Proteina DNA RNA Fenotipo Citoplasma Nucleo Regolazione trascrizionale

Presentazione sul tema: "Proteina DNA RNA Fenotipo Citoplasma Nucleo Regolazione trascrizionale"— Transcript della presentazione:

1

2 Proteina DNA RNA Fenotipo Citoplasma Nucleo Regolazione trascrizionale
post-trascrizionale Regolazione post-traduzionale Modulazione funzionale Stabilità Trasporto Maturazione Traduzione Modificazione

3 Double Dimension Protein Gel

4 Quantizzazione dell’espressione Organizzazione genica del genoma
REGOLAZIONE GENICA Durante lo sviluppo In risposta a stimoli ambientali Ibridazione genomica comparativa Immunoprecipitazione della cromatina Screening di mutazioni DIAGNOSTICA Tessuti malati/tessuti sani Profili di espressione dei tumori

5

6

7

8

9

10 Total RNA Affinity purification mRNA Reverse transcription dNTP (33P, Cy3, Cy5, Biotin)

11

12

13 Reverse transcription SIGNAL AMPLIFICATION
Affinity purification mRNA DENDRIMERS Reverse transcription SIGNAL AMPLIFICATION T7 promoter - poliT poliA Transcription cDNA Random primer Labeling T7 promoter

14

15 IMMAGINE FINALE COMPUTERIZZATA Software: “sovrapposizione”
Controllo Condizione IMMAGINE FINALE COMPUTERIZZATA  ANALISI DEI DATI Marcatura radioattiva biotina Microarrays NT Software: “sovrapposizione” e “normalizzazione” IRR

16

17 <<<<<<<<<<<<<<<<<<
+1.99 -3 and less +3 and greater -1.99

18

19

20

21

22 DMP1497/2b rad53 YLL150 rad6 K699 wt TTR1 RNR2 RNR3 RNR4 HSP26 CUP1
NT 80 400 NT 80 NT 80 TTR1 RNR2 RNR3 RNR4 HSP26 CUP1 ADH1 ERG5 HHF1 28S

23

24 CUP1 NT 15' 30' 1h 2h 4h

25

26 K-mean clustering

27

28

29

30

31

32

33

34

35

36

37

38

39

40

41 DNA-protein Crosslink Lisi Frammentazione Immunopurificazione Identificazione DNA purificato

42 Transcriptional regulatory networks in Saccharomyces cerevisiae
Transcriptional regulatory networks in Saccharomyces cerevisiae Lee TI, Rinaldi NJ, Robert F, Odom DT, Bar-Joseph Z, Gerber GK, Hannett NM, Harbison CT, Thompson CM, Simon I, Zeitlinger J, Jennings EG, Murray HL, Gordon DB, Ren B, Wyrick JJ, Tagne JB, Volkert TL, Fraenkel E, Gifford DK, Young RA. Science 2002 Oct 25;298(5594):763-4

43

44

45