POSTGENOMICA O GENOMICA FUNZIONALE Analisi della sequenza genomica per identificare geni, sequenze di controllo, e tutti gli altri elementi che contribuiscono all’espressione del genoma nel suo insieme e di geni specifici Studio del trascrittoma: studio dei trascritti di una cellula per comprendere lo schema di espressione del genoma nel suo insieme Tecnica: microarray di espressione Studio della variabilità cellulare dell’espressione genica Tecnica: PCR quantitativa (RealTime PCR) Studio del proteoma: studio del contenuto proteico di una cellula per comprendere tutte le sue capacità biochimiche Tecnica: microarray di proteine
Analisi di una libreria di cDNA attraverso microarray - Deposizione su vetrino di materiale particolare di microscopiche gocce (intera libreria di cDNA) (“stampa”). Assetto ordinato in griglie. Campione: estrazione di RNA cellulare, conversione a cDNA, marcatura con fluorescenza Ibridazione ed esame microarray un tipo cellulare secondo tipo cellulare
Studio del trascrittoma attraverso microarray con cDNA Esempio: valutazione dell’espressione genica nel campione sperimentale Esperimento Es: trattamento farmaco Esperimento: trattamento farmaco Immagine combinata controllo
Studio del trascrittoma attraverso microarray con DNA
Studio del trascrittoma attraverso chip DNA Microarray ad alta densità con oligo sintetizzati in superficie (1 milione/cm2); Uno o più oligo corrispondono ad un DNA espresso
Chip con 1046 cDNA Chip con 65000 oligonucleotidi rappresentante 1641 geni