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Reaxys Elena Bernardini Biblioteca di Scienze del Farmaco.

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Presentazione sul tema: "Reaxys Elena Bernardini Biblioteca di Scienze del Farmaco."— Transcript della presentazione:

1 Reaxys Elena Bernardini Biblioteca di Scienze del Farmaco

2 Biblioteca centrale di Farmacia Lagenda di oggi Cosè Reaxys Come si accede Come si usa Case studies

3 Biblioteca centrale di Farmacia Cosè Reaxys? Banca dati con interfaccia web per il recupero di informazioni su composti chimici, reazioni chimiche e citazioni bibliografiche Contiene informazioni bibliografiche provenienti da diverse fonti (riviste e brevetti) e dati fattuali dalle stesse fonti –Dati sperimentali misurati e non quelli calcolati –Reazioni –Dati sulle sostanze

4 Biblioteca centrale di Farmacia Che ambiti di ricerca in Reaxys? Chimica organica Chimica inorganica Chimica metallorganica Chimica farmaceutica Biochimica e scienze biologiche Chimica analitica Chimica fisica Chimica ambientale Chimica dei materiali…

5 Biblioteca centrale di Farmacia Interoperabilità con Sciverse Scopus I prodotti dello stesso publisher contengono link reciproci Attraverso il link a SciVerse Scopus, ai full- text sul sito dei publisher e delle banche dati brevettuali È possibile laccesso alla propria biblioteca digitale configurando lOpenURL resolver

6 Biblioteca centrale di Farmacia Reaxys e SciVerse Scopus: usare approcci diversi 6 Dati sulle sostanze Pubblicazioni Ricerca chimica Ricerca bibliografica Dettagli chimici Dettagli in letteratura Dati sulle proprietà sperimentali Dati di bioattività Dati sulle proprietà sperimentali Dati di bioattività Informazioni sulla sintesi Sostanze correlate con attività simile Informazioni sulla sintesi Sostanze correlate con attività simile Informazioni sugli autori Campi di ricerca attivi – citato da, nuovi articoli Informazioni sugli autori Campi di ricerca attivi – citato da, nuovi articoli Keywords, abstract Multidisciplinarietà Ricerca per area disciplinare Keywords, abstract Multidisciplinarietà Ricerca per area disciplinare

7 Biblioteca centrale di Farmacia Copertura bibliografica I dati storici risalgono al 1771, attraverso la copertura di riviste e brevetti. I dati vengono estratti dalle pubblicazioni solo se contenenti la struttura chimica, dati sperimentali e citazioni affidabili La copertura delle riviste può non essere del 100%, qualora ci siano pubblicazioni che mancano di queste informazioni

8 Biblioteca centrale di Farmacia 8 Come avrei dovuto lavorare? La ricerca in Reaxys Leggere ogni singolo articolo Ricerca bibliografica tradizionale Ricerca fattuale con reaxys

9 Biblioteca centrale di Farmacia I dati fattuali e bibliografici 1H NMR 300 MHZ

10 Biblioteca centrale di Farmacia Cosa contiene Reaxis Sono inclusi solo dati validati sperimentalmente, non dati calcolati o estrapolati Da Beilstein: informazioni su strutture, reazioni, proprietà di composti organici del carbonio da riviste dal Brevetti Organic Da Gmelin: informazioni su strutture e proprietà di composti inorganici e matalloorganici da riviste e brevetti dal 1772 Inorganic & Organometallic Informazioni su brevetti selezionati in lingua inglese (WO, US, EP; dal 1976) appartenenti alle principali classificazioni chimiche: C07, A61K, A01N, C09B Patents Reaxys

11 Biblioteca centrale di Farmacia Integrazione con Pubchem PubChem è un db gratuito che fornisce informazioni su composti chimici e bioattività La sia integrazione con Reaxys permette la ricerca in parallelo della stessa struttura nei due db con I risultati presentati nellinterfaccia di Reaxys I TOC sono linkati a Pubchem

12 Biblioteca centrale di Farmacia I vantaggi dellintegrazione di Pubchem Stessa query e ricerca parallelo in entrambi i db con una sola interfaccia e una copertura di circa 40 M di composti I risultati sono suddivisi in due set, filtrati e visualizzati nel contesto Sovrapposizione tra i due bd del 16%-20% Ci sono link diretti da Reaxys a PubChem Sono disponibili le reazioni di Reaxys per i composti che non fanno match in PubChem Con ununica interfaccia è possibile creare dei synthesis plans attraverso composti simili di Reaxys per ciò che è unico in Pubchem, con ununica interfaccia tra i database Synthesize hyperlink to Reaxys Synthesis Planner and Xcelerate AutoPlan

