IN CUI RICERCARLO ES. HYPERTENSION [TI]

12 THESAURUS – MESH 1 Vocabolario controllato dei descrittori (sinonimi, acronimi e varianti di lingua vengono normalizzati con un unico termine) Strutturato ad albero

13 THESAURUS – MESH 2 LA STRATEGIA DI RICERCA PUÒ AVVANTAGGIARSI DELLE
SEGUENTI OPZIONI: MAJOR TOPIC (TERMINE PRINCIPALE) ESPLOSIONE O NON ESPLOSIONE DEL TERMINE USO DEI SOTTO DESCRITTORI

14 MESH SUBHEADINGS Ad ogni termine del thesaurus corrispondono solo i subheadings che lo riguardano Riducono il numero di record recuperati secondo l’intenzione di chi ricerca

15 OPERATORI BOOLEANI SEMPRE IN CARATTERE MAIUSCOLO
AND I RECORDS CHE CONTENGONO sia A che B OR I RECORDS CHE CONTENGONO A, B, e sia A che B NOT A ma non B A B A B Questi sono gli operatori messi a disposizione anche dall’interfaccia A B

16 ESECUZIONE DEI BOOLEANI
QUANDO SI UTILIZZANO PIU’ BOOLEANI L’ORDINE CON CUI SONO ESEGUITI è da sinistra VERSO DESTRA Le parentesi modificano TALE ordine di ricerca: i termini fra parentesi sono eseguiti per primi e poi combinati con gli altri ES.: influenza AND (vaccine OR vaccination)

17 SINTASSI SIMBOLO DESCRIZIONE ESEMPIO * SIMBOLO DI TRONCAMENTO PER
CERCARE TUTTI I TERMINI CHE INIZIANO CON UNA CERTA RADICE. UN TERMINE TRONCATO NON VIENE CERCATO NEI MeSH HISTOLOG* “…” PER CERCARE FRASI INTERE INCLUDERLE TRA VIRGOLETTE “HUMAN OSTEOBLASTIC CELLS” @ PER LA RICERCA ESATTA DI NOMI DI PERSONA ROSSI “ROSSI C“[AU] ma non: Rossi CA, CB, etc. […] LE ETICHETTE DI CAMPO DEVONO ESSERE INCLUSE TRA PARENTESI QUADRE E SEGUIRE IL TERMINE DA CERCARE ASTHMA[MH] Il simbolo di troncamento disattiva l’automatic term mapping Frasi: altrimenti I termini devono essere limitate ad un campo, senza inserire operatori booleani; in questo modo I singoli termini vengono ricercati in sequenza. Anche cio’ comporta l’esclusione dell’automatic term mapping Genitivo sassone: es.: crohn disease per crohn’ s disease @ : es.: smith trovera’ solo smith j e non ja, jb,jc … Date: devono essere cercate nella forma YYYY/MM/DD [edat] (o [dp]) dove mese e giorno sono facoltativi; per cercare un range temporale separare le date con : es.: 1993:1995 [edat]

18 FRASE ESATTA: ESEMPIO

19 SINGLE CITATION MATCHER
PER COMPLETARE CITAZIONI PARZIALI SI PUÒ COMPILARE ANCHE UN SOLO CAMPO

20 PAUSA

21 RICERCA LIBERA Dopo aver inserito il termine di ricerca, il sistema suggerisce una lista di termini a partire da quello inserito Non è una lista esaustiva E’ diverso cercare un singolo termine o più termini

22 AUTOMATIC TERM MAPPING
UNO O PIU’ TERMINI LIBERI SONO CERCATI NEL SEGUENTE ORDINE ALL’INTERNO DI: MeSH TRANSLATION TABLE JOURNAL TRANSLATION TABLE FULL AUTHOR TRANSLATION TABLE AUTHOR INDEX FULL INVESTIGATOR TRANSLATION TABLE INVESTIGATOR INDEX E POI ANCHE IN [ALL FIELDS] IN PRESENZA DI PIù termini GLI STESSI SONO COMUNQUE RICERCATI ANCHE SINGOLARMENTE E COMBINATI CON AND (ALLARGANDO molto la ricerca, VEDI SEARCH DETAILS) Quando si inserisce un termine libero senza tag nè troncamento nel query box, Entrez lo ricerca attraverso l’automatic term mapping nelle: MeSH translation table (MeSH terms, MeSH Heading terms, MeSH Subheadings, Publication Type, Termini derivati dall’Unified Medical Language system UMLS, che presentano sinonimi o varianti in inglese, Supplementary concept substance names) journal translation table (Full journal title, Medline abbreviation, ISSN) author index (singole parole seguite da una o due lettere) per cercarne un riscontro anche con eventuali espressioni alternative indicizzate. Cliccando su details ci viene mostrata la traduzione effettuata. Es.: Vitamin H Se nessun record viene trovato la ricerca viene automaticamente rieseguita conbinando I singoli termini, cercati in tutti I campi, in AND L’inserimento del troncamento esclude l’automatic term mapping.

