Corso Strategie di ricerca bibliografica e metodologie di sviluppo di linee guida Livorno – Ordine dei medici chirurghi e odontoiatri 7 dicembre 2013 Ricerca dell’informazione medica attraverso PubMed 7 dicembre 2013

Contenuto della lezione   Caratteristiche del PubMed   Principali punti di accesso al documento   Modalità di ricerca dell’informazione   Formati di visualizzazione delle citazioni bibliografiche   Memorizzazione delle citazioni bibliografiche 2 Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

Caratteristiche del PUBMED u u INTERFACCIA WEB DEL MEDLINE SVILUPPATA DAL NATIONAL CENTER FOR BIOTECHNOLOGY INFORMATION PRESSO LA NATIONAL LIBRARY OF MEDICINE CON LA COLLABORAZIONE DI NUMEROSI EDITORI DI RIVISTE SCIENTIFICHE. u u CONSIDERA I SEGUENTI SETTORI: MEDICINA, INFERMIERISTICA, ODONTOIATRIA, MEDICINA VETERINARIA, ORGANIZZAZIONE SANITARIA, SCIENZE PRECLINICHE u u COMPRENDE L’INDEX MEDICUS, L’INTERNATIONAL NURSING INDEX E L’INDEX TO DENTAL LITERATURE 3 Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

Struttura del PUBMED L’archivio comprende oltre 23 milioni di citazioni bibliografiche provenienti dallo spoglio di circa 5600 riviste biomediche ed alcuni libri a partire dal Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

In process Citations Citazioni non ancora inserite nel Medline in quanto il processo di indicizzazione è ancora in corso Aggiornamento quotidiano Dati non controllati. le citazioni inviate al PubMed direttamente dagli editori ; 5 Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS 5

Citazioni dell’OLDMEDLINE Citazioni con lo “status tag”PubMed Citazioni al di fuori dell’ambito biomedico o pubblicate su fascicoli di riviste apparsi prima della data di inserimento della rivista stessa in PubMed. 6 Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

Citazioni provenienti da un libro Titolo di un libro presente in PubMed Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS 7

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SERVIZI AGGIUNTIVI OFFERTI DAL PUBMED (1) - Descrizione dettagliata delle modalità di esecuzione di una ricerca bibliografica - Ricerca del testo completo di un articolo - Risposte a domande ricorrenti poste sul sistema - Manuale interattivo per la consultazione del PubMed - Aggiornamenti apportati alla base dati Using PubMed PubMed Tools - Verifica e controllo delle singole citazioni bibliografiche -Verifica e controllo di varie citazioni bibliografiche - Possibilità di effettuare una ricerca su aspetti prestabiliti dal sistema (Terapia, Diagnosi, Eziologia e Prognosi) 9 Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

SERVIZI AGGIUNTIVI OFFERTI DAL PUBMED SERVIZI AGGIUNTIVI OFFERTI DAL PUBMED (2) More Resources -Ricerca e consultazione dei descrittori controllati della NLM (MeSH) - Ricerca e consultazione delle riviste indicizzate nel PubMed e nelle altre basi dati del NCBI (Nucleotide; Protein; …) -Sperimentazioni cliniche finanziate dai National Institutes of Health americani 10 Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

PUBMED - ESEMPIO DI RECORD 11

AFFILIATION Nome ed indirizzo dell’Istituto o Ente cui appartiene il primo autore [AD, AFFL] ALL FIELDSComprende tutti i campi della unit record [ALL] AUTHOR Cognome ed iniziale del nome dei vari autori [AU, AUTH] AUTHOR - CORPORATE Ente autore di un documento [CN] AUTHOR - FULL Cognome e nome (scritto per esteso) dei vari autori [FAU] DATE - ENTREZ Data in cui il record è stato inserito nel PubMed (2000/01/30) [EDAT] DATE - MESH Data in cui i descrittori MeSH sono stati assegnati alla citazione [MHDA] DATE – PUBLICATION Data di pubblicazione dell’articolo nel formato Anno/Mese/Giorno [DP, PDAT] EC/RN NUMBERNumero assegnato dalla Enzyme Commission (E.C.) per designare un [RN, ECNO]determinato enzima e numero di registro (RN) assegnato dal Chemical Abstracts Service alle singole sostanze chimiche. Principali punti di accesso al documento (Segue) 12 Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

