Elena Bernardini Biblioteca di Scienze del Farmaco

Presentazione sul tema: "Elena Bernardini Biblioteca di Scienze del Farmaco"— Transcript della presentazione:

1 Elena Bernardini Biblioteca di Scienze del Farmaco
Reaxys Elena Bernardini Biblioteca di Scienze del Farmaco

2 L’agenda di oggi Cos’è Reaxys Come si accede Come si usa Case studies

3 Cos’è Reaxys? March 27, 2017 Banca dati con interfaccia web per il recupero di informazioni su composti chimici, reazioni chimiche e citazioni bibliografiche Contiene informazioni bibliografiche provenienti da diverse fonti (riviste e brevetti) e dati fattuali dalle stesse fonti Dati sperimentali misurati e non quelli calcolati Reazioni Dati sulle sostanze

4 Che ambiti di ricerca in Reaxys?
Chimica organica Chimica inorganica Chimica metallorganica Chimica farmaceutica Biochimica e scienze biologiche Chimica analitica Chimica fisica Chimica ambientale Chimica dei materiali…

5 Interoperabilità con Sciverse Scopus
I prodotti dello stesso publisher contengono link reciproci Attraverso il link a SciVerse Scopus, ai full- text sul sito dei publisher e delle banche dati brevettuali È possibile l’accesso alla propria biblioteca digitale configurando l’OpenURL resolver

6 Reaxys e SciVerse Scopus: usare approcci diversi
Ricerca chimica Dati sulle proprietà sperimentali Dati di bioattività Informazioni sulla sintesi Sostanze correlate con attività simile Dati sulle sostanze Dettagli chimici Dettagli in letteratura Pubblicazioni Informazioni sugli autori Campi di ricerca attivi – citato da, nuovi articoli Keywords, abstract Multidisciplinarietà Ricerca per area disciplinare Ricerca bibliografica

7 Copertura bibliografica
I dati storici risalgono al 1771, attraverso la copertura di riviste e brevetti. I dati vengono estratti dalle pubblicazioni solo se contenenti la struttura chimica, dati sperimentali e citazioni affidabili La copertura delle riviste può non essere del 100%, qualora ci siano pubblicazioni che mancano di queste informazioni

8 Ricerca bibliografica tradizionale Ricerca fattuale con reaxys
La ricerca in Reaxys Ricerca bibliografica tradizionale Come avrei dovuto lavorare? Leggere ogni singolo articolo Ricerca fattuale con reaxys 8

9 I dati fattuali e bibliografici
March 27, 2017 I dati fattuali e bibliografici 1H NMR 300 MHZ

10 Inorganic & Organometallic
Cosa contiene Reaxis Organic Da Beilstein: informazioni su strutture, reazioni, proprietà di composti organici del carbonio da riviste dal Brevetti Sono inclusi solo dati validati sperimentalmente, non dati calcolati o estrapolati Reaxys Inorganic & Organometallic Patents Gmelin: composti privi di carbonio oppure carbonio inorganico, CO, CO2, acido carbonico, carbidi, elementi puri, composti di coordinazione, vetri, ceramiche, minerali e alcuni polimeri. In generale i polimeri organici non sono inclusi in Reaxys, e sono esclusi anche i peptidi, molecole biologiche e miscele. Da Gmelin: informazioni su strutture e proprietà di composti inorganici e matalloorganici da riviste e brevetti dal 1772 Informazioni su brevetti selezionati in lingua inglese (WO, US, EP; dal 1976) appartenenti alle principali classificazioni chimiche: C07, A61K , A01N, C09B

11 Integrazione con Pubchem
PubChem è un db gratuito che fornisce informazioni su composti chimici e bioattività La sia integrazione con Reaxys permette la ricerca in parallelo della stessa struttura nei due db con I risultati presentati nell’interfaccia di Reaxys I TOC sono linkati a Pubchem

12 I vantaggi dell’integrazione di Pubchem
Stessa query e ricerca parallelo in entrambi i db con una sola interfaccia e una copertura di circa 40 M di composti I risultati sono suddivisi in due set, filtrati e visualizzati nel contesto Sovrapposizione tra i due bd del 16%-20% Ci sono link diretti da Reaxys a PubChem Sono disponibili le reazioni di Reaxys per i composti che non fanno match in PubChem Con un’unica interfaccia è possibile creare dei synthesis plans attraverso composti simili di Reaxys per ciò che è unico in Pubchem, con un’unica interfaccia tra i database “Synthesize” hyperlink to Reaxys Synthesis Planner and Xcelerate AutoPlan

