Microbiologia clinica Diagnosi eziologica e guida alla terapia delle malattie infettive Per apparati Cute e annessi Orecchio Occhio Cavità orale Tr respiratorio Tr gastrointestinale Tr genito-urinario Sistema circolatorio Sistema nervoso

Classificazione Infezioni Generale Comunitarie/Ospedaliere Esogene/Endogene Opportunistiche, Iatrogene Per apparato Via di trasmissione Respiratoria, Alimentare, Sessuale, Contatto Materno-fetale Serbatoio o vettore Zoonosi Cibo/acqua/ambiente food-borne, water-borne Sangue blood-borne Insetti vettori vector-borne arthropod-borne

Infezioni nosocomiali Infezioni contratte in strutture assistenziali non in atto né in fase di incubazione al momento del ricovero possono manifestarsi dopo le dimissioni Convergere di condizioni favorenti il verificarsi di infezioni

Infezioni nosocomiali Esogene pazienti, personale, visitatori ambiente, alimenti, materiali, strumenti Endogene Infezioni crociate Patogeni opportunisti Multiresistenti

Ospite compromesso soggetto con deficit di uno o più meccanismi di difesa In aumento Nuove situazioni di rischio infettivo patogeni opportunisti patogeni condizionati Maggiore gravità da patogeni primari Maggiore prevalenza da patogeni opportunisti Carica infettante più bassa Infezioni endogene Riattivazioni di inf. latenti Infezioni esogene infezioni crociate

Infezioni crociate Paziente-paziente Portatori visitatori personale medico e paramedico Non adeguate misure di controllo Non seguite norme igieniche

Infezioni nosocomiali urinarie post-chirurgiche respiratorie (basse vie respiratorie) del sangue (setticemia) intestinali

Diagnostica di laboratorio Fase Pre-analitica raccolta del campione Analitica esame di laboratorio Post-analitica referto

Fase pre-analitica campione Richiesta paziente: nome, ecc… indicazioni sul paziente terapia in corso provenienza esame richiesto per alcuni germi richiesta specifica Prelievo potenzialmente infetto contenitore nell’apposita busta, con richiesta Conservazione Invio

Prelievo Sospendere terapia anti-infettiva Campione dalla sede di infezione o in relazione allo schema patogenetico attenzione alla contaminazione da flora esogena o endogena momento più opportuno rialzo febbrile quantità adeguata Modalità di prelievo in relazione alle caratteristiche del germe anaerobi Conservazione ed invio temperatura

Prelievi per infezioni genito-urinarie Tampone uretrale Tampone cervicale, vaginale Liquido prostatico Liquido seminale Secrezione balano-prepuziale

Urinocoltura Prelievo urina preferibilmente al mattino evitare prelievi a oltre 6 ore dall’ultima minzione Pulizia genitali esterni con acqua e sapone Diverse modalità mitto intermedio catetere sacchetto adesivo puntura sovrapubica Invio immediato, o frigo per 24 ore se con batteriostatici, temp ambiente per 24 ore Di norma Enterobatteri, Gram neg non fermentanti, Stafilococchi, Enterococchi Richieste particolari da specificare Legionelle, Micoplasmi, Clamidie, Micobatteri, …

Emocoltura Prelievo prima dell’inizio della terapia antiinfettiva o immediatamente prima della successiva somministrazione del farmaco disinfezione della zona di prelievo contaminazione da flora cutanea in flaconi appositi non disinfettare il tappo di gomma con iodofori invio immediato

Coprocoltura Batteri, miceti Protozoi Richiesta generica Virus in liquido di conservazione tal quale per sporigeni Protozoi in formalina Virus tal quale Richiesta generica Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia, Aeromonas Richiesta specifica E. coli EPEC, ETEC, EIEC, VTEC Clostridium difficile, C. perfringens Miceti, … Virus (Rotavirus, Norovirus)

Campioni da sedi diverse Cateteri vascolari contaminazione dalla zona di inserzione prelievo da vena periferica e direttamente dal catetere Liquidi drenaggio da sedi di norma sterili prelievo dalla cavità prelievo dal tubo di drenaggio Ulcere da decubito, ustioni strato superficiale colonizzato da flora endogena/esogena prelievi multipli con tampone prelievo profondo (biopsia, aspirato) Ascessi pulizia e disinfezione della sede prelievo con siringa sterile del materiale purulento da trasferire nel contenitore idoneo

Campioni per infezioni respiratorie Alte vie respiratorie Tampone faringeo Tampone nasale Tampone naso-faringeo Tampone orale Tampone auricolare Basse vie respiratorie Espettorato Lavaggio bronchiale, bronco-alveolare Liquido pleurico Talvolta indicata emocoltura