[PL] ISSUENumero del fascicolo della rivista in cui è stato pubblicato l’articolo [IP, ISSUE] JOURNAL Nome della rivista in cui è pubblicato l’articolo [TA, JOUR] LANGUAGE Lingua di pubblicazione dell’articolo [LA, LANG] MESH MAJOR TOPIC I descrittori identificati da tale campo descrivono gli argomenti princi- [MAJR] pali del lavoro, di conseguenza sono molto utili per reperire i lavori maggiormente centrati sui concetti di nostro interesse, evitando gli argomenti trattati marginalmente. MESH TERMS Termini utilizzati per indicizzare gli articoli presenti nel Medline. [MH, MESH] OTHER TERMTermini forniti dall’autore. Indicano il contenuto dell’articolo [OT] PAGINATION Numero della prima pagina dell’articolo. [PG] PLACE OF PUBLICATION Paese di pubblicazione di una rivista [PL] Principali punti di accesso al documento (Segue) 13 Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

PERSONAL NAME Campo utile a ritrovare le citazioni dove si parla di un determinato AS SUBJECT [PS] autore. PHARMACOLOGIC Campo utile a ritrovare sostanze aventi una determinata azione ACTION [PA] farmacologica. PUBLICATION TYPE Tipo di pubblicazione del materiale indicizzato nel Medline (Review [PT, PTYP] Controlled Clinical Trial - Randomized Clinical Trial). SECONDARY Identifica la banca dati di genetica in cui è stata depositata la strut- SOURCE ID [SI] tura degli acidi nucleici trattati nella pubblicazione. SUBHEADINGS Particolari aspetti della ricerca. [SH] SUBSET Subset di appartenenza del record [SB] - Core clinical journals JOURNAL GROUPS - Dental journals - MEDLINE - Nursing journals Principali punti di accesso al documento (Segue) 14 Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

Principali punti di accesso al documento TOPICS- AIDS - Bioethics - Cancer - Complementary Medicine - Dietary supplements - History of Medicine - Systematic Reviews - Toxicology - Veterinary Science SUBSTANCE NAMENome delle sostanze chimiche menzionate nel record [NM, SUBS] TEXT WORDSTermini presenti nei seguenti campi: Title - Abstract - [TW, WORD]MeSH Headings - Subheadings - Medline SI - Names of Substances - Personal Name as Subject TITLE WORDS [TI, TITLE]Termini presenti nel titolo delle citazioni UNIQUE IDENTIFIERS Numero di identificazione del record nel Medline e nel [UID], [PMID]PubMed VOLUME [VI, VOL]Numero del volume del periodico in cui è pubblicato l’articolo 15 Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

PUBMED - Ricerca per autore Racchiudere tra virgolette (“) cognome ed iniziale del nome dell’autore cui deve far seguito il qualificatore di campo [AU]   “Mannion C” [AU] oppure digitare   Mannion Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

Visualizzazione delle citazioni ottenute inserendo “Mannion C” [AU] Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS 17

18 ……………………………………………………………………………………………………………………. Visualizzazione delle citazioni ottenute inserendo Mannion Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

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20 Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS PUBMED - Ricerca per primo autore Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS 20

Visualizzazione delle citazioni ottenute inserendo “COLEMAN T” [1AU] ……………………………………………………………………………………………………………………… Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS 21

22 RICERCA PER PERIODICO Si scrive il nome del periodico seguito dal qualificatore [TA] oppure [JOUR] Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

PUBMED – Ricerca per argomento (1) Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS 23

Visualizzazione delle citazioni relative al termine Immunotoxicity Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS 24

DETAILS Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS Consente di conoscere in che modo il sistema ha tradotto la mia strategia di ricerca Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS 25