13 Approved drug filter È ora disponibile un filtro che consente di selezionare i composti che già hanno la licenza per l’uso farmaceutico (FDA e EMA)

14 Come si accede?

15 Banche dati d’Ateneo

16 Selezionare la banca dati
Consultabile anche da casa, previa autenticazione nell’home page della Biblioteca Digitale

17 Registrarsi per usare servizi personalizzati
Solo in questo modo è possibile configurare l’editor di struttura, salvare strategie e risultati della ricerca, creare alert

18 Application settings

19 Come si usa? 3 tipologie di ricerca base
Ricerca di letteratura Ricerca per reazioni Ricerca per sostanze

20 Come si usa Query: Reactions tab, Substances tab, Literature tab In Reaction Query tab e Substances Query tab si può ricercare usando le strutture o testo Le strutture possono essere disegnate con un editor, o si possono ricercare per nome In Literature tab si può ricercare per dettagli bibliografici e keyword Le query si possono salvare e lanciare successivamente

21 3 tipologie di ricerca La ricerca per formula è la più consigliata
2 1 3 4 Ricerca per reazione Ricerca per sostanza o proprietà chimico fisica Ricerca bibliografica Ricerca per nome Lanciare la ricerca 5 La ricerca per formula è la più consigliata

22 Ricerca per condizioni base e avanzata
1 Ricerca per reazione Ricerca per Condizioni di reazione base e avanzata Ricerca per nome della struttura 2

23 Ricerca per proprietà base e avanzata
1 Ricerca per sostanza e proprietà Ricerca per Proprietà base e avanzata 2

24 Ricerca bibliografica base (1)
Quick Search Authors/Assignees Journal Title Patent Number Patent Country Publication Year Advanced Searching 7 1 2 3 4 5 6

25 Ricerca bibliografica base (2)
Aprire l’elenco per cercare la voce di interesse 1

26 Ricerca bibliografica avanzata
1 2 3 Ricerca avanzata Cercare il campo scrivendo il nome Cercare il campo espandendo l’elenco

27 Ricerca bibliografica avanzata
Espandere l’elenco delle proprietà ricercabili Attenzione: alcune proprietà ricorrono in più gruppi con sintassi diverse: meglio cercarle per nome che espandendo gli elenchi 1 2

28 I risultati della ricerca
I risultati appaiono in modo diverso a seconda del tipo di ricerca Ogni reazione o sostanza è accompagnata dalla bibliografia già de-duplicata Reaction Results Tab Reaction Tab Citations Tab Substances and Properties Results Tab Grid Tab Table Tab Literature Results Tab

29 Risultati della Ricerca per reazioni: tabulare
4 7 5 2 1 Dettagli di reazione Link a Reagenti e catalizzatori Dettagli sperimentali: con i brevetti Visualizza/nascondi i dettagli di reazione Trova reazioni simili Visualizza il dettaglio sulla sostanza Zoom Disponibilità commerciale 8 6 3

30 Risultati della Ricerca per reazioni: tabulare
4 1 2 3 Ordinamento Filtri Filtro per sottostruttura Limita ai selezionati

31 Risultati della Ricerca per reazioni: tabulare
Full Text and View Citing Articles Briciole di pane per la navigazione Reazioni Multi -Step 1 1 2 3 31

32 Visualizzazione di una reazione Multi-Step
Le icone hanno lo stesso significato in ogni schermata

33 Risultati della ricerca per reazioni: citazionale
3 2 1 2 Contenuto dei documenti Full Text e citazioni Markush Viewer (Show all substances) 1

