PUBMED INTRODUZIONE a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino ‘Carlo Bo’

Pubmed: che cosa è? Banca dati bibliografica biomedica accessibile gratuitamente online, sviluppata dal National Center for Biotechnology Information (NCBI) presso la NLM (National library of medicine’s) La NLM è la biblioteca affiliata all’NIH (National Institute of Health ) punto di riferimento per la ricerca medica degli Stati Uniti. E’ la base dati più grande e prestigiosa nel settore biomedico a livello mondiale

Cos'è una banca dati bibliografica? è un archivio elettronico di riferimenti bibliografici contiene esclusivamente citazioni di articoli, spesso provvisti di abstract; l'applicazione di software specifici consente l’utilizzo di altri servizi di supporto (full text, localizzazione ) a causa dell'alto costo di mantenimento, la maggior parte delle banche dati è consultabile solo a pagamento interrogabile in modo dinamico

Vantaggi della ricerca in banche dati (rispetto a ricerche in internet) Alta quantità di risultati positivi e mirati Alta qualità: Il valore scientifico delle informazioni è garantito dalla selezione condotta da qualificati comitati scientifici.

un po’ di storia 1879: INDEX MEDICUS 1964: NASCE IL MEDLARS (Medical literature Analysis and retrieval system) 1971: Dal MEDLARS AL MEDLINE 1980 Riversamento in CD-ROM 1997: DAL MEDLINE AL PUBMED 1.Esce il I vol. dell’indice periodico della letteratura medica corrente curato da direttore di una piccola biblio, la futura NLM 2. Nasce la Tecnologia informatica e quindi il Medlars=sistema di analisi e reperimento della letteratura medica (su nastro ) 3. MED (lars) onLINE: con lo sviluppo della tecnologia delle telecomunicazioni (via telefono). Inizialmente copertura limitata=1000 periodici 4. I volta che un archivio cosi’ prestigioso con informazioni controllate e selezionate viene reso accessibile a tutti dallo stesso produttore (la nlm)

MEDLARS Attualmente è composto da 40 banche dati. Ricordiamo: Pubmed Toxnet: base di dati di tossicologia che permette di interrogare gli archivi CCRIS, DART,IRIS, GENETOX … Cancernet: b.d. per l’oncologia con gli archivi CANCERLIT (bibliografico) e PDQ (protocolli di trattamento) CancerLit CancerLit: Bibliographic database containing more than a million citations and abstracts related to cancer from over 4000 different sources.

Pubmed: Cosa contiene? 4 database MEDLINE : OLDMEDLINE: citazioni dal 1966 ad oggi; abstract; MESH; aggiornamento settimanale; OLDMEDLINE: con citazioni dal 1951 al 1965 , no abstract, no MESH PREMEDLINE (In Process citations) per citazioni non ancora indicizzate; no MeSH ; aggiornamento giornaliero PUBLISHER SUPPLIED CITATIONS per citazioni ricevute via elettronica direttamente dall’editore. Non ancora pubblicate in cartaceo AB dal 1975; 4800 riviste scientifiche più autorevoli di 70 paesi diversi indicizzate su 25000 tot. 4. e non ancora presenti in formato cartaceo

Medline: Un po’ di numeri: circa 17 milioni di citazioni di articoli scientifici di ambito biomedico o scienze affini (dalle 500 alle 3000 ogni giorno) Copre circa il 25 % dell’intera produzione mondiale di riviste biomediche (4800 riviste) Le riviste provengono per il 40% dall’area statunitense e l’88% degli articoli è in lingua inglese Gli abstract sono presenti nel 76 % degli articoli il testo pieno non è previsto a meno che non si trovino articoli disponibili gratuitamente online. Questi sono raggiungibili grazie al sistema di linking ed al software ENTREZ

PUBMED e non solo : il sistema ENTREZ ENTREZ (Entrez Molecular Sequenze Database System) sviluppato dal NCBI. Sistema che integra la banca dati Pubmed con archivi sulla biologia molecolare permette, in un insieme integrato, di ricercare sequenze molecolari e informazioni bibliografiche

