ESERCITAZIONE PROSITE & INTERPRO. Prosite Elenco dei motivi in PROSITE.

Presentazione sul tema: "ESERCITAZIONE PROSITE & INTERPRO. Prosite Elenco dei motivi in PROSITE."— Transcript della presentazione:

1 ESERCITAZIONE PROSITE & INTERPRO

2 Prosite

3 Elenco dei motivi in PROSITE

4 Funzioni coinvolgenti ZINCO ZINC

5 Motivo funzionale LIM

6 Descrizione di LIM

7 Descrizione con 2 tipi di motivi Profilo Espressione regolare

8 Espressione regolare per LIM Selettività Sensitività Espressione regolare Elenco veri positivi

9 Matrice di Profilo per LIM Possibili aminoacidi 61 Posizioni sulla sequenza

10 Descrizione con 2 tipi di motivi Allineamento multiplo Organizzazione in domini dei veri positivi

11 Allineamento multiplo per LIM

12 Architettura in domini

13 ScanProsite

14 2 tipi di ricerche MKGLLWSKNRKSSTASASSSSTSTSHKTTTA STASSSSPSSSSQTIRNSTSGASPYMHSH HHHGQGHSHHRGEDNNRDKRKSSVFPPSK QYTSTSSSQVNLGMYHSDTNTRSSRSIASTL KDDSPSVCSEDEISNSSSQKSNAQDETPIAYK KSAHSKDSLLPSRSSSLSPPQSRCSTGT C-X(2)-[CH]-[AIL]-T Per sequenza Per motivo funzionale

15 Ricerca per sequenza xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx incollare sequenza di CSKP_HUMAN

16 6 Motivi trovati Motivo trovato Posizioni/e

17 Ricerca di un motivo C-X(2)-[CH]-[AIL]-T-C Espressione regolare Banche dati solo SP senza varianti di splicing

18 53 sequenze positive trovate Proteina trovata Posizione motivo

19 INTERPRO

20 INTERPRO SCAN xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx incollare sequenza di CSKP_HUMAN

21 Risultati ricerca