POLIMORFISMO GENETICO Una popolazione viene definita polimorfica per un sito genetico se di tale sito si conoscono almeno due alleli il più raro dei quali è presente in almeno l’1% degli individui (cioè la sua frequenza è ≥ 0.5%) I parametri che descrivono un polimorfismo sono: H = grado di eterozigosità = 2pq variabilità INTRApopolazione Nel caso di due alleli ha un valore max = 0.5 FST misura la variazione delle frequenze alleliche TRA popolazioni esprime l’incremento di probabilità che due gameti portino due alleli diversi se, invece di estrarli a caso dalla stessa popolazione, vengono estratti a caso da due popolazioni diverse. Può assumere valori compresi tra 0 e 1
TIPO DI MUTAZIONE TASSO DI MUTAZIONE SNS 10-8 Inserzione e delezioni (da puntiformi a varie Kb) evento raro Microsatelliti (1-9 bp) 10-3-10-4 Minisatelliti (10-100 bp) 10-2-10-3 SNS (Single Nucleotide Substitution) sono abbastanza uniformemente distribuite in tutto il genoma, con una densità leggermente superiore nelle regioni non codificanti; sono il tipo di variazione più comune (se ne conoscono vari milioni)
Le SNS che si verificano nelle regioni codificanti sono indicate come cSNS (c sta per coding) e le loro conseguenze a livello aminoacidico sono predicibili, possono essere distinte in: MS (MisSense) o non sinonime SS (SameSense) o sinonime Non senso
CRITERI DI CLASSIFICAZIONE DEI POLIMORFISMI GENETICI (alcuni esempi) materiale biologico su cui li si studia livello di analisi metodo di analisi base molecolare valore selettivo grado di variabilità (intra- ed inter-popolazioni) diffusione geografica tipo di trasmissione (classica o uniparentale)
POLIMORFISMI GENETICI 1a fase (anni ’30) gruppi sanguigni e polimorfismi legati a patologie 2a fase (anni ’60) polimorfismi elettroforetici 3a fase (a partire dagli anni ’80) RFLP + mini- e micro-satelliti