NUCLEOTIDE: sequenze di DNA PROTEIN: sequenze di proteine Accesso agli archivi disponibili NUCLEOTIDE: sequenze di DNA PROTEIN: sequenze di proteine GENOME: dati su genoma STRUCTURE : strutture a 3D TAXONOMY OMIM: catalogo dei geni umani e dei disordini genetici PMC (Pubmed central) Depositate presso GeneBank, EMBL(european molecular biology laboratory), DDBJ(DNA databank of Japan Registrate presso Swiss Prot, PIR (protein identification resources, PDB(protein Data Bank) Genoma e mappature di cromosomi con strutture proteiche a 3D derivate dalla PDB e incorporate nella MMDB (Molecular modelling data base) i nomi di tutti gli organismi associati ad almeno una sequenza nucleotidica Catalogo dei geni umani Archivio digitale con le risorse libere disponibili in rete

PUBMED http://pubmed.gov II. LA RICERCA

L’archivio a cui si è automaticamente collegati è pubmed L’archivio a cui si è automaticamente collegati è pubmed. L’utente però può selezionare una delle basi dati previste dal sistema

http://pubmed.gov Maschera per ricercare Per raffinare la ricerca Accesso a servizi aggiuntivi e strumenti utili

La Citazione bibliografica: autore Titolo articolo Rivista, anno, vol,fascicolo, pagine La corretta trascrizione di questi dati è essenziale per una successiva localizzazione in un catalogo o corretta citazione in una bibliografia n. Identificativo del premedline

I record bibliografici: Base dati è una collezione di dati organizzati in record Ogni record è una citazione bibliografica Record è un insieme di campi Campo è un singolo specifico dato Ogni campo è contraddistinto da etichette o TAG importanti per effettuare ricerche mirate

TAG PRINCIPALI utili nella ricerca (elenco completo nell’help) [AU] campo autore [TI] campo titolo [TA] nome della rivista [LA] lingua di pubblicazione dell’articolo [MH] Mesh terms (soggetti) [DP] data di pubblicazione(A/M/G) [EDAT] data di inserimento nel pubmed (A/M/G) [AB] abstract

Funzioni di ricerca comuni a tutte le basi dati Stopwords (articoli, congiunzioni…): trascrizione superflua Troncamento: (*) si cercano le varianti che hanno radice in comune Operatori booleani: AND, OR, NOT n.b. trascriverli in maiuscolo Parentesi: si stabilisce un ordine di priorità

Tipologie di ricerca: semplice o complessa Per cercare gli articoli più recenti Quando si ha un solo termine di ricerca Per cercare gli articoli di un autore Per cercare gli articoli con il titolo di un periodico Può essere LIBERA (1) o PER CAMPI (2) Esempi in pubmed: aids, prader-willi,

1. RICERCA LIBERA la maschera di ricerca consente di inserire liberamente i termini che vengono così ricercati in tutti i campi. N.B.: Utile usare la funzione Limits (filtri) per delimitare la ricerca (Esempi : AIDS (n.b.: n. di citazioni ), Ubiquitin; Sindrome Prader-Willy), Alzheimer,Salmonella infections Limits: stabilire l’ambito della ricerca

Ricerca libera

Ambito di ricerca: Tutti i campi o un campo specifico – tipo di pubblicazione – lingua – uomo o animale – genere – gruppi di età – date di pubblicazione – vari sottoinsiemi di pubmed: medline, premedline, Aids (selezione AIDS di Medline) e Pubref (estensione di medline)

2. RICERCA PER CAMPI Serve a limitare i risultati di una ricerca con termine non qualificato che ha dato troppi risultati Come limitare ? Termine [TAG del campo] 1.eccessiva in quantità o con molto rumore causato da un termine non qualificato. 2. Per limitare la ricerca a singoli campi: digitare il termine seguito dal TAG del campo di interesse fra parentesi quadre

Esempi di ricerca per campi Cell Cell [AU] Cell [TA] Cell [TI] Come si ricerca un autore: Cognome + iniziale/i nome (es Veronesi U) oppure Cognome [AU] far notare la differenza in num.

