Genetica delle Popolazioni a.a. 10-11 prof S. Presciuttini L'INDICE DI FISSAZIONE “F” DI WRIGHT Questo documento è pubblicato sotto licenza Creative Commons.

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1 Genetica delle Popolazioni a.a. 10-11 prof S. Presciuttini L'INDICE DI FISSAZIONE “F” DI WRIGHT Questo documento è pubblicato sotto licenza Creative Commons Attribuzione – Non commerciale – Condividi allo stesso modo http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/deed.it

2 Genetica delle Popolazioni a.a. 10-11 prof S. Presciuttini Suddivisione delle popolazioni È spesso difficile conoscere con esattezza le modalità di accoppiamento degli individui di una popolazione, in particolare è difficile sapere se per una popolazione vale la regola della panmissia È spesso difficile conoscere con esattezza le modalità di accoppiamento degli individui di una popolazione, in particolare è difficile sapere se per una popolazione vale la regola della panmissia Ad esempio, è possibile che una popolazione di interesse sia costituita da diverse sottopopolazioni, in ciascuna delle quali l'accoppiamento avviene casualmente fra tutti i possibili genotipi, ma ciascuna sottopopolazione mantiene un certo livello di isolamento genetico l'una dall'altra Ad esempio, è possibile che una popolazione di interesse sia costituita da diverse sottopopolazioni, in ciascuna delle quali l'accoppiamento avviene casualmente fra tutti i possibili genotipi, ma ciascuna sottopopolazione mantiene un certo livello di isolamento genetico l'una dall'altra Ci possono essere barriere invisibili che impediscono agli individui di accoppiarsi liberamente; in casi estremi possiamo essere in presenza di specie gemelle simpatriche che non ibridizzano per motivi genetici Ci possono essere barriere invisibili che impediscono agli individui di accoppiarsi liberamente; in casi estremi possiamo essere in presenza di specie gemelle simpatriche che non ibridizzano per motivi genetici Se vi è isolamento genetico fra sottopopolazioni, è possibile che vi sia anche una certa differenziazione di frequenze alleliche Se vi è isolamento genetico fra sottopopolazioni, è possibile che vi sia anche una certa differenziazione di frequenze alleliche

3 Genetica delle Popolazioni a.a. 10-11 prof S. Presciuttini Equilibrio di HW in popolazioni miste (1) Poniamoci la domanda: Poniamoci la domanda:  se un campione raccolto in natura è eterogeneo, cioè è costituito da individui provenienti da diverse popolazioni, ciascuna con le proprie frequenze alleliche ad un certo locus, e ciascuna in equilibrio di Hardy Weinberg per quel locus, sarà allora il nostro campione a sua volta in equilibrio? Per quanto possa sembrare controintuitivo, la risposta è NO Per quanto possa sembrare controintuitivo, la risposta è NO Per mostrare che cosa succede abbiamo bisogno di un po' di algebra Per mostrare che cosa succede abbiamo bisogno di un po' di algebra  Consideriamo per semplicità l'allele a di un certo locus, e siano le frequenze di tale allele in due popolazioni della stessa specie p 1 e p 2. Consideriamo quindi il genotipo omozigote aa. Le frequenze genotipiche saranno nelle due popolazioni rispettivamente p 1 2 e p 2 2  Formiamo ora una singola popolazione prendendo un ugual numero di individui dalle due popolazioni: la frequenza del genotipo aa sarà allora nella popolazione mista (p 1 2 + p 2 2 )/2 e la frequenza dell'allele a sarà (p 1 + p 2 )/2

4 Genetica delle Popolazioni a.a. 10-11 prof S. Presciuttini Equilibrio di HW in popolazioni miste (2) Applichiamo ora la legge di Hardy-Weinberg alla popolazione mista: Applichiamo ora la legge di Hardy-Weinberg alla popolazione mista:  la frequenza attesa degli omozigoti aa è il quadrato della frequenza allelica, quindi f exp (aa) = [(p 1 + p 2 )/2] 2 = (p 1 + p 2 ) 2 /4  mentre la frequenza osservata è f obs (aa) = (p 1 2 + p 2 2 )/2 Chiaramente f exp (aa) e f obs (aa) non coincidono, a meno che p 1 = p 2 Chiaramente f exp (aa) e f obs (aa) non coincidono, a meno che p 1 = p 2

