Famiglie di DNA ripetuto Lezione 7 By NA

Famiglie di DNA ripetuto non genico DNA RIPETUTO IN TANDEM: i blocchi possono mappare su piu’ cromosomi a seconda delle dimensioni medie delle unita si suddivide in: DNA satellite DNA minisatellite DNA microsatellite DNA RIPETUTO INTERSPERSO: Le singole unita’ sono sparse nel genoma. Contengono sequenze che possono essere retrotrasposte attraverso un intermedio di RNA. By NA

RIPETUTO IN TANDEM Il DNA satellite Al pari del DNA codificante si distingue in: ripetuto in tandem intersperso RIPETUTO IN TANDEM SATELLITE, tipico delle sequenze centromeriche (a-satellite, monomero di 171 bp) MINISATELLITE, monomero 6-64bp, altamente polimorfico. Utilizzato per esami di fingerprint del DNA. Es.DNA telomerico (TTAGGG) MICROSATELLITE, 2-4 bp ripetuti in tandem. Espansioni di triplette sono responsabili di alcune patologie By NA

DNA ripetuto in tandem By NA

DNA ripetuto in tandem By NA

Origine DNA ripetuto By NA

HSA C-BANDE By NA

PTR Eterocromatina By NA

GGO C-BANDE By NA

cinetocore Il centromero By NA

Struttura del centromero central domain: CENP-B a-satellite DNA kinetochore microtubules outer plate: CENP-E CENP-F Dynein Mad’s Bub’s inner plate: cenDNA CENP-C CENP-A CENP-G CENP-H CENP-I pairing domain: INCENP cohesin middle plate Struttura del centromero By NA

Le proteine centromeriche CENP-C CENP-A/CENP-C Inner Plate CENP-B Central domain By NA

SATELLITI CENTROMERICI UMANI By NA

DNA ALFOIDE HOR: higher order repeat By NA

DNA alfoide organizzazione genomica Enzimi di restrizione diversi su genomico totale umano pBR12 Decamero Tetramero Dimero By NA

DNA alfoide:mappatura Genomico totale di ibridi somatici uomo-hamster digeriti con lo stesso enzima HSA CHO pBR12 By NA

Variabilta’ dell’alfoide nella popolazione Genomici totali di individui diversi digeriti con lo stesso enzima 23 kb 9.4 6.5 4.3 2.3 2.0 pBR12 By NA

Alfoide specifico per il crom.Y pLAY5.5 By NA

Alfoide specifico per il crom.X pDMX1 By NA

Alfoide specifico per il crom.15 pMC15 By NA

Alfoide per i crom.13,21 p21ZA Questi cromosomi condividono l’alfoide anche ad alta stringenza By NA

Alfoide per i crom.14,22 Questi cromosomi condividono l’alfoide anche ad alta stringenza By NA

PRINS a1-a2 sono le tracce di riarrangiamenti avvenuti PCR in situ: un ciclo di estensione con primers costruiti sulla sequenza consensus si vedono alfoidi anche in regioni non centromeriche sono le tracce di riarrangiamenti avvenuti durante l’evoluzione recente By NA

L’uomo e le great apes Un po’ di dati sulle divergenze: HSA PTR Un po’ di dati sulle divergenze: HSA-PTR (Pan troglodytes) 5.5 mya HSA-GGO (Gorilla gorilla) 6.7 mya HSA-PPY (Pongo pygmeus) 8.2 mya GGO PPY Alcune differenze citogenetiche: inversioni pericentriche e paracentriche fusione per dare l’attuale cromosoma 2 traslocazione reciproca in GGO tra 5 e 17 Localizzazione dell’eterocromatina By NA

Il cariotipo comparativo By NA

Il cromosoma 2 di HSA 2 HSA PTR GGO PPY HSA PTR GGO PPY HSA=uomo PTR= scimpaze’ GGO=gorilla PPY=orango 2 HSA PTR GGO PPY HSA PTR GGO PPY By NA

LISTA DI ALFOIDI probe chr. pAL1 1 pBS4D 2 pAE0.68 3 p4n1/4 4 pZ4.1 4+9 pZ5.1 5+1+19 pG-A16 5+19 pEDZ6 6 pZ7.5 7 pZ8.4 8 pMR9A 9 pZ101.3 10 pRB11 11 probe chr. pBR12 12 p14.1 14+22 pMC15 15 pZ16A 16 pZ17-14 17 2Xba 18 pZ20 20 pZ21A 21+13 pI90.22 22 pDMX1 X pLAY5.5 Y pTRI-6 Sat.I pTRI-2 Sat.III Ognuna di queste sonde e’ diversa per organizzazione genomica, HOR anche quelle che mappano sullo stesso cromosoma: questo vuol dire che ogni cromosoma ha piu’ di un subset, inoltre a bassa stringenza..... By NA

FISH a bassa stringenza Una sonda specifica per un cromosoma riconosce anche altri centromeri.... Ma sempre gli stessi e ogni alfoide specifico per uno di loro, vede anche gli altri e solo quelli p2Xba (fam.2) pDMX1 (fam 3) By NA

Famiglie sopracromosomiche 1: 1-3-5-6-7-10-12-16-19 2: 2-4-8-9-13-14-15-18-20-21-22 3: 1-11-17-X 4: Y Alexandrov et al.1993 Questa classificazione e’ operativa, probabilmente evidenzia un meccanismo evolutivo che ha generato questi raggruppamenti By NA

Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma Sonde alfoidi specifiche per (1-5-19) (5-19) Monochr. hybrid (#19) Fibre By NA

Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma Fibre By NA

Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma Fibre By NA

Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma Fibre By NA

Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma Fibre By NA

Sonda alfoide p82H su cromosomi di babbuino By NA

Cromosomi di topo By NA

Cosa succede se si ibridano le sonde umane su cromosomi di Great Apes? GGO X HSA X pDMX1 By NA

Cosa succede se si ibridano le sonde umane su cromosomi di Great Apes GGO 12 HSA 12 12 pBR12 By NA