34 Risultati della ricerca per sostanze: tabulare
4 2 1 3 Home>Documentation>User's Guide>JChem Base>Query guide - Special search types: Markush str… Documentation User's Guide Marvin Calculator Plugins Chemical Terms JChem for Excel JChem for SharePoint JChem for SharePoint Search Instant JChem JChem Base Query Guide jcsearch Utility jcunique Utility JChem Cartridge Standardizer Structure Checker Name to Structure Document to Structure Screen JKlustor Reactor Markush Viewer Metabolizer Fragmenter License Management Developer's Guide API Admin Guide FAQ History of changes Code Examples Support Forum Special search types: Markush structures Contents Generic Markush features in Markush targets Querying Markush targets Markush structure reduction to the hit Markush aromatization Creation of R-group definitions from a structure file Searching in Markush targets/tables A Markush structure is a description of a compound class by generic notations, primarily used in patent claims and the description of combinatorial libraries. The library of a Markush structure is the total set of specific molecules that are described by the Markush structure. Informazioni sulla sostanza Vedi dati specifici disponibili Vedi tutti I dati Dati di reazione

35 Risultati della ricerca per sostanze: griglia
Le icone e i tipi di informazione recuperabili sono sempre rappresentati dalle stesse icone e etichette

36 Risultati della ricerca per sostanze: citazionale
2 1 Le icone sono sempre le stesse. Nel formato citazione si vede la referenza del documento, il numero di citazioni di Scopus, link al full text Cliccando sui termini si aprono e si visualizzano l’abstract, le reazioni, le condizioni di reazione ecc..

37 Risultati della ricerca bibliografica
2 Nel formato citazione si vede la referenza del documento, il numero di citazioni di Scopus, link al full text. Le informazioni possono essere leggermente diverse se provengono da Brevetti o da riviste Cliccando sui termini si aprono e si visualizzano l’abstract, le reazioni, le condizioni di reazione ecc.. 1 1

38 History La History permette di ritornare sui propri passi
Rivedere i risultati di una ricerca precedente Ritornare alla stringa ricerca precedente Combinare i risultati di due o più ricerche Salvare i risultati Cancellare i risultati salvati

39 History Risultati ricerca bibliografica Risultati ricerca per sostanza
1 2 1 Risultati ricerca bibliografica Risultati ricerca per sostanza Risultati ricerca per reazione

40 Alert Un Alert si ottiene salvando una ricerca nel proprio spazio personale sul server remoto di Reaxys Si può scegliere di lanciarla una volta al mese o ogni volta che il db viene aggiornato Si riceve un con il link a Reaxys Si possono salvare al massimo 50 Alerts

41 Creare un alert

42 Gli Alert salvati Se non si vuole attendere il momento dell’aggiornamento, è possibile lanciare la stessa query cliccando su Edit query

43 Ricerca per sostanza La ricerca per sostanze può essere condotta in vari modi Oltre alla struttura chimica, il db contiene informazioni sulle proprietà delle sostanze, dei composti e delle reazioni, da riviste e brevetti I campi ricercabili sono moltissimi. Quando un dato esiste nelle fonti indicizzate, il dato diventa chiave di ricerca

44 Ricerca avanzata per proprietà
La ricerca avanzata per proprietà richiede esperienza e una buona conoscenza della materia. Meglio cominciare espandendo le voci per farsi un’idea della disponibilità Fare anche attenzione allo spelling dei termini L’elenco dei termini è disponibile nell’Help in linea eaxys_Help.htm?ver= #All_Files/Que ry_Page.htm

45 Operatori Booleani (1)

46 Operatori Booleani (2)

47 Gli editor di struttura chimica
Si utilizzano degli editor per disegnare le molecole, o si possono importare strutture salvate Disponibili ChemAxon MarvinSketch (basato su Java), Dotmatics Elemental che non richiede installazione Reaxys può essere configurato con altri editor. Gli editor esterni non sono supportati sui Macintosh CrossFire Structure Editor Accelrys ISIS Draw Accelrys Draw CambridgeSoft ChemDraw InfoChem ICEdit Maggiori dettagli nell’Help in linea

48 Ricerca per struttura Ricerca semplice: di default ricerca la struttura esatta, inclusi isotopi, miscele, sali, ioni, radicali, stereochimica È possibile modificare l’impostazione punto per punto Usare l’editor per disegnare. In alternativa usare la funzione Generate Structure from Name

49 Combinare struttura e proprietà
La ricerca per struttura può combinarsi con i dati di proprietà utilizzando l’apposito comando (semplice o avanzato)

50 I dettagli di ricerca struttura (1)

51 I dettagli di ricerca struttura (2)

52 Ulteriori opzioni di ricerca per struttura

53 La ricerca parallela in Pubchem e eMolecules
La ricerca per sostanze viene automaticamente estesa anche a Pubchem ed eMolecules. È sufficiente spostarsi da un tab all’altro per visualizzare i risultati

54 Risultati della ricerca
Reaxys Pubchem E-Molecules

55 Ricerca per reazione I composti chimici possono essere disegnati con l’editor o ricercati per nome, formula bruta, CAS RN… (vedi ricerca per sostanza) Si può cercare per prodotto, reagente, catalizzatore ecc..

