ESERCITAZIONE BIOINFORMATICA ALLE 16.15 AULA 17

Complesso d’inizio di pol III

Promotore minimo di pol II

Assemblaggio del complesso di inizio su un promotore Pol II Pol Pol II TATA -1 -2 -3 -4 -5 1 2 TFII D TFII A TFII B Pol II TFII E 1 TBP + vari TAF TFIIF

Complesso d’inizio di pol II

Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

Complesso d’inizio di pol II

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Gli elementi di un promotore possono essere determinati mediante geni “reporter”

I confini di un promotore possono essere determinati mediante analisi di delezioni progressive attività 100 reporter reporter 100 reporter 100 reporter 100 reporter 30 reporter

Gli elementi di un promotore possono essere determinati mediante analisi di mutazioni sito-specifiche

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Elementi del promotore della metallotioneina

Altri elementi del promotore di pol II

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Funzionamento degli Enhancer

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Elementi Enhancer

Ruolo degli Isolatori

Possono essere distinti in: - Fattori generali - Attivatori FATTORI DI TRASCRIZIONE NEGLI EUCARIOTI Trans-acting factors = fattori che agiscono in trans Transattivatori = attivatori che agiscono in trans Possono essere distinti in: - Fattori generali - Attivatori costitutivi inducibili

Attivatori costitutivi Modulo Attivatore DNA occupato Consenso Distribuzione CAAT box CTF/NF1 22 bp GGCCAATCT ubiquitaria GC box SP1 20 bp GGGCGG Ottamero Oct-1 ATTGCAT Oct-2 23 bp linfoidi kB NFkB 10 bp GGGACTTTCC ATF GTGACGT

Attivatori inducibili e elementi di risposta Agente regolatore Elemento di risposta Consenso Fattore Dimensioni (dalton) Shock termico HSE CNNGCCNNTCCNNG HSTF 93.000 Glucocorticoidi GRE TGGTACAAATGTTCT GR 94.000 Cadmio MRE CGNCCCGGNCNC MTF1 80.000 TPA TRE TGACTCA AP1 39.000 Siero SRE CCATATTAGG SRF 52.000

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Struttura "modulare" degli attivatori legame al DNA transattivazione dimerizzazione legame al ligando

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Struttura degli attivatori

Scambio di domini di attivatori

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Dominio Dito di Zinco

Omeodominio (HTH, Elica-giro-Elica)

Dominio Elica-Ansa-Elica (bHLH)

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Famiglie di fattori di trascrizione Dito di zinco (zinc finger) Omeodominio (elica-giro-elica, HTH) Elica-ansa-elica (helix loop helix, bHLH) Cerniera di leucina (leucine zipper, bZIP)

Dimerizzazione degli attivatori

Combinazioni di omodimeri ed eterodimeri

Struttura dell’ “Enhanceosoma”

Attivazione della trascrizione mediante reclutamento

Attivazione della trascrizione

Modificazioni della cromatina mediate dagli attivatori

Acetilazione e deacetilazione della cromatina Corepressore

Gli attivatori sono "bersaglio" di vie di trasduzione