13 Biblioteca centrale di Farmacia Approved drug filter È ora disponibile un filtro che consente di selezionare i composti che già hanno la licenza per luso farmaceutico (FDA e EMA)

14 Biblioteca centrale di Farmacia Come si accede?

15 Biblioteca centrale di Farmacia Banche dati dAteneo

16 Biblioteca centrale di Farmacia Selezionare la banca dati Consultabile anche da casa, previa autenticazione nellhome page della Biblioteca Digitale

17 Biblioteca centrale di Farmacia Registrarsi per usare servizi personalizzati Solo in questo modo è possibile configurare leditor di struttura, salvare strategie e risultati della ricerca, creare alert

18 Biblioteca centrale di Farmacia Application settings

19 Biblioteca centrale di Farmacia Come si usa? 3 tipologie di ricerca base Ricerca di letteratura Ricerca per sostanze Ricerca per reazioni

20 Biblioteca centrale di Farmacia Come si usa Query: Reactions tab, Substances tab, Literature tab In Reaction Query tab e Substances Query tab si può ricercare usando le strutture o testo Le strutture possono essere disegnate con un editor, o si possono ricercare per nome In Literature tab si può ricercare per dettagli bibliografici e keyword Le query si possono salvare e lanciare successivamente

21 Biblioteca centrale di Farmacia 3 tipologie di ricerca Ricerca per reazione 2.Ricerca per sostanza o proprietà chimico fisica 3.Ricerca bibliografica 4.Ricerca per nome 5.Lanciare la ricerca 5 La ricerca per formula è la più consigliata

22 Biblioteca centrale di Farmacia Ricerca per condizioni base e avanzata 1 1.Ricerca per nome della struttura 1.Ricerca per reazione 2.Ricerca per Condizioni di reazione base e avanzata 2

23 Biblioteca centrale di Farmacia Ricerca per proprietà base e avanzata 1 1.Ricerca per sostanza e proprietà 2.Ricerca per Proprietà base e avanzata 2

24 Biblioteca centrale di Farmacia Ricerca bibliografica base (1) 1.Quick Search 2.Authors/Assignees 3.Journal Title 4.Patent Number 5.Patent Country 6.Publication Year 7.Advanced Searching

25 Biblioteca centrale di Farmacia Ricerca bibliografica base (2) 1.Aprire lelenco per cercare la voce di interesse 1

26 Biblioteca centrale di Farmacia Ricerca bibliografica avanzata 1.Ricerca avanzata 2.Cercare il campo scrivendo il nome 3.Cercare il campo espandendo lelenco 1 2 3

27 Biblioteca centrale di Farmacia Ricerca bibliografica avanzata 1.Espandere lelenco delle proprietà ricercabili 2.Attenzione: alcune proprietà ricorrono in più gruppi con sintassi diverse: meglio cercarle per nome che espandendo gli elenchi 1 2

28 Biblioteca centrale di Farmacia I risultati della ricerca I risultati appaiono in modo diverso a seconda del tipo di ricerca Ogni reazione o sostanza è accompagnata dalla bibliografia già de-duplicata –Reaction Results Tab Reaction Tab Citations Tab –Substances and Properties Results Tab Grid Tab Table Tab Citations Tab –Literature Results Tab

29 Biblioteca centrale di Farmacia Risultati della Ricerca per reazioni: tabulare 1. Dettagli di reazione 2. Link a Reagenti e catalizzatori 3. Dettagli sperimentali: con i brevetti 4. Visualizza/nascondi i dettagli di reazione 5. Trova reazioni simili 6. Visualizza il dettaglio sulla sostanza 7. Zoom 8. Disponibilità commerciale

30 Biblioteca centrale di Farmacia Risultati della Ricerca per reazioni: tabulare 1. Ordinamento 2. Filtri 3. Filtro per sottostruttura 4. Limita ai selezionati

31 Biblioteca centrale di Farmacia Risultati della Ricerca per reazioni: tabulare 1. Full Text and View Citing Articles 2. Briciole di pane per la navigazione 3. Reazioni Multi -Step

32 Biblioteca centrale di Farmacia Le icone hanno lo stesso significato in ogni schermata Visualizzazione di una reazione Multi-Step

33 Biblioteca centrale di Farmacia 1.Contenuto dei documenti 2.Full Text e citazioni 3.Markush Viewer (Show all substances) Risultati della ricerca per reazioni: citazionale

34 Biblioteca centrale di Farmacia Risultati della ricerca per sostanze: tabulare 1.Informazioni sulla sostanza 2.Vedi dati specifici disponibili 3.Vedi tutti I dati 4.Dati di reazione

