2a DIMENSIONE: SDS PAGE.

Slides:

Advertisements

Presentazioni simili

Figure 1. mTOR is a central effector of growth factor and amino acid signals. Mitogenic and growth signals are represented by insulin or insulin-like.

Advertisements

Costanti di ionizzazione

Metodi post-genomici in biochimica cellulare

Principi della centrifugazione

IL PROGETTO GENOMA UMANO (HGP)

Tecniche elettroforetiche

GSM Si consideri che tutti gli slot in una trama possano essere allocati per trasportare canali di traffico. Calcolare il numero di portanti necessarie.

Tecniche cromatografiche Tra le tecniche più idonee allanalisi di reperti organici vi sono le cosiddette tecniche cromatografiche, utilizzate per separare.

Marcatori Molecolari Introduzione Marcatori proteici DNA

Cromatografia a scambio ionico

APPLICAZIONI DI GENETICA UMANA E MOLECOLARE

ELETTROFORESI CAPILLARE

PESI MOLECOLARI Uno dei problemi che si presenta sempre quando si studiano (bio)polimeri è quello della determinazione del peso molecolare. I polimeri.

elettrodi, uno di riferimento ed uno definito indicatore.

Elettroforesi Separazione differenziata di molecole cariche (aminoacidi, peptidi, proteine, Acidi nucleici, ecc) sottoposte a un campo elelttrico.

Analisi di proteine: Elettroforesi e Western Blot

Analisi di proteine: Elettroforesi e Western Blot

Il concetto di aplotipo

UNIVERSITA' DEGLI STUDI DI TRIESTE

richiede la possibilità di:

La prima dimensione : Isoelectric focusing (IEF)

Software usati in proteomica

Elettroforesi nel laboratorio di proteomica

Tecniche avanzate per l’analisi quantitativa del proteoma

MOLECOLE CHE POSSIEDONO GRUPPI IONIZZABILI

Corso di Laurea in Ottica e Optometria, Università di Padova

Chimica e didattica della chimica

Elettroforesi di Acidi Nucleici Southern e Northern Blot

Tramite ELETTROFORESI dimensione , carica o idrofobicita’ relativa.

MALDI BioTyper Arintha Biotech 2010/06.

Sequenziamento enzimatico del DNA (Sanger)

Elettrodi Elettrodi di riferimento

IL PANCREAS GD.

WESTERN BLOT VANTAGGI: le proteine sono più accessibili;

Fondamenti di Bioinformatica e di Biologia di sistemi (c.i. 18 CFU)

Ibridazione degli acidi nucleici e

Esercitazioni di Biochimica Applicata

1a) Calcolare la solubilità in g/L del solfato di calcio in acqua deionizzata e in una soluzione di cloruro di calcio 0.50 M. (KPS del solfato di calcio:

FACOLTA’ DI SCIENZE FF MM NN – CHIMICA ANALITICA CON APPLICAZIONI CLINICHE L’approccio genomico non tiene conto di modificazioni post-traduzionali.

STERILIZZAZIONE e DISINFEZIONE

Caratterizzazione di Proteine

Spettrometria di massa

APPLICAZIONI DI GENETICA UMANA E MOLECOLARE

Transcription termination RNA polymerase I terminates transcription at an 18 base terminator sequence. RNA polymerase III terminates transcription in poly(U)

I metodi RFLP SSCP/DGGE/TGGE Ibridazione con sonde oligonucleotidche

UNIVERSITA’ DI ROMA “LA SAPIENZA"

Algoritmo di Level-2 muon trigger Seminari Atlas Napoli 15/7/2011.

Ibridazione degli acidi nucleici e

COS’E’ IL PROTEOMA? “PROTEins expressed in a functional genOMA”

CROMATOGRAFIA Estrazione Ipotizziamo di avere due composti A e B A è solubile in acqua e insolubile in etere B è solubile in egual misura sia in acqua.

Spectrophotometry Instrument is called a Spectrophotometer Measures the light that passes through a liquid sample Spectrophotometer gives readings in Percent.

MOLECOLE CHE POSSIEDONO GRUPPI IONIZZABILI

L'elettroforesi è una tecnica che consiste nella migrazione differenziata in un campo elettrico, di molecole elettricamente cariche. SU GEL DI AGAROSIO.

PLS : PROGETTO LAUREE SCIENTIFICHE Referente: Prof.ssa Francesca Maiello Alunni partecipanti: Calderone Fabiana, Cataldo Francesco, Cotroneo Matilde, D’orzo.

