BIBLIOTECA CENTRALE PIETRO ARDUINO CIS DI AGRIPOLIS A cura del Gruppo formazione della Biblioteca Corso Accesso alle risorse bibliografiche per le scuole di Dottorato di Agripolis (2012) (15 ore)

Terza parte – Mercoledì 17 ottobre ore Docenti: Micaela De Col, Federico Fogo Ricerche bibliografiche mediante lutilizzo del sistema Scifinder Ricerche bibliografiche mediante lutilizzo di banche dati libere (Treesearch, AGRICOLA, AGRIS, PubMed, etc)

La ricerca bibliografica: generalità Per effettuare una corretta ricerca bibliografica bisogna conoscere: la differenza fra catalogo e bibliografia luso degli operatori logici e dei caratteri jolly la sequenza logica delle operazioni da effettuare

Differenza fra CATALOGO e BIBLIOGRAFIA CATALOGO Indica i documenti posseduti da una o più biblioteche e informa dove recuperarli fisicamente BIBLIOGRAFIA Indica i documenti esistenti con determinate caratteristiche (cosa è stato pubblicato su un determinato argomento o cosa è stato pubblicato da un determinato autore) ma non li localizza

Gli strumenti - Operatori logici o booleani (prendono il nome dal matematico inglese George Boole che nella metà del 1800 ha sviluppato questa logica) Permettono di specificare: la relazione tra le parole da ricercare quali parole devono apparire nelle pagine recuperate quali parole non devono comparire quali parole possono essere usate in alternativa

Gli strumenti Uso degli operatori logici (and, or, not) Parola 1 AND Parola 2 Parola 1 OR Parola 2 Parola 1 NOT Parola 2 AND Si recuperano le notizie che contengono entrambe le parole RESTRINGE la ricerca OR Si recuperano le notizie che contengono o la parola 1 o la parola 2 o entrambe AMPLIA la ricerca NOT Si recuperano le notizie che contengono la parola 1 e non la parola 2 RAFFINA la ricerca

Gli strumenti I booleani impliciti Sovente, nellutilizzo dei motori di ricerca i segni + e – possono sostituire rispettivamente AND e NOT Questi simboli (+ e -) devono sempre essere preceduti da uno spazio, ma non devono essere separati da uno spazio dalla parola che li segue Esempio: +foresta +cansiglio = foresta AND cansiglio +malattie –abete = malattie NOT abete

Gli strumenti Uso dei caratteri jolly ? e * ? (punto di domanda) E un jolly per un solo carattere e può essere utilizzato più volte Es. Nar?elli- cercherà Naraelli, Narcelli, Nardelli, Narvelli, ecc. * (asterisco) Tronca la parola sia a destra che a sinistra Es. Bio* cercherà Biology, Biotechnology, Biologia, Biosfera, ecc.

Organizzazione della ricerca bibliografica Ricerca bibliografica (motore di ricerca,banche dati, Aire, etc.) Individuazione documento Opac di Ateneo : periodici, monografie, etc Localizza il documento nelle biblioteche di Ateneob Recupero di un testo o fotocopie di un articolo Aire/ Cerca a citazione : periodici, libri, articoli Accesso al full-text e stampa documento Localizza il documento nelle biblioteche di Ateneo Recupero di un testo o fotocopie di un articolo Localizza il documento in biblioteche di altre città o stati Recupero del documento tramite DD/ILL ACNP : ricerca periodici Localizza il documento Servizio DD (articoli) SBN – MAI : monografie, periodici Localizza il documento Servizio DD (articoli) Servizio ILL (libri) E-journals (Capere, Aire, etc.) Accesso al full-text e stampa documento

Ricerca Bibliografica Per effettuare una ricerca bibliografica possiamo: consultare le riviste con i loro indici utilizzare le banche dati

Banca dati (database) E un archivio elettronico in cui le informazioni sono inserite in una struttura organizzata, in modo da renderne semplice ed efficace il recupero mediante linterfaccia di interrogazione. Lunità di base di un archivio elettronico è il record, suddiviso a sua volta in campi (titolo, autore, ecc.)