RICERCA COMPLESSA: Quando: si utilizza più di un concetto e bisogna combinare più termini o più ricerche si vogliono usare voci di soggetto (MESH) ES. Digestive System AND liver Osteoporosis + limits AGE >60 e Gender

Ricerca complessa con più termini Utilizzare gli operatori booleani (in maiuscolo): AND (intersezione) per recuperare documenti che contengono entrambi i termini inseriti in ricerca OR (unione) per recuperare documenti che contengono almeno uno dei due termini NOT per recuperare documenti che contengono solo il primo termine di ricerca escludendo l’altro

Anche hypertension and heart arrest

Ricerca per frase Racchiudere i termini fra virgolette o usare il tag [tw] Automaticamente trova le frasi da una lista preordinata Esempio: - Breast tumours = così trova i casi di tumore – non necessariamente al seno - and ghiandola mammaria (145593) - “breast tumours” = tumori al seno (1347) L’immissione di più termini nella maschera di ricerca viene interpretata solitamente da pubmed effettuando una ricerca sui singoli termini combinandoli con l’operatore AND

Ricerca con parentesi: ordine di priorità nella lettura della stringa di ricerca Le parentesi stabiliscono un ordine di priorità nella lettura della stringa di ricerca: Altro es.: (digestive system AND liver) NOT (Biliary tract OR Pancreas): senza parentesi pancreas (termine non voluto) verrebbe incluso nei risultati

Ricerca per soggetto: i MESH Tesauro MeSH (Medical Subject Headings) dizionario di termini controllati usati per sintetizzare i soggetti del documento e descrivere il contenuto informativo dell’articolo Vantaggi: Ricerca completa: non si perdono i sinonimi o voci affini Precisione nella ricerca Svantaggi: Non si trovano record premedline e publisher supplied (i più recenti!) Headings=intestazioni

I Mesh Per ogni articolo vengono assegnati uno o più intestazioni (max=15) Per specificare meglio il soggetto o un aspetto (es: pathology, drug therapy) di questo vengono inserite sottointestazioni (subheadings) per ogni mesh Per visualizzare le intestazioni scegliere il formato di visualizzazione Medline

Ricerca con il TAG Mesh: risultati 0

Il Mesh database = Archivio dei soggetti 1. Se un termine non è presente vengono proposte voci simili o affini

Vantaggi del Mesh Database Controllo del termine immesso: se non presente vengono proposte voci simili o affini e le definizioni Visualizzazione: dei sinonimi (entry terms), della struttura ad albero delle sottointestazioni Automatic explosion, No expl Argomento principale (Major Topic) Scelta una voce: vengono mostrate i sinonimi

Esempio di ricerca con il mesh database Definizione del concetto Voce non presente (brain cancer)--- vengono proposte le voci del mesh database con la dafinizione del concetto

Mesh database: Struttura ad albero

Ricerca con sottointestazioni, senza esplosione

Erano 87317 con brain neoplasm [mesh

visualizza come viene interpretata la strategia di ricerca da pubmed Si possono inserire altri termini liberi o intestazioni usando AND,OR,NOT

Altre funzioni utili nella ricerca: A. La barra degli strumenti Limits Preview/Index History Clipboard Details

3. History (archivio delle ricerche) Pubmed conserva le strategia di ricerca e i risultati numerandole e ponendole nell’ordine in cui sono state eseguite Si possono combinare le ricerche eseguite usando gli operatori booleani (si deve riportare il simbolo cancelletto) Accetta un massimo di 100 ricerche Le ricerche vanno perse dopo un’ora Vedi diapositiva n.39

2. Preview/index (no premedline, né publisher supplied ) Permette di vedere e selezionare i soggetti presenti nel DB in ordine alfabetico partendo dal termine in esame fra parentesi accanto c’è l’indicazione del numero dei record es: per cercare complicazioni dovute all’ipertensione

Altre funzioni: B. La barra a sinistra PUBMED TUTORIAL (guida ufficiale interattiva) PUBMED help (strutturato a capitoli come un libro) SINGLE CITATION MATCHER CLINICAL QUERIES ( per articoli che si riferiscono alla ricerca clinica) JOURNAL DATABASE

1. Single citation matcher utile per rintracciare rapidamente una citazione si conoscono già alcuni dati del riferimento, ma la citazione è incompleta o sbagliata utile anche per trovare gli indici della rivista indicando la rivista e l’anno

2. CLINICAL QUERIES Scopo: facilitare la ricerca di articoli che si riferiscono alla ricerca clinica Strategia di ricerca: suddivisione degli articoli in - 4 ambiti: terapia – diagnosi - prognosi – eziologia - 2 livelli: Sensitivity (< precisione) – specificity

Ricerca clinica Revisioni sistematiche: sintesi rigorose della letteratura medica Revisioni sistematiche, metanalisi, revisioni di clinical trial, evidence-based medicine, linee guida

3. JOURNAL DATABASE Permette di selezionare un periodico tramite il titolo (anche abbreviato), ISSN. Serve per cercare citazioni tratte da quel periodico

