Analisi di sequenze Iniziamo con operazioni semplici... Il formato FASTA Uso di ReadSeq Esempi.

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Transcript della presentazione:

Analisi di sequenze Iniziamo con operazioni semplici... Il formato FASTA Uso di ReadSeq Esempi

Inverso complementare Uso di BCM Reverse Complement Esempi Analisi di sequenze

Traduzione Il codice genetico Senza sovrapposizione  triplette  codoni 20 amminoacidi e 4 nucleotidi  4, 4 2, 4 3 =64  piu’ parole del necessario  degenerazione (tutti i codoni hanno un significato  alcuni aa sono specificati da piu’ codoni. Numero di codoni per aa: da 1 a 6 Vacillamento nella terza posizione.

Es. Serina CodonetRNAanticodone UCU o UCCtRNAser1AGG + vacillamento UCA o UCGtRNAser2AGU + vacillamento AGU o AGCtRNAser3UCG + vacillamento Codoni di STOP:UAG, UGA e UAA Diversi codici genetici Codice genetico mitocondriale di animali AUA  Met invece di Ile UGA  Trp invece di STOP AGA e AGG  STOP invece di Arg (UAA, UAG, AGA, AGG) Altri codici in micoplasmi, protozoi e funghi.

Uso di BCM 6 frames translation

Mascheramento 25% del genoma degli eucarioti e formata da DNA altamente ripetitivo Ripetizioni in tandem, DNA a sequenza semplice (LCR regioni a bassa complessita’) Sequenza delle ripetizioni e’ specie specifica Primati: alpha satellite 340 basi Minisatellite (6 bp) telomeri Microsatellite (unita’<4 bp, <150 ripetizioni) Uso di BCM RepeatMasker