23 SEARCH DETAILS PERMETTE DI:
VEDERE COME UNA STRINGA È STATA TRADOTTA ATTRAVERSO L’AUTOMATIC TERM MAPPING MODIFICARE EVENTUALMENTE LA TRADUZIONE LANCIARE LA NUOVA STRATEGIA DA SEE MORE E’ POSSIBILE: CLICCANDO SU URL TRASFORMARE IN LINK MEMORIZZABILE NEL BOOKMARK LA STRINGA DI RICERCA VEDERE QUANTI RISULTATI LA STRINGA RESTITUIREBBE In PubMed Query box viene visualizzata la strategia di ricerca e la sintassi utilizzata. Sotto il risultato ottenuto. Per visualizzare I records cliccare sul numero oppure utilizzare back del browser. In translation ci viene mostrata la sintassi; in User query il termine come e’ stato introdotto. Per editare una strategia di ricerca nel box PubMed Query cliccarci dentro, aggiungere o cancellare termini e cliccare su search. Per salvare una strategia impostata cliccare su URL ed aggiungere l’indirizzo al bookmark. Le strategie che contengono # non possono essere salvate utilizzando l’url in quanto lo stato di questi numeri si cancella quando l’history viene cancellata.

24 FILTERS

25 HISTORY LA STRATEGIA DI RICERCA
MOSTRA DA SINISTRA VERSO DESTRA: IL NUMERO DELLA STRINGA DI RICERCA ADD: PER COMBINARE UNA STRINGA CON ALTRI TERMINI LA STRINGA DI RICERCA IL RISULTATO IN NUMERO DI CITAZIONI L’ORA PERMETTE DI: CANCELLARE TUTTA LA STRATEGIA (SALVO CLIPBOARD) CON CLEAR HISTORY EFFETTUARE OPERAZIONI SULLE STRINGHE DI RICERCA: UTILIZZARE GLI OPERATORI BOOLEANI PER COMBINARE LA STRINGA CANCELLARE LA STRINGA VISUALIZZARE I RISULTATI VISUALIZZARE I DETAILS (ECCETTO CHE IN CLIPBOARD) SALVARE LA STRATEGIA DI RICERCA (O I RECORD SE STRINGA CLIPBOARD) IN MY NCBI Una volta raggiunte le 100 righe di strategia queste vengono automaticamente rimosse. La strategia si perde dopo un’ora di inattivita’ su PubMed o entrando su uno degli altri databases. Le righe possono non essere continue perche’ vengono spostate nei processi intermedi come ad es. La visualizzazione in formato diverso. Sconsigliato: combinare più stringhe di ricerca Utilizzare il numero di riga corrispondente preceduto da # Interporre l’operatore booleano Premere Go per visualizzare i risultati

26 DISPLAY SETTINGS

27 AMPLIARE LA RICERCA: Related citations
Applica un algoritmo basato su TI, ABS e MESH TERMS

28 FORMATO ABSTRACT con link al full text e a TROVAMI

29 SCARICARE LA VERSIONE ELETTRONICA

30 SEND TO OPERAZIONI SUI RECORD
Text: per tornare alla visualizzazione normale back del browser; File: Max items o quelle selezionate in un formato selezionato. Per salvare le citazioni in HTML usare save as … del browser, cambiando l’estensione in html Clipboard: selezionare gli items e send to clipboard include le seguenti opzioni: format, sort, html o text e consente di aggiungere un messaggio Order: si puo’ ordinare ad una delle biblioteche del circuito PubMed. Per usufruire del servizio bisogna stipulare in anticipo un contratto con una Loansome Doc participating library; prima assicurarsi che non sia in PMC o che non presenti un link al full-text.

31 CLIPBOARD PERMETTE DI:
CONSERVARE PER LA DURATA DELLA SESSIONE (MAX 8 ORE DI INATTIVITÀ) LE CITAZIONI SELEZIONATE DURANTE UNA O PIÙ RICERCHE ESEGUITE IN SEQUENZA INVIARE LE CITAZIONI A: LE CITAZIONI SI TROVANO SU UNA RIGA VIRTUALE #0 VISUALIZZABILE DA “HISTORY” IL NUMERO MASSIMO DI CITAZIONI CONSERVABILI PER 8 ORE È 500 EVENTUALI RECORDS DOPPI VENGONO AUTOMATICAMENTE ELIMINATI Per poterlo fare queste citazioni devono essere inviate a clipboard durante una o piu’ ricerche. #0 dovrebbe poter essere combinabile con altri termini ma quando ho provato non funzionava. Order per ordinare una copia full-text ad una biblioteca (ovviamente si paga) Le citazioni vengono conservate nell’ordine in cui sono state salvate ma possono essere riordinate con il tasto sort. Per eliminare un record dal clipboard inserire il flag corrispondente ed inviare a clip remove. Se si invia a clip remove senza aver inserito alcun flag viene rimosso tutto il clipboard In my NCBI si possono salvare fino a 1000 collezioni contenenti ciascuna max 1500 records Per eliminare il contenuto della clipboard selezionarla da send to cliccare su clip remove

32 CLINICAL QUERIES

33 RSS FEED RSS FEED ( Really Simple Syndication
Feed): ESPORTAZIONE DI CONTENUTI DINAMICI PER ALIMENTARE UN SITO WEB; (attraverso un RSS reader è possibile visualizzare gli aggiornamenti scaricati)