35 Biblioteca centrale di Farmacia Risultati della ricerca per sostanze: griglia Le icone e i tipi di informazione recuperabili sono sempre rappresentati dalle stesse icone e etichette

36 Biblioteca centrale di Farmacia Risultati della ricerca per sostanze: citazionale Le icone sono sempre le stesse. Nel formato citazione si vede la referenza del documento, il numero di citazioni di Scopus, link al full text 1.Cliccando sui termini si aprono e si visualizzano labstract, le reazioni, le condizioni di reazione ecc.. 1 2

37 Biblioteca centrale di Farmacia Risultati della ricerca bibliografica 1 2 Nel formato citazione si vede la referenza del documento, il numero di citazioni di Scopus, link al full text. Le informazioni possono essere leggermente diverse se provengono da Brevetti o da riviste 1.Cliccando sui termini si aprono e si visualizzano labstract, le reazioni, le condizioni di reazione ecc.. 1

38 Biblioteca centrale di Farmacia History La History permette di ritornare sui propri passi –Rivedere i risultati di una ricerca precedente –Ritornare alla stringa ricerca precedente –Combinare i risultati di due o più ricerche –Salvare i risultati –Cancellare i risultati salvati

39 Biblioteca centrale di Farmacia History Risultati ricerca bibliografica 2.Risultati ricerca per sostanza 3.Risultati ricerca per reazione 1

40 Biblioteca centrale di Farmacia Alert Un Alert si ottiene salvando una ricerca nel proprio spazio personale sul server remoto di Reaxys Si può scegliere di lanciarla una volta al mese o ogni volta che il db viene aggiornato Si riceve un con il link a Reaxys Si possono salvare al massimo 50 Alerts

41 Biblioteca centrale di Farmacia Creare un alert

42 Biblioteca centrale di Farmacia Gli Alert salvati Se non si vuole attendere il momento dellaggiornamento, è possibile lanciare la stessa query cliccando su Edit query

43 Biblioteca centrale di Farmacia Ricerca per sostanza La ricerca per sostanze può essere condotta in vari modi Oltre alla struttura chimica, il db contiene informazioni sulle proprietà delle sostanze, dei composti e delle reazioni, da riviste e brevetti I campi ricercabili sono moltissimi. Quando un dato esiste nelle fonti indicizzate, il dato diventa chiave di ricerca

44 Biblioteca centrale di Farmacia Ricerca avanzata per proprietà La ricerca avanzata per proprietà richiede esperienza e una buona conoscenza della materia. Meglio cominciare espandendo le voci per farsi unidea della disponibilità Fare anche attenzione allo spelling dei termini Lelenco dei termini è disponibile nellHelp in linea https://www.reaxys.com/reaxys/WebHelp/R eaxys_Help.htm?ver= #All_Files/Que ry_Page.htm https://www.reaxys.com/reaxys/WebHelp/R eaxys_Help.htm?ver= #All_Files/Que ry_Page.htm

45 Biblioteca centrale di Farmacia Operatori Booleani (1)

46 Biblioteca centrale di Farmacia Operatori Booleani (2)

47 Biblioteca centrale di Farmacia Gli editor di struttura chimica Si utilizzano degli editor per disegnare le molecole, o si possono importare strutture salvate Disponibili ChemAxon MarvinSketch (basato su Java), Dotmatics Elemental che non richiede installazione Reaxys può essere configurato con altri editor. Gli editor esterni non sono supportati sui Macintosh – CrossFire Structure Editor – Accelrys ISIS Draw – Accelrys Draw – CambridgeSoft ChemDraw – InfoChem ICEdit Maggiori dettagli nellHelp in linea

48 Biblioteca centrale di Farmacia Ricerca per struttura Ricerca semplice: di default ricerca la struttura esatta, inclusi isotopi, miscele, sali, ioni, radicali, stereochimica È possibile modificare limpostazione punto per punto Usare leditor per disegnare. In alternativa usare la funzione Generate Structure from Name

49 Biblioteca centrale di Farmacia Combinare struttura e proprietà La ricerca per struttura può combinarsi con i dati di proprietà utilizzando lapposito comando (semplice o avanzato)

50 Biblioteca centrale di Farmacia I dettagli di ricerca struttura (1)

51 Biblioteca centrale di Farmacia I dettagli di ricerca struttura (2)

52 Biblioteca centrale di Farmacia Ulteriori opzioni di ricerca per struttura

53 Biblioteca centrale di Farmacia La ricerca parallela in Pubchem e eMolecules La ricerca per sostanze viene automaticamente estesa anche a Pubchem ed eMolecules. È sufficiente spostarsi da un tab allaltro per visualizzare i risultati

54 Biblioteca centrale di Farmacia Risultati della ricerca Reaxys Pubchem E-Molecules

55 Biblioteca centrale di Farmacia Ricerca per reazione I composti chimici possono essere disegnati con leditor o ricercati per nome, formula bruta, CAS RN… (vedi ricerca per sostanza) Si può cercare per prodotto, reagente, catalizzatore ecc..