Banche dati bibliografiche Contengono citazioni bibliografiche relative a spogli di periodici o di opere miscellanee, quasi sempre corredate da abstract Sono multidisciplinari o specialistiche Sono fornite di un efficace sistema di interrogazione Consentono il salvataggio dei risultati della ricerca Sono strumento fondamentale per iniziare la stesura di un lavoro scientifico e/o di una tesi di laurea

Banche dati bibliografiche LUniversità di Padova mette a disposizione una serie di Banche dati di specifico interesse per le varie discipline (Trova risorse su Aire portale)Trova risorse Le banche dati bibliografiche vengono interrogate per ricercare materiale riguardante un argomento specifico, materiale che potrà poi essere localizzato tramite cataloghi in linea (OPAC, Aire/Sfx, etc.)

Laccesso alle banche dati di Ateneo: configurazione Auth-proxy Laccesso alle banche dati è possibile solo dai terminali collegati alla rete di Ateneo Per connettersi alla rete di Ateneo da da casa o fuori sede gli studenti devono seguire attentamente le istruzioni presenti allindirizzo :

Ricerche bibliografiche mediante Scifinder Scifinder (dott. Federico Fogo)

(PubMed, Treesearch, AGRICOLA, AGRIS/CARIS, ecc.) Ricerche bibliografiche mediante lutilizzo di banche dati libere

La ricerca bibliografica su PUBMED nasce nel 1997 grazie alla National Library of Medicine di Bethesda è uninterfaccia di ricerca gratuita per tutti gli utenti di Internet garantisce l'accesso alla base dati di Medline, a citazioni bibliografiche in process (cioè non ancora indicizzate con parole chiave) e ad articoli forniti dall editore (supplied by publisher) viene aggiornata ogni settimana. Contiene collegamenti ad articoli a testo integrale, a siti di editori, a biblioteche e a servizi di recupero di articoli (a pagamento)

MEDLINE è la banca dati bibliografica della U.S.National Library of Medicine e copre i settori della medicina, infermieristica, odontoiatria, MEDICINA VETERINARIA, il sistema sanitario e le scienze precliniche contiene circa 18 milioni di citazioni bibliografiche, dal 1950 ad oggi, da oltre pubblicazioni biomediche correnti. 78% delle citazioni in lingua inglese e fornite di abstract (riassunto) dellautore; riassunto sempre in lingua inglese indipendentemente dalla lingua in cui è scritto larticolo.

Cosa cercare e quali risultati Si possono impostare ricerche su: 1.un determinato soggetto 2.un determinato autore 3.per titolo di rivista 4.altro Si ottengono: liste di citazioni bibliografiche di articoli, con eventuali link ai full-text o a articoli similari (related artcles)

Struttura di MEDLINE Gli articoli, che giornalmente vengono inviati dagli editori alla NLM, in breve tempo e secondo limportanza della rivista vengono: indicizzati con più termini MESH (descrittori medici controllati) che sintetizzano il contenuto dellarticolo e permettono di effettuare una ricerca mirata suddivisi in campi (autore, titolo etc.)

Una premessa fondamentale: i MeSH (Medical subject headings) –ogni documento viene indicizzato tramite descrittori (MeSH, Medical subject headings), che prescindono dal linguaggio naturale e sono organizzati secondo una struttura gerarchica ad albero (Tree structures) e raccolti in un Thesaurus –ad ogni parola chiave può essere attribuito un subheadings (su) per focalizzare largomento –Un MeSH può essere argomento principale di un articolo e si indica col qualificatore MAJR (MeSH Major Topic)

Esempio: Animal Diseases [C22] Abortion, Veterinary[C22.021] +Actinobacillosis [C22.039] Aleutian Mink Disease [C22.062] Anal Gland Neoplasms [C22.073] Anaplasmosis [C22.085] Bird Diseases [C22.131] +Borna Disease [C22.152] Cat Diseases [C22.180] +Cattle Diseases [C22.196] +Disease Models, Animal [C22.232

Mesh Browser

Prima di cominciare: alcuni strumenti utilizzo degli operatori booleani AND OR NOT * : ricerca per troncamento di parole Ad esempio, risk* produrrà risk, risks, risk-taking - Luso del termine infection* non produrrà infection control perché è presente uno spazio dopo il termine infection : ricerca per frase esatta () : per modulare lordine in cui i termini di ricerca sono analizzati dal sistema – quelli tra parentesi sono analizzati per primi [ ] :per racchiudere i qualificatori di campo – es. Albertini m[AU], Liver diseases[MH]

