Epidemiologia della tubercolosi in Toscana

Il questionario

La rete dei laboratori Laboratori di I livello Invio dei campioni al rispettivo laboratorio di II livello per l’esecuzione della coltura Laboratori di II livello Conservazione di tutti i ceppi di M. tuberculosis complex Raccolta delle notizie epidemiologiche Invio di ceppi e schede al Laboratorio di III livello Laboratorio di III livello Esecuzione o completamento dell’identificazione Eventuale esecuzione dell’antibiogramma Conservazione dei ceppi Elaborazione dei dati epidemiologici Studio dei ceppi a livello molecolare (Univ. Pisa)

Gli aderenti Tutte le Aziende dell’area fiorentina Microbiologia Ospedale di Arezzo Microbiologia Ospedale di Grosseto Microbiologia Ospedale di Lucca Microbiologia Università di Pisa Malattie Infettive Ospedale di Pistoia Malattie Infettive Ospedale di Prato Microbiologia Università di Siena Microbiologia Ospedale di Empoli

Pazienti per classe di età

Distribuzione in base al sesso

Le resistenze 1

Le resistenze 2

Sede della malattia

Paese di origine

HIV-status

Isolamenti per provincia

http//:www.ao-careggi.toscana.it/microbiologia/CRRM/ITAL/epi.htm

Epidemiologia molecolare Ricerca di marcatori, all’interno del genoma del microorganismo, dotati di specificità di ceppo Permette di ricostruire i flussi epidemici Permette di raggruppare i ceppi in grandi “famiglie” che riflettono il cammino dell’evoluzione

Fingerprinting in base al IS6110

Alcuni pattern RFLP

RFLP: anno 2002 Ceppi raccolti: 245 Pattern RFLP: 215 Cluster di 2 ceppi: 19 di 3 ceppi: 3 di 4 ceppi: 1 Nessun focolaio epidemico Tre contaminazioni di laboratorio

Il locus DR (direct repeat)

Il locus DR Da 9 a 50 sequenze ripetute di 36 bp (DR) inframmezzate da sequenze non ripetute di 35-41 bp (spaziatori) 1 5 10 15 20 25 30 35 40 1 2 4 5 6 DR BCG DR 1 2 4 5 6 H37Rv 3 spaziatore DR

Spoligotyping BCG H37Rv X 5 10 15 20 25 30 35 40

I ceppi Beijing 5 10 15 20 25 30 35 40 H37Rv Beijing I ceppi della famiglia Beijing hanno soltanto gli spaziatori 35-43 Individuati 7 ceppi Beijing pari al 3%

I ceppi Beijing 804 836 763 952 669 884 974 1 5 10 15 20 25 30 35 40

I ceppi Beijing toscani n.t. Polmonare - Cinese 974 R Italiano 952 Extrapolmonare + 884 836 804 763 669 PZA ETH RIF INH STR Farmaco-resistenza Tubercolosi HIV Età Sesso Paziente Isolato No. 40/M 27/F 39/F 28/F 34/M 23/F 42/M

RFLP e spoligotyping RFLP: interessa l’intero cromosoma Alto potere discriminante Impossibile l’impiego dell’amplificazione Spoligotyping: interessa una porzione limitata de genoma Ceppi diversi possono avere identico spoligotipo Possibilità di ricorso all’amplificazione Possibile compromesso: esecuzione dello spoligotyping su tutti i ceppi e approfondimento mediante RFLP su quelli risultati identici o “interessanti”

Raccomandazioni finali Centralizzazione dell’esame colturale nei Laboratori di II livello Coinvolgimento dei Laboratori che non hanno ancora aderito allo studio epidemiologico Esecuzione dell’antibiogramma su tutti i nuovi isolati