56 Importare la formula da ricerca precedente
È possibile recuperare una formula da una precedente ricerca e copiarla nel modulo di ricerca per reazione e viceversa

57 Ricerca per similarità
Il grado di similarità tra due reazioni è determinato da: Natura delle trasformazioni coinvolte (centri di reazione) Natura degli atomi immutati immediatamente attorno ai centri di reazione  (vedi Help in linea)

58 Combinare la reazione con la scelta delle condizioni
La ricerca di reazioni associate ad un particolare composto può essere combinata con le condizioni di reazioni (semplice e avanzata)

59 Ricerca bibliografica
Si possono utilizzare gli operatori booleani

60 I campi della ricerca bibliografica (1)
Authors/Assignees Si possono utilizzare gli *. Usare la lista consigliata o digitare il nome come nell’esempio: Snyder,Carroll A. È possibile selezionare più di un nome alla volta Journal Title Digitare il nome e scegliere dall’elenco. L’* funziona da wildcard e si può usare prima o dopo la parola. *cta*scand* trova "Acta Chem. Scand., Ser. A". Si possono cercare più riviste insieme Cercare ache tra le abbreviazioni, i nomi non sono standardizzati

61 I campi della ricerca bibliografica (2)
Brevetti La sintassi dipende dal brevetto US Applications: US<year> / <number (no leading zeros)> Es.: US2003/225075 US granted patents: US<number (no leading zeros)> Es.: US EP patents: EP<number (no leading zeros)> Es.: EP8755 WO patents: WO<year> / <number (no leading zeros)> Es.: WO2002/61194 Oppure digitare il numero del box

62 I campi della ricerca bibliografica (3)
Patent Country Digitare le due lettere dell’abbreviazione del paese del brevetto nel query box o digitare e selezionare dall’elenco Si possono selezionare più paesi in una volta

63 Collegamento tra Reaxys e Scopus

64 Synthesis Planner Si usa per creare uno schema di reazione partendo da composti a scelta trovati da una precedente ricerca in Reaxys, fino al prodotto desiderato Si può cominciare da qualunque composto visibile nei risultati di una ricerca

65 Schema di sintesi dell’Indometacina
Ricercare per nome la sostanza nel tab reaction, o nel nel reaction tab Tra i risultati, scegliere il composto di interesse e cliccare su “Synthesize”

66 Personalizzare la visualizzazione
Scegliere come si vogliono visualizzare i dati, lo zoom, l’orientamento della reazione …

67 Costruzione del Synthesis Plan usando gli strumenti di ricerca
Per la creazione del Synthesis Planner è possibile eseguire ricerche, applicare filtri, cercare reagenti all’interno di cataloghi commerciali, selezionare i reagenti in base a condizioni sperimentali scelte … Ora è possibile effettuare ricerche per sottostrutture mentre si predispone un synthesis planner

68 Output del progetto di sintesi

69 Sintesi indometacina

70 Stampare ed esportare i risultati (1)
I risultati si possono stampare e salvare in vari formati I documenti esportati contengono il link a Reaxys e l’ID identificativo di sostanza o reazione Il comando Print permette la stampa della videata. Selezionare prima ciò che si intende stampare (se si scelgono solo alcuni risultati) Nell’Help in linea sono disponibili esempi di esportazione nei vari formati

71 Stampare ed esportare i risultati (2)

72 Scelta dei dettagli di esportazione
Limiti di esportazione: 5000 per i formati ML, SD, RD e SMILES, 1000 per altri tipi di file

73 SLIDE (sul sito SBA)

74 SLIDE (in Ariel)

75 CONTATTI Elena.bernardini@unimi.it 02 503 18425
Biblioteca di Scienze del Farmaco