Operatori booleani: AND, OR, NOT Nella ricerca vanno digitati a lettere maiuscole Vanno usati per cercare più concetti o descrittori tra loro correlati secondo questa sintassi: termine [qualificatore di campo] operatore booleano termine [qualificatore di campo], etc. Ordinamento degli operatori booleani –se usi due o più operatori booleani in una ricerca il primo a sinistra viene processato per primo –In una stringa con più operatori AND viene processato prima di OR –una ricerca con "influenza AND vaccine OR vaccination" produrrà articoli che hanno sia il termine "influenza" che il termine "vaccine" e produrrà anche tutti gli articoli su "vaccination" per cambiare il risultato scrivi così: "influenza AND (vaccine OR vaccination)"

Campi di indicizzazione MEDLINE E possibile scegliere di effettuare una ricerca direttamente sui campi di indicizzazione. La sintassi è: termine [etichetta di campo] Es.: merkel [au] ; liver cirrhosis [ti]; cancer [jour] Le abbreviazioni dei campi possono essere scritte indifferentemente in minuscolo o in maiuscolo. RICERCA AUTOMATICA DEL TERMINE (AUTOMATIC TERM MAPPING): Se in Pubmed inserisco un termine senza nessuna qualificazione (etichetta di campo), il sistema cercherà il termine nel seguente ordine in : Tabella dei termini MESH, Tabella dei nome delle riviste, Elenco di frasi, Indice degli autori

ETICHETTE DI CAMPO

RICERCA PER FRASE ESATTA: UTILIZZO DELLE …….. Per effettuare una ricerca per frase esatta è necessario mettere lespressione tra virgolette. Ad esempio: myocardial infarction restituirà tutti casi in cui questa frase compare così come lho scritta, ossia senza altri termini in mezzo. Senza ….. Pubmed inserisce per default loperatore AND tra i due termini brain death Questo metodo di ricerca permette di escludere lautomatic term mapping. In questa maniera PubMed cerca i termini solo nellindice delle frasi.

Collegamento Per collegarsi a Pubmed: ov/PubMed/ La schermata che ti apparirà sarà questa

Esempi 1.Ricerca di record sulla rivista Javma e che contengano cancer nel testo 2.Record che contengano liver in genere, ma che non trattino di studi sulluomo 3. Record su neoplasie nei cani e/o nei gatti indifferentemente

Ricerca semplice-Text word (parola libera) Cerca parole significative presenti nel titolo, nellabstract ed in altri campi del record. Quando effettuarla? Il suo uso è indispensabile quando: non esiste alcun descrittore controllato per definire un concetto quando il descrittore disponibile non è sufficientemente specifico per cercare articoli in process cioè non ancora indicizzati con i termini MESH

Ricerca semplice Ricordare di digitare in SEARCH anche i sinonimi del termine Usare * per troncamento Vantaggio: si utilizzano parole usate comunemente e frasi colloquiali Svantaggio: non tutte le parole del linguaggio comune sono chiavi di ricerca

Consiste nellinserire un termine o più termini sulla barra di comando senza qualificarlo/i. Digita i tuoi termini di ricerca nella casella "Search". Puoi usare "AND", "OR" e "NOT". Pubmed disporrà i risultati nella forma standard di brevi citazioni in batches di 20 citazioni. Il sistema automaticamente (automatic term mapping) lo/i cercherà (con questo ordine) in: una tabella dei MESH ; una tabella dei nomi delle riviste; un indice degli autori; un indice di frasi. PubMed ignora le stopwords (parole non significative nel testo) Ricerca semplice: Text word

Ricerca per titolo della rivista I titoli dei periodici possono essere digitati per esteso o con l'abbreviazione riconosciuta da MEDLINE seguiti dal qualificatore di campo (JOUR oppure TA) tra parentesi quadre, oppure con il numero ISSN e il qualificatore [IS] Se non si inserisce il qualificatore di campo il sistema potrebbe scambiare il termine inserito per parola chiave (es. Science) I risultati della ricerca appariranno dopo che avrai cliccato sul bottone "Go" o avrai premuto il tasto "Invio".

