Durante gli anni 60 del Novecento nella parte settentrionale della Nigeria di fronte alle stragi a danno degli Ibo e temendo di perdere il controllo della situazione, Yakubu Gowon decise di abolire le quattro regioni in cui era divisa la Nigeria con un decreto che stabiliva la frammentazione in 12 Stati. A questa decisione, che privava i territori ibo del petrolio e dello sbocco sul mare, Odemugwu Ojukwu rispose annunciando la secessione e il 30 maggio del 1967 dichiarò la regione orientale uno stato indipendente chiamato Repubblica del Biafra. Due mesi dopo, in seguito alle dichiarazioni delle compagnie petrolifere, intenzionate a versare le royalties (cioè i diritti di sfruttamento) per il petrolio alla neonata Repubblica, il governo federale attacco militarmente il Biafra. Fu l'inizio di una guerra civile che durò per due anni e mezzo e che alla fine conterà più di 1 milione di morti

La situazione divenne sempre più drammatica, sia per il numero elevato di vittime tra i civili, sia per la ferocia dei combattimenti, dovuta alle implicazioni etniche e religiose. In seguito all'interessamento occidentale seguirono alcuni tentativi di trovare una soluzione pacifica al problema, ma fallirono miseramente poiché nessuna delle due parti era disposta a scendere a compromessi. Anche l'Organizzazione per l'Unità Africana che nel 1968 aveva riconosciuto quasi all'umanità la sovranità del Biafra, cercò di arrivare a una soluzione pacifica del problema, ma senza successo. Nel conflitto erano implicati gli interessi economici dei cartelli petroliferi impegnati nei proficui giacimenti della Nigeria orientale. Questa situazione si rifletté nel contraddittorio schieramento politico delle grandi potenze che vide Francia e Portogallo a favore del Biafra e quindi pronti a rifornirlo clandestinamente di armamenti, mentre l'Inghilterra, Unione sovietica e paesi dell'Est erano impegnati ad armare il governo centrale contro i secessionisti.

Gli Stati Uniti non scesero in campo apertamente, anche se lasciarono trapelare le proprie simpatie per il Biafra. In principio le forze biafrane riuscirono a contrastare l'esercito federale conseguendo anche notevoli successi tra cui l'attraversamento del Niger e la secessione della regione centro-occidentale della federazione. Ma poi la superiorità numerica e militare delle forze governative fece la differenza. I biafrani esistettero fino al gennaio del 1970, quando il governo centrale mise a punto un'offensiva risolutiva per porre fine alla secessione. Il giorno 15, mentre veniva firmata la resa e il trattamento di riunificazione, Odemugwu Ojukwu fuggiva all'estero, lasciando la situazione nelle mani del generale Effiong. La guerra del Biafra influenzò pesantemente la politica economica nigeriana che vide l'intensificarsi di relazioni economiche con i paesi dell'Est europeo a scapito del ruolo di predominanza che fino a quel momento era aspettato all'Inghilterra.