Per effettuare una corretta strategia di ricerca con le parole libere è necessario inserire tutti i possibili sinonimi di un termine, le sue abbreviazioni, le sue forme aggettivali. IMMUNOTOXICITY Immunotoxic Immunotoxicant Immunotoxicants Immunotoxicity ………………….. Se si conosce con esattezza la parte iniziale di un termine si può procedere ad un eventuale troncamento rappresentato dall’asterisco (*) IMMUNOTOXIC* Ricerca con parole libere Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS 26

PUBMED – Ricerca per argomento (2) Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS 27

Visualizzazione delle citazioni relative al termine Psoriasis ……………………………………………………………………………… Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS 28

29 ………………………………………………………………………………………………………………….. Visualizzazione delle citazioni relative al termine Psoriasis [MeSH Terms] Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

30 Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS PUBMED – Ricerca per argomento (3) 30

31 Visualizzazione delle citazioni relative a Antibiotics residues ……………………………………………………………………………… Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

32 Visualizzazione del record nr 1 nella diapositiva nr 31 (formato Abstract) Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

33 Visualizzazione delle citazioni relative a “Antibiotic Residues” Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS 33 Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

34 Visualizzazione del record nr 1 nella diapositiva nr 33 (formato Abstract) Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

u u 1. RICERCA PER AUTORE Cognome ed iniziale del nome di un autore [AU, AUTHOR]“VERONESI U” [AU]   2. RICERCA PER NOME ESTESO DI UN AUTORE FULL AUTHOR NAME Cognome e nome per esteso di un autore [FAU]VERONESI UMBERTO [FAU]   3. RICERCA PER PERIODICO Titolo del periodico in cui è pubblicato l’articolo [TA, JOURNAL]NATURE [TA]   4. RICERCA PER LIBRO Titolo o capitolo del libro in cui è presente il termine inserito PMCBOOKAngelman pmcbook   4. RICERCA PER DESCRITTORE CONTROLLATO [MH, MESH] Termini utilizzati per indicizzare gli articoli presenti nel Medline MELANOMA [MH]   5. RICERCA DI LAVORI IN CUI SI PARLA DI UN AUTORE [PS]Campo utile a ritrovare le citazioni dove si parla di un determinato autore Bovet D [PS]   6. LIMITAZIONE AD UNA DATA DI PUBBLICAZIONE Data di pubblicazione dell’articolo nel formato Anno/Mese/Giorno [DP, PDAT] Melanoma [MH] AND 2013 [DP] Limitazione dal 2000 al 2013Melanoma [MH] AND 2000:2013 [DP] Principali punti di accesso al documento 35

36 Tasti funzionali Display Settings – Send to Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

Tasti funzionali Display Settings – Send to 37 Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

Display Settings Format Possibilità di visualizzare le citazioni selezionate nel formato di stampa desiderato Items for page Possibilità di modificare il numero delle citazioni bibliografiche all’interno di una pagina web. Sort by Possibilità di visualizzare le citazioni per data di pubblicazione, per ordine alfabetico di primo autore, ultimo autore, per titolo di periodico oppure, per titolo dell’articolo e per rilevanza. Send to: File Permette di memorizzare su disco fisso del proprio personal computer o su dischetto una o più citazioni bibliografiche in un qualsiasi formato di stampa. Collections Permette la memorizzazione permanente di una o più citazioni all’interno del NCBI Order Consente di ordinare uno o più articoli direttamente alla National Library of Medicine Clipboard Consente la memorizzazione temporanea di una o più citazioni in un apposito spazio creato dalla National Library of Medicine Permette di inviare per posta elettronica le citazioni selezionate My bibliography Permette di archiviare i record bibliografici selezionati 38 Tasti funzionali Display Settings – Send to

……………………………………………………………………….. Formati di visualizzazione di una citazione bibliografica 39

  SUMMARY   ABSTRACT   MEDLINE u u Titolo – Autori - Fonte bibliografica – Eventuale indicazione che l’articolo non è in lingua inglese – Numero di identificazione del record nel PubMed – Note aggiuntive ([PubMed – in process]) - Link a Related citations u - u Dati contenuti nel formato Summary – Abstract – Eventuale link al testo completo dell’articolo – Ente di appartenenza del primo autore – Link ai descrittori controllati e ai tipi di pubblicazione - Link ai siti web di editori scientifici e biblioteche biomediche tramite cui si può ottenere il testo completo dell’articolo –Link al MedlinePlus u u Record completo di tutti i campi così come appare nella base di dati Medline Formati di visualizzazione di una citazione bibliografica 40 Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

Citazione bibliografica – Formato Abstract Dati contenuti nel formato Summary - Abstract - Eventuale link al full text dell’articolo –Ente di appartenenza del primo autore - Link ai descrittori controllati e ai tipi di pubblicazione – Link ai siti web di editori scientifici e biblioteche biomediche tramite cui si può ottenere il testo completo dell’articolo – Link al MedlinePlus Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS 41

42 Citazione bibliografica – Formato Medline (segue) …………………………………………………………………………….. Record completo di tutti i campi così come appare nella base di dati Medline Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

43 Citazione bibliografica – Formato Medline) 43 ……………………………………………………………………………………………………………….

44 STAMPA DELLE CITAZIONI BIBLIOGRAFICHE (1) E’ possibile: stampare soltanto le citazioni visualizzate su una pagina web 44

45 ………………………………………………………………………. STAMPA DELLE CITAZIONI BIBLIOGRAFICHE (2) 45

46 STAMPA DI ALCUNE CITAZIONI BIBLIOGRAFICHE – Segue Selezione di due citazioni bibliografiche dalla pagina web nr 1 46 Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

………………………………………………………………………… STAMPA DI ALCUNE CITAZIONI BIBLIOGRAFICHE – Segue Selezione di una citazione bibliografica dalla pagina web nr 2 Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS 47

48 STAMPA DI ALCUNE CITAZIONI BIBLIOGRAFICHE – Segue Selezione del formato di visualizzazione Abstract delle citazioni selezionate ……………………………………………………………………………………………………………………… Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

49 STAMPA DI ALCUNE CITAZIONI BIBLIOGRAFICHE – Segue Citazioni bibliografiche nel formato Abstract Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

50 STAMPA DI ALCUNE CITAZIONI BIBLIOGRAFICHE Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

51 - Selezionare le citazioni bibliografiche da memorizzare - Cliccare su SEND TO. Dal menu a tendina selezionare FILE - In corrispondenza a Format selezionare il formato di visualizzazione desiderato - Cliccare su Create File - Si aprirà una nuova schermata in cui il sistema chiede all’utente se si vuole aprire o salvare il file. Cliccare su Salva - Il sistema chiede all’utente il nome della cartella in cui si vuole memorizzare il file ed il nome da assegnare al file - Cliccare su Salva MEMORIZZAZIONE DELLE CITAZIONI BIBLIOGRAFICHE SU DISPOSITIVO ELETTRONICO (PC- USB) Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

52 ……………………………………………………………………….. MEMORIZZAZIONE DELLE CITAZIONI BIBLIOGRAFICHE (segue) Selezione delle citazioni Dal menu a tendina in corrispondenza a Send to selezionare File ……………………………………………………………………………………………………………………… Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

53 ………………………………………………………………………… MEMORIZZAZIONE DELLE CITAZIONI BIBLIOGRAFICHE (segue) Cliccare su Salva Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

54 ………………………………………………………………………… MEMORIZZAZIONE DELLE CITAZIONI BIBLIOGRAFICHE (segue) Selezionare la cartella dove si vuole memorizzare il file Inserire il nome da assegnare al file Cliccare su Salva Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS

55 …………………………………………………………………………… MEMORIZZAZIONE DELLE CITAZIONI BIBLIOGRAFICHE La memorizzazione delle citazioni è stata completata Rosaria Cammarano – Settore Documentazione – ISS