Ricerca per autore Per eseguire la ricerca esclusivamente nel campo autore inserisci cognome e iniziali tra virgolette e indica tra parentesi quadre letichetta di campo [AU] Es. Smith JB [AU] Il nome degli autori deve rispettare la forma Smith JB, ma le iniziali del nome di battesimo sono opzionali. Se si digita cognome più iniziali il sistema cerca tutte le varianti come Jr, Senior, etc. Se digiti solo il cognome senza iniziali, Pubmed ricerca in tutti i campi, non solo in quello Autore. Attenzione: Pubmed non distingue l'omonimia per cui nel caso degli omonimi sarà il contenuto dei documenti trovati a indirizzarci sulla selezione degli argomenti di nostro interesse

Ricerca semplice – Autore lautore non è sempre 1° autore, ma può essere anche coautore

Se viene inserito soltanto il cognome dell'autore senza le iniziali del nome o senza qualificazione del campo di ricerca, PubMed cercherà quel nome in tutti i campi dellarticolo (abstract, indirizzo, titolo etc.) non solo nel campo dell'autore. Ricerca semplice – Autore

RICERCA PER AUTORE DA ADVANCED SEARCH La ricerca per autore può essere effettuata anche da ADVANCED SEARCH, inserendo il cognome comparirà una lista di autori dalla quale di potrà effettuare la scelta.

Ricerca di più autori con operatore AND

Ricerca di più autori con operatore OR

Ricerca di articoli su una o più riviste specifiche da Advanced search

Applicazione dei limiti (LIMITS) TAG (Selezione per campo): per limitare ad un campo specifico di ricerca (es. parola del testo). Per default viene dato all fields. permette di applicare dei limiti alla ricerca per focalizzare largomento a determinati aspetti o per cercare in un determinato campo etc.

Limits Publication Types: tipo di materiale che l'articolo rappresenta. Languages: Le riviste indicizzate in PubMed sono scritte in circa 50 lingue diverse. Con questa opzione si possono scegliere una o più lingue di pubblicazione dellarticolo.

Ages Per selezionare un gruppo d'età specifico per gli studi umani; Humans or animals Selezionare un gruppo di studio specifico ( essere umano, animale); Gender Selezionare un genere specifico per gli studi umani (femminile o maschile). Limits

Subsets: Limita la ricerca a specifici gruppi di riviste o di banche dati della NLM. Limits

Le citazioni sono visualizzate nell'ordine cronologico inverso in formato summary (titolo, autore, fonte bibliografica). Cliccare sul: link del nome dellautore per vedere labstract di un singolo articolo. quadratino a sinistra della citazione per selezionare larticolo (apparirà il segno di spunta V); menu a tendina per scegliere il formato di visualizzazione; display per avviare la ricerca. Display settings – Visualizzazione degli articoli

Visualizzazione degli articoli Menu a tendina

I formati principali di visualizzazione sono: Summary:per default (titolo, autore, rivista) Abdo A, Meddings J, Swan M Liver abnormalities in celiac disease Clin Gastroenterol Hepatol Feb;2(2): PMID: [PubMed - in process] Brief:include il primo autore, una parte del titolo, numero di PMID; Abdo A et al. Liver abnormalities in celiac...[PMID: ] In process: Articoli non ancoraindicizzati con MESH Visualizzazione degli articoli

Abstract: include anche labstract ma non le parole chiave (MESH) Clin Gastroenterol Hepatol Feb;2(2): Liver abnormalities in celiac disease. Abdo A, Meddings J, Swain M. Celiac disease is an intolerance of the small bowel to gluten. Although most symptomatic patients have symptoms related to the gastrointestinal tract, many extra-intestinal manifestations have been described. A wide spectrum of hepatobiliary diseases have been described, including asymptomatic elevations of liver enzyme levels, nonspecific hepatitis, nonalcoholic fatty liver disease, and autoimmune and cholestatic liver disease. In addition, celiac disease may be the underlying cause of unexplained elevations of liver enzyme levels. Because most patients do not have overt gastrointestinal symptoms, a high index of suspicion is required. Moreover, in the majority of patients, liver enzyme levels will normalize on a gluten-free diet. We review the literature pertaining to hepatic abnormalities that may be seen in association with celiac disease. We also suggest an approach to the investigation and management of these patients. PMID: [PubMed in process] Visualizzazione degli articoli

