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INFO Sevizio Centralizzato Informatica e Reti Frascati, 14.04.2005Infrastrutture e Servizi per il Calcolo Scientifico 1 Modalità di utilizzo dei server.

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1 INFO Sevizio Centralizzato Informatica e Reti Frascati, Infrastrutture e Servizi per il Calcolo Scientifico 1 Modalità di utilizzo dei server di calcolo del C.E.D. di Frascati

2 INFO Sevizio Centralizzato Informatica e Reti Frascati, Infrastrutture e Servizi per il Calcolo Scientifico 2 Macchine per lavori interattivi e batch sp3-1 sp3-2 sp4-1 onyx2ced bw305-1 bw305-2 Nome macch. Arc. Sist. Oper. N° cpu RAM Freq. Power III Power IV R14000 Pentium 4 AIX IRIX 6.5 Red Hat GB 32 GB 8 GB 1 GB 375 MHz 1100 MHz 600 MHz 2.4 GHz

3 INFO Sevizio Centralizzato Informatica e Reti Frascati, Infrastrutture e Servizi per il Calcolo Scientifico 3 Macchine riservate per lavori batch sp4-2 sp4-3 sp x bw305 Nome macch. Arc. Sist. Oper. N° cpu RAM Freq. Power IV Pentium 4 AIX Red Hat GB 1 GB 1500 MHz 1900 Mhz 2.4 GHz

4 INFO Sevizio Centralizzato Informatica e Reti Frascati, Infrastrutture e Servizi per il Calcolo Scientifico 4 sp3 sp4 linux Suddivisione delle Risorse di calcolo 32 nodi Power III 128 nodi Power IV 16 nodi Pentiun 4 sgi 8 nodi R14000

5 INFO Sevizio Centralizzato Informatica e Reti Frascati, Infrastrutture e Servizi per il Calcolo Scientifico 5 Modalità di accesso alle risorse Si può utilizzare il commando ssh o telnet. Oppure il software Citrix (Ica Client) selezionando lapplicazione INFOGRID tra quelle pubblicate dal software (MetaFrame Presentation server). Ex. ssh –l enea sp3-1 telnet sp3-1 (solo dalla rete ENEA)

6 INFO Sevizio Centralizzato Informatica e Reti Frascati, Infrastrutture e Servizi per il Calcolo Scientifico 6 Comando per controllare lo stato delle risorse lsload –R nome delle risorsa frascati (report delle macchine di una specifica risorsa) lsload frascati (report delle macchine appartenenti a tutte le risorse di Frascati) Ex. lsload –R linux frascati

7 INFO Sevizio Centralizzato Informatica e Reti Frascati, Infrastrutture e Servizi per il Calcolo Scientifico 7 Compilatori e ambienti paralleli I compilatori disponibili sono: IBM Fortran e C su sp3 e sp4 PGI Fortran su linux MPICH Fortran e C su sp3, sp4, i386_linux e sgi GNU (gcc g77) su linux SILICON GRAPHICS Fortran e C su sgi Gli ambienti paralleli disponibili sono: MPI POE su sp3 e sp4 PVM e MPICH su sp3, sp4, linux e sgi SMP OpenMP su sp3, sp4 e sgi OpenMP + MPI su sp3 e sp4 (parallelo misto)

8 INFO Sevizio Centralizzato Informatica e Reti Frascati, Infrastrutture e Servizi per il Calcolo Scientifico 8 Esempi di compilazione Seriale: xlf –o pippo pippo.f IBM Fortran pgf77 –o pippo pippo.f PGI Fortran f77 –o pippo pippo.f SILICON GRAPHICS Fortran Parallelo: mpxlf –o pippo pippo.f IBM Fortran MPI xlf90_r –o pippo –qsmp=omp pippo.f IBM Fortran OpenMP mpicc –o pippo pippo.f MPICH i386_linux

9 INFO Sevizio Centralizzato Informatica e Reti Run di un job seriale batch Scheduler LSF Comando bsub Dal prompt della Shell (KSH o C) di una macchina interattiva scrivere: bsub –R* nome della risorsa* * –q nome della coda ** * my_programm dove: * -R può essere sostituito con –m nome della macchina * * nome della risorsa può essere uguale a ( sp3, sp4, sgi o linux ) *** nome della coda può essere uguale a ( small_10m, medium_2h, large ). Ex. bsub –R sp3 –q medium_2h pippo bsub –m sp4-2 –q large pippo

10 INFO Sevizio Centralizzato Informatica e Reti Run di un job parallelo batch (solo SP3 o SP4) Scheduler LSF + LOADLEVELER Script poe.bsub Richiede il file.rhosts Dal prompt della Shell (KSH o C) di una macchina interattiva scrivere: poe.sub my_programm nome della risorsa* -inp my_input –out my_out –err my_error –queue nome della coda ** -procs n*** dove: * nome della risorsa può essere uguale a (–sp3 o –sp4) ** nome della coda può essere uguale a (small_10m, medium_2h, large). *** n = 2÷32 per sp3, 2 ÷ 128 per sp4 Ex. poe.sub pippo –sp3 –inp pippo.inp –out pippo.out –err pippo.err –queue medium_2h –procs 16

11 INFO Sevizio Centralizzato Informatica e Reti Frascati, Infrastrutture e Servizi per il Calcolo Scientifico 11 Run di un job parallelo PVM batch Scheduler LSF Script mcnp.bsub Richiede il file.rhosts Dal prompt della Shell (KSH o C) di una macchina interattiva scrivere: mcnp.sub i=my_programm nome della risorsa* queue nome della coda ** tasks n***x1 dove: * nome della risorsa può essere uguale a (sp3,sp4 o sgi ) ** nome della coda può essere uguale a (small_10m, medium_2h, large) *** n = 2÷32 per sp3, 2÷128 per sp4, 8 per sgi Ex. mcnp.sub i=pippo sp3 queue medium_2h tasks 16*1

12 INFO Sevizio Centralizzato Informatica e Reti Run di un job parallelo interattivo (I386_linux) MPI Parallel environment MPICH Richiede il file.rhosts Dal prompt della Shell (KSH o C) di una macchina linux scrivere: mpirun –np n* -machinefile my_machinefile ** pippo dove: * n= 2÷16 ** my_machinefile è un file che contiene lelenco delle macchine Ex. mpirun –np 8 –machinefile hostfile pippo

13 INFO Sevizio Centralizzato Informatica e Reti Comandi per controllare lo stato dei jobs sottomessi bjobs lista dei propri jobs in esecuzione o in coda dattesa bjobs –u all lista di tutti i jobs bkill cancella un job in coda bpeek lista dello standard output Per ottenere ulteriori informazioni sullutilizzo dei comandi digitare: man nome del comando

14 INFO Sevizio Centralizzato Informatica e Reti


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