PUBMED http://pubmed.gov III. I RISULTATI DELLA RICERCA IV. GESTIONE DEI DOCUMENTI

I risultati REVIEW=articoli dove si trova una panoramica dei risultati che sono stati ottenuti in un determinato campo. Di solito è l’editore che chiede ad un esperto nel settore di scivere una review Quadro sintetico ma esauriente dello stato della ricerca in determinati settori RASSEGNA ANNUALE (Annual review) Presentazione e valutazione delle opere più importanti relative ad un determinato settore e pubblicate nel corso di un anno, al fine di aggiornare sulla letteratura e sui progressi compiuti negli studi relativi ad un ambito disciplinare specifico. Quadro sintetico ma esauriente dello stato della ricerca in determinati settori

Visualizzazione dei risultati

Risultati Lista in ordine cronologico inverso (dal più recente al meno recente) Per visualizzarne uno cliccare sugli autori Per visualizzarne più di uno: spuntare le citazioni e cliccare su display dopo aver scelto il formato Il formato automatico è il summary Altri formati: Brief (con primo autore parte del titolo e pmid) Abstract con ‘abstract ma non i mesh Citation con abstract più mesh Medline: con tutti i campi Brief con primo autore parte del titolo e pmid Abstract con ‘abstract ma non i mesh Citation con abstract più mesh Medline: con tutti i campi

PUBMED: dalla citazione al full-text (A sinistra di ogni citazione) Foglio vuoto: citazione priva di abstract Foglio scritto: citazione con abstract Foglio evidenziato in arancio e verde: citazione con fulltext disponibile in nell’archivio pubmed central Foglio evidenziato in verde: citazione con link al sito dell’editore che offre gratuitamente il full text Simboli: dalla citazione al full-text

Pubmed: i servizi Related articles Links: permette di cercare articoli su argomenti simili, in ordine di somiglianza Links: si può accedere a books (libri attinenti), link out (ulteriori risorse online), composti e altro. Variano per ogni citazione

Link out: esempio Link al full text fornito dall’editore o dal PMC, link a biblioteche che hanno il ful text, Link ad altre risorse correlate come database biologici, tossicologici (es.:HSDB), medline plus (informazione x il grande pubblico

Selezionando la citazione: Links al full text dell’editore e del PMC = related articles

IV. GESTIONE DEI DOCUMENTI TEMPORANEA: Clipboard = blocco appunti max 500 citazioni selezionate si svuota dopo 8 ore di inattività PERMANENTE: Send to file = salva fino a 10000 record alla volta in formato .txt o .html

Per stampare Per salvare

Anteprima di stampa (selezionando send to print)

Per Stampare Selezionare send to print Oppure Selezionare formato con abstract per le citazioni che interessano e selezionare il file stampa del browser

Per salvare una strategia di ricerca: MyNcbi Utile per strategie che hanno dato ottimi risultati Occorre registrarsi (gratuita) Salva fino a 100 ricerche Permette aggiornamenti: servizio che ripete periodicamente le ricerche e invia i risultati alla mail data in fase di registrazione

Salvare in MyNCBI

Filtri in MyNCBI

TOXNET: l’informazione tossicologica http://toxnet.nlm.nih.gov

TOXNET: archivi contenuti Base dati Produttore Contenuto CCRIS Chem. Carc. Res Inform sys NCI National Cancer Inst 8000 record chimici con risultati di test di carcinogeneticità e mutagenicità CHEMID PLUS NLM 367000 schede di sostanze chimiche DART/ETIC Develop. Reproductive toxic / Environ. Terat. Inform center > 100000 citazioni bibliografiche relative alla tossicologia dello sviluppo e della riproduzione TOXLINE + di 3 milioni di citazioni bibliografiche a carattere tossicologico GENE-TOX EPA Environm Protection Ag Dati di mutagenesi su oltre 3000 sostanze IRIS Dati relativi al rischio umano da esposizione a oltre 500 sostanze chimiche TRI Stime annue dei rilasci di sostanze chimiche nell’ambiente

HSDB (Hazardous Substances Data Bank) Base dati fattuale prodotta dalla NLM Contiene informazioni sulla tossicità di oltre 4500 sostanze chimiche potenzialmente pericolose Dati peer-reviewed = revisionati da una commisione di esperti (fra pari) nominati dalla NLM Lactmed (Drugs and Lactation Database) Base dati con informazioni riguardanti l’allattamento al seno e la tossicità dei farmaci ai quali sono esposte madri e neonati