MEDLINE:mostra tutti i campi dellarticolo con le relative etichette. PMID IS VI – 66 IP – 3 DP Jul-Sep TI - Epidemiology of coeliac disease. PG AB - In this article we review recent worldwide epidemiological data of coeliac disease (CD). An emphasis is made on adult figures….. AD - Gastroenterologie, Hopital de Jolimont, 7100 Haine Saint Paul, Belgique. AU - Schapira M AU - Maisin JM LA - eng Etc. Visualizzazione degli articoli

DETAILS visualizza: 1.la strategia e la sintassi che Pubmed ha usato per eseguire la ricerca (può includere termini MESH così come frasi cercate nellindice di PubMed. La visualizzazione includerà tutti i messaggi di errore, come gli stopwords, gli avvertimenti di troncamento oltre le 150 varianti e gli errori d'ortografia); 2.il numero di risultati ottenuto per la ricerca corrente (cliccando sul numero verrano visualizzate le citazioni); 3.query translation (che mostra come ogni termine è stato tradotto); 4.user query (come lutente ha posto la domanda) Search details

Display settings Variazione del numero di articoli da visualizzare per pagina web(per default 20) fino ad un massimo di 200

Sort by Per mettere gli articoli in ordine di: Data di pubblicazione (per default)Data di pubblicazione (per default) Primo autorePrimo autore Ultimo autoreUltimo autore (raggruppa insieme tutti gli articoli di una stessa rivista a prescindere dalla data di pubblicazione)Alfabetico per rivista (raggruppa insieme tutti gli articoli di una stessa rivista a prescindere dalla data di pubblicazione) Titolo degli articoli in ordine alfabeticoTitolo degli articoli in ordine alfabetico

Send to File: per salvare gli articoli su file in formato testo Clipboard: per inviare articoli in una memoria temporanea Collections: per salvare articoli in una collezione di MyNCBI .: per iviare gli articoli via mail Order: per ordinare gli articoli a un fornitore di documenti

1. AGRIS/CARIS (FAO) Sistema di informazione internazionale per le scienze e le tecnologie agrarie Creato dalla FAO nel 1974 per facilitare lo scambio di informazioni e riunire la letteratura mondiale sui vari aspetti dellagricoltura Sistema cooperativo in cui i paesi partecipanti mettono a disposizione i riferimenti bibliografici di quanto prodotto nei loro territori Attualmente partecipano 240 centri nazionali, internazionali e intergovernativi

Il sito permette laccesso a grosse collezioni di letteratura mondiale nei settori delle scienze e tecnologie dell agricoltura, includendo anche la letteratura grigia che normalmente non è disponibile nelle normali pubblicazioni E continuamente aggiornato e contiene più di 2,3 milioni di riferimenti bibliografici Il sistema fornisce una scheda dei documenti, spesso con abstract (30%) e a volte con link al full-text (tramite Google search) AGRIS/CARIS (FAO)

1. AGRIS/CARIS (FAO)

2. AGRICOLA AGRICOLA (AGRICultural OnLine Access) è un database bibliografico di materiale creato da NAL (National Agricultural Library) e suoi collaboratori La produzione dei records in formato elettronico inizia dal 1970, ma il database include anche lavori pubblicati nel XV secolo

2. AGRICOLA

3. TREESEARCH E un data base gratuito on-line delle pubblicazioni dellUSDA Forest Service Tutti i lavori sono sottoposti a referee per garantirne una migliore qualità Il materiale (articoli, libri, ecc.) è disponibile dal 2004 e si sta facendo un lavoro di inserimento del pregresso E la più grande collezione free on-line nel settore delle scienze forestali Si possono fare ricerche per autore, parole chiave, data, ecc. Le parole chiave vengono cercate sia nel titolo che nel riassunto Tutto quello che si trova in Treesearch è full-text

3. TREESEARCH

Grazie per lattenzione e… buon lavoro!!!!!!! Per qualsiasi chiarimento o suggerimento scrivete a: