Divisione in gruppi di tre persone Assegnazione di tre articoli originali per gruppo. Gli articoli sono divisi in tre tematiche (A, B, C) Ciascun componente del gruppo sceglie uno dei tre articoli da presentare in un breve seminario secondo un calendario prestabilito. Gli altri due componenti del gruppo dovranno prepararsi a rispondere a domande (semplici) sull’articolo alla fine del seminario dei compagni di gruppo

VALUTAZIONE Seminario da 0 a 6 Domande ai componenti dello stesso gruppo di chi presenta (una per seminario) da 0 a 2 Esame finale da 8 a 20 Altri elementi che potranno contribuire al voto finale: 1) interventi durante la discussione dei seminari, 2) presenze

IMPACT FACTOR NATURE 25.814 SCIENCE 23.872 CELL 32.44 EMBO J 13.999 MOL CELL BIOL 9.666 J BIOL CHEM 7.368 EUR J BIOCHEM 2.852

articoli originali rassegne “reviews” libri di testo

Watson et al. , BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S. p Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005

Watson et al. , BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S. p Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005

Schema trasferimento e ibridazione

Watson et al. , BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S. p Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005

Altre tecniche di analisi Estensione del primer (primer extension) Protezione dalla S1/RNasi (mapping) RT-PCR

Estensione del primer (primer extension) mRNA totale Estensione del primer (primer extension) cap mRNA globina 3’ 5’ oligo antisenso marcato ibridazione estensione con RT Analisi dei frammenti estesi su gel di sequenza frammento protetto

Protezione da RNasi (RNase Protection)

Protezione da RNasi (RNase Protection) mRNA totale Protezione da RNasi (RNase Protection) cap mRNA globina 3’ 5’ sonda RNA antisenso ibridazione trattamento con RNasi Analisi dei frammenti protetti su gel di sequenza frammento protetto

Protezione da RNasi (RNase Protection)

saggio di footprinting Analisi interazioni DNA-proteine: saggio di footprinting

Analisi interazioni DNA-proteine: saggio EMSA

Coimmunoprecipitazione

Affinity co-purification (pull down)

Sistema dei due ibridi

Sistema dei due ibridi

Sistema dei tre ibridi

Chromatin immunoprecipitation (Chip)

An example of a ChIP assay done in yeast using an antibodies raised against the gene-specific transcription factor Gal4 and the general transcription factor and proteasome constituent Sug1. Different PCR primers (amplifying DNA segments A-E) were employed to probe for the presence of the two proteins along the GAL1 gene under non-inducing (raffinose) or inducing (galactose) conditions. Gal4 is known to be localized to the promoter. Therefore, the ChIP signals in regions B and C for this protein reflect the presence of longer DNAs in the sample which are co-IP’d with Gal4 and amplify using the B and C region primers. This reflects the relatively low resolution of the ChIP assay. Sug1 is an elongation factor and is therefore found throughput the gene.

Sistemi di espressione In vitro: - estratti cellulari In vivo: - cellule in coltura - animali transgenici

Gene reporter

Vettori di clonaggio per lievito

Ricombinazione omologa

Trasfezione di cellule in coltura transiente stabile vettori episomali

Trasfezione in cellule in coltura

Vettori episomali

Topi transgenici