56 Biblioteca centrale di Farmacia Importare la formula da ricerca precedente È possibile recuperare una formula da una precedente ricerca e copiarla nel modulo di ricerca per reazione e viceversa

57 Biblioteca centrale di Farmacia Ricerca per similarità Il grado di similarità tra due reazioni è determinato da: –Natura delle trasformazioni coinvolte (centri di reazione) –Natura degli atomi immutati immediatamente attorno ai centri di reazione (vedi Help in linea)

58 Biblioteca centrale di Farmacia Combinare la reazione con la scelta delle condizioni La ricerca di reazioni associate ad un particolare composto può essere combinata con le condizioni di reazioni (semplice e avanzata)

59 Biblioteca centrale di Farmacia Ricerca bibliografica Si possono utilizzare gli operatori booleani

60 Biblioteca centrale di Farmacia I campi della ricerca bibliografica (1) Authors/Assignees Si possono utilizzare gli *. Usare la lista consigliata o digitare il nome come nellesempio: Snyder,Carroll A. È possibile selezionare più di un nome alla volta Journal Title Digitare il nome e scegliere dallelenco. L* funziona da wildcard e si può usare prima o dopo la parola. *cta*scand* trova "Acta Chem. Scand., Ser. A". Si possono cercare più riviste insieme Cercare ache tra le abbreviazioni, i nomi non sono standardizzati

61 Biblioteca centrale di Farmacia I campi della ricerca bibliografica (2) Brevetti La sintassi dipende dal brevetto US Applications: US / Es.: US2003/ US granted patents: US Es.: US EP patents: EP Es.: EP8755 WO patents: WO / Es.: WO2002/61194 Oppure digitare il numero del box

62 Biblioteca centrale di Farmacia I campi della ricerca bibliografica (3) Patent Country Digitare le due lettere dellabbreviazione del paese del brevetto nel query box o digitare e selezionare dallelenco Si possono selezionare più paesi in una volta

63 Biblioteca centrale di Farmacia Collegamento tra Reaxys e Scopus

64 Biblioteca centrale di Farmacia Synthesis Planner Si usa per creare uno schema di reazione partendo da composti a scelta trovati da una precedente ricerca in Reaxys, fino al prodotto desiderato Si può cominciare da qualunque composto visibile nei risultati di una ricerca

65 Biblioteca centrale di Farmacia Schema di sintesi dellIndometacina Ricercare per nome la sostanza nel tab reaction, o nel nel reaction tab Tra i risultati, scegliere il composto di interesse e cliccare su Synthesize

66 Biblioteca centrale di Farmacia Personalizzare la visualizzazione Scegliere come si vogliono visualizzare i dati, lo zoom, lorientamento della reazione …

67 Biblioteca centrale di Farmacia Costruzione del Synthesis Plan usando gli strumenti di ricerca Per la creazione del Synthesis Planner è possibile eseguire ricerche, applicare filtri, cercare reagenti allinterno di cataloghi commerciali, selezionare i reagenti in base a condizioni sperimentali scelte … Ora è possibile effettuare ricerche per sottostrutture mentre si predispone un synthesis planner

68 Biblioteca centrale di Farmacia Output del progetto di sintesi

69 Biblioteca centrale di Farmacia Sintesi indometacina

70 Biblioteca centrale di Farmacia Stampare ed esportare i risultati (1) I risultati si possono stampare e salvare in vari formati I documenti esportati contengono il link a Reaxys e lID identificativo di sostanza o reazione Il comando Print permette la stampa della videata. Selezionare prima ciò che si intende stampare (se si scelgono solo alcuni risultati) NellHelp in linea NellHelp in linea sono disponibili esempi di esportazione nei vari formati

71 Biblioteca centrale di Farmacia Stampare ed esportare i risultati (2)

72 Biblioteca centrale di Farmacia Scelta dei dettagli di esportazione Limiti di esportazione: 5000 per i formati ML, SD, RD e SMILES, 1000 per altri tipi di file

73 Biblioteca centrale di Farmacia SLIDE (sul sito SBA)

74 Biblioteca centrale di Farmacia SLIDE (in Ariel)

75 Biblioteca centrale di Farmacia CONTATTI Biblioteca di Scienze del Farmaco


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