Basi dati bibliografiche Dizionario chimico Basi dati fattuali

ChemIDPlus: l’informazione chimica

LINK UTILI NLM Gateway: interfaccia unica per la ricerca contemporanea in tutte le risorse della NLM http://gateway.nlm.nih.gov Dizionario dei termini medici in internet (italiano/inglese) http://scientifico.pneumonet.it/tradform.asp Mesh / traduzione italiana a cura dell’Istituto superiore di Sanità: accesso gratuito previa registrazione http://www.iss.it/site/Mesh

LINK utili SCIRUS (http://www.scirus.com) motore di ricerca specializzato per informazione scientifica (selezione di oltre 300 milioni di pag web) integra ricerca su web con ricerca su basi dati disponibili online (citazioni Medline, articoli di archivi come Biomed central,e-prints depositati in ArXiv e CogPrints) DOAJ (directory of open access journal) archivio di oltre 2500 periodici scientifici disponibili gratuitamente online http://www.doaj.org/

NLM Gateway: interfaccia unica

Ricerca nel gateway con linguaggio indicizzato

Esempi

Esempi di ricerca: all’inizio libera

Poi con due termini per specificare l’aspetto che interessa

Poi con frase esatta “”

Associando più termini con operatori

Infine qualificando il termine come soggetto

E associando il soggetto con un altro termine

Riassumendo:

Esempio di ricerca integrata: pubmed-Omim Ricerca di articoli sulla Corea di Huntington (termine di soggetto) Invia la ricerca in Pubmed

Selezionare Linkout

Link al Medline Plus: l’informazione per il grande pubblico Link ad un archivio del Toxnet

Archivio Hazardous Substances Database (toxnet)

Medline Plus: informazione medica per tutti Spiegazione del difetto genetico e link a banche dati genetiche

Link all’archivio OMIM dei disordini genetici

Per la localizzazione su cromosoma

Corea di Huntington: localizzazione sul cromosoma ricerca in archivi GENE e OMIM

Struttura dell’emoglobina

Esercitazioni 1 Ricercare articoli di Johnson J sulla rivista science pubblicati negli ultimi 5 anni Usando i mesh Ricercare articoli di Grossbard ML sul tumore al seno, e precisamente sulla diagnosi e terapia con tamoxifen. Articoli dal 1990 al 2006 Cercare articoli sull’ischemia cerebrale (cerebral ischemia) come argomento principale nella fascia di età fra i 45 e 60 anni. Articoli in italiano con carattere di rassegna (review ) Ricercare articoli sulla osteoporosi (osteoporosis) che insorge dopo la menopausa e la terapia alimentare

Esercitazioni 2 Incidenza dell’ipertensione nella malattie cardiache sopra i 50 anni Obesità, come argomento principale, nei bambini e malattie correlate. Articoli in italiano Mammografia: può causare tumori al seno? cancro al cervello: prognosi e terapia Ruolo dell’ubiquitina nell’apoptosi cellulare e nell’ insorgenza delle neoplasie Comparsa della TBC farmaco resistente in Italia negli ultimi 10 anni Distrofia muscolare e Corea di Huntigton: localizzazione cromosomica e bibliografia correlata Studio di una proteina a piacere con “Structure”

Scrivi la frase che esprime la tua ricerca Come impostare una strategia di ricerca: consigliato l’uso del mesh database Scrivi la frase che esprime la tua ricerca Es cerco articoli che parlino del sangue dal naso in rapporto all’ipertensione) Dividi il soggetto in concetti essenziali es. sangue dal naso e ipertensione Traduci in inglese (nosebleed, hypertension) Cerca i termini nel Mesh database (epistaxis, hypertension) Combina i concetti con AND, OR, NOT

Per approfondimenti: PubMed Tutorial : guida realizzata dalla National Library of Medicine, contiene anche dimostrazioni animate delle procedure di interrogazione, un glossario e link ad altre pagine web http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/ Pubmed in pillole : (come imparare ad usare PubMed in un'ora o poco più), a cura di Carlo Drago e Rita Strazzeri, Università di Roma "La Sapienza" http://w3.uniroma1.it/vrd-medicina/Sommario.htm La ricerca nelle banche dati bibliografiche: l'esempio di PubMed : (una piccola introduzione per i non addetti ai lavori), di Caterina Barazia http://www.aib.it/aib/contr/barazia1.htm