Studi di strutture di ordine superiore di proteine mediante spettrometria di massa da un lavoro di R. Kriwacki, N. Reisdorph e G. Siuzdak Spectroscopy.

Costanti di ionizzazione. MODALITA’ DI PREPARAZIONE DI SOLUZIONI TAMPONE.

Predizione della Struttura Terziaria. Perchè predire la struttura terziaria? In cifre: – sequenze proteiche –~ 30,000 strutture, ~ 7,000.

CROMATOGRAFIA PER SCAMBIO IONICO

SDS = Sodio Dodecil Solfato PAGE = PoliAcrilammide Gel Elettroforesi

III ESERCITAZIONE: PURIFICAZIONE DI IgG da una miscela proteica.

Elettroforesi Un processo mediante il quale molecole cariche si separano in un campo elettrico a causa della loro diversa mobilità m = K c/ M = mobilità.

I esercitazione II esercitazione III esercitazione IV esercitazione

Possibili temi per tesi di Laurea con il rivelatore CHIMERA G.Cardella per Il gruppo EXOCHIM.

Western Blotting.

Il principio della ChIP: arricchimento selettivo della frazione di cromatina contenente una specifica proteina La ChIP può anche esser considerata.

Autocorrelazione dei residui

Si tratta di un metodo di separazione e identificazione di proteine in un certo campione sfruttando due dimensioni orientate fra loro a 90°. Questo permette.

Transcript della presentazione:

2a DIMENSIONE: SDS PAGE

2a DIMENSIONE: SDS PAGE -EQUILIBRATION - Riduzione e alchilazione -denaturazione con SDS

2a DIMENSIONE: SDS PAGE Rf = mobilità relativa delle proteine: rapporto tra la distanza percorsa dalla proteina rispetto a quella percorsa dal colorante

GEL 2D GEL 1D 2

METODI DI DETECTION Caratteristiche -Sensibilità -Range dinamico -Riproducibilità -Variabilità (proteina-proteina) - Compatibilità con le analisi successive Metodi Coloranti anionici: Coomassie BB Silver stain Isotopi radioattivi Fluorescenza

METODI DI DETECTION .

Altri metodi ( immunodetection, coloranti fluorescenti) OVERVIEW Coomassie blue, semplice riproducibile, buon range dinamico, poco sensibile, metodo di Bradford. Silver staining, step multipli, range dinamico variabile, sensibile (AgNo3 si lega a specifici residui proteici, gli ioni argento vengono ridotti ad argento metallico e quindi nella forma visibile per azione della formaldeide a pH alcalino (MS compatibile) Sypro ruby (semplice, buon range dinamico, molto sensible ma poco conveniente) Coloranti specifici per particolari proteine (molto sensibili ) (ProQ Esmerald glycoprotein stain; ProQ Diamond Phoshoprotein stain) Altri metodi ( immunodetection, coloranti fluorescenti)

IDENTIFICAZIONE DI PROTEINE DA GEL Excisione della spot da gel Estrazione della proteina e digestione con tripsina Analisi dei frammenti triptici tramite spettrometria di massa Confronto dei frammenti con digeriti teorici presenti nei database

apolipoprotein Spot SSP 1106 Match to: gi|178775Score: 93Expect: 6.6e-05 Nominal mass (Mr): 28944 Calculated pI value: 5.45 Sequence Coverage: 31% 1 RHFWQQDEPP QSPWDRVKDL ATVYVDVLKD SGRDYVSQFE GSALGKQLNL 51 KLLDNWDSVT STFSKLREQL GPVTQEFWDN LEKETEGLRQ EMSKDLEEVK 101 AKVQPYLDDF QKKWQEEMEL YRQKVEPLRA ELQEGARQKL HELQEKLSPL 151 GEEMRDRARA HVDALRTHLA PYSDELRQRL AARLEALKEN GGARLAEYHA 201 KATEHLSTLS EKAKPALEDL RQGLLPVLES FKVSFLSALE EYTKKLNTQ Fixed modifications: Carbamidomethyl (C) Variable modifications: Oxidation (M) Cleavage by Trypsin: cuts C-term side of KR unless next residue is P Number of mass values searched: 22 Number of mass values matched: 10

MODIFICAZIONI POST-TRADUZIONALI L’elettroforesi bidimensionale è un ottimo metodo di studio per le modificazioni post- traduzionali