5 Genetica delle Popolazioni a.a. 10-11 prof S. Presciuttini Eccesso di omozigoti Di quanto differiscono f exp (aa) e f obs (aa) ? Di quanto differiscono f exp (aa) e f obs (aa) ? Poniamo Poniamo A = f obs (aa) – f exp (aa) = (p 1 2 + p 2 2 )/2 – (p 1 + p 2 ) 2 /4 Quindi Quindi A = p 1 2 /4 + p 2 2 /4 – p 1 p 2 /2 È facile verificare che nel caso estremo in cui p 1 = p 2, A si annulla così che frequenza osservata e frequenza attesa nella popolazione mista coincidono; nell'altro caso estremo, quando p 1 = 1 e p 2 = 0, A vale ¼. È facile verificare che nel caso estremo in cui p 1 = p 2, A si annulla così che frequenza osservata e frequenza attesa nella popolazione mista coincidono; nell'altro caso estremo, quando p 1 = 1 e p 2 = 0, A vale ¼. In conclusione, A può assumere un valore positivo compreso fra 0 e ¼, e ciò significa che nelle popolazioni miste, formate dall'unione di individui provenienti da popolazioni con frequenze alleliche diverse, ciascuna in equilibrio di Hardy-Weinberg c'è un eccesso di omozigoti rispetto agli attesi secondo la legge di Hardy-Weinberg In conclusione, A può assumere un valore positivo compreso fra 0 e ¼, e ciò significa che nelle popolazioni miste, formate dall'unione di individui provenienti da popolazioni con frequenze alleliche diverse, ciascuna in equilibrio di Hardy-Weinberg c'è un eccesso di omozigoti rispetto agli attesi secondo la legge di Hardy-Weinberg

6 Genetica delle Popolazioni a.a. 10-11 prof S. Presciuttini Effetto di Wahlund Un esperto di statistica si accorge immediatamente che l'espressione Un esperto di statistica si accorge immediatamente che l'espressione A = (p 1 2 + p 2 2 )/2 – (p 1 + p 2 ) 2 /4 non è altro che la media dei quadrati meno il quadrato della media (della frequenza allelica), che è un modo pratico per calcolare la varianza di un qualsiasi gruppo di valori In altre parole, l'aumento della frequenza di un genotipo omozigote per effetto del mescolamento di popolazioni è pari alla varianza delle frequenze alleliche delle popolazioni di provenienza: In altre parole, l'aumento della frequenza di un genotipo omozigote per effetto del mescolamento di popolazioni è pari alla varianza delle frequenze alleliche delle popolazioni di provenienza: f obs (aa) = p 2 + σ 2 Questo fenomeno è noto come principio o effetto di Wahlund, dal nome dello studioso che lo formalizzò nel 1928. Questo fenomeno è noto come principio o effetto di Wahlund, dal nome dello studioso che lo formalizzò nel 1928.

7 Genetica delle Popolazioni a.a. 10-11 prof S. Presciuttini Frequenze genotipiche sotto l'effetto di Wahlund Generalizzando l'effetto di Whalund a n popolazioni che cointribuiscono, ciascuna con il proprio peso w ad una popolazione mista, si ottiene: Generalizzando l'effetto di Whalund a n popolazioni che cointribuiscono, ciascuna con il proprio peso w ad una popolazione mista, si ottiene:

8 Genetica delle Popolazioni a.a. 10-11 prof S. Presciuttini Esempio numerico dell'effetto di Wahlund Una popolazione composta di due subunità in equilibrio non è a sua volta in equilibrio. In questo esempio due popolazioni della stessa specie hanno rispettivamente frequenza p A = 0,4 e 0,7, e sono ambedue in perfetto equilibrio (Chi quadro = 0, P = 1). La frequenza allelica nella popolazione totale è la media delle due popolazioni (p A = 0,55), ma c'è un eccesso dei due genotipi omozigoti (AA: 325,5 invece di 302; BB: 225 invece di 202,5)

9 Genetica delle Popolazioni a.a. 10-11 prof S. Presciuttini Accoppiamento assortativo L'eccesso di omozigoti è una conseguenza inevitabile della struttura genetica delle popolazioni L'eccesso di omozigoti è una conseguenza inevitabile della struttura genetica delle popolazioni Se vi è differenziazione genetica fra popolazioni, questo significa che l'accoppiamento degli individui non avviene completamente a caso, ma che gli individui si accoppiano preferibilmente all'interno della propria popolazione Se vi è differenziazione genetica fra popolazioni, questo significa che l'accoppiamento degli individui non avviene completamente a caso, ma che gli individui si accoppiano preferibilmente all'interno della propria popolazione Ciò si traduce nell'unione preferenziale degli alleli con il loro simile e quindi in un eccesso globale di omozigoti Ciò si traduce nell'unione preferenziale degli alleli con il loro simile e quindi in un eccesso globale di omozigoti Per fare un esempio estremo: se in una popolazione esiste solo l'allele A1 e in un'altra popolazione della stessa grandezza esiste solo l'allele A2 e non vi è scambio di individui per l'accoppiamento, allora è ovvio che nella somma delle due popolazioni esistono solo omozigoti A1-A1 e A2-A2, mentre la legge di Hardy-Weinberg prevederebbe il 50% di individui eterozigoti A1-A2 Per fare un esempio estremo: se in una popolazione esiste solo l'allele A1 e in un'altra popolazione della stessa grandezza esiste solo l'allele A2 e non vi è scambio di individui per l'accoppiamento, allora è ovvio che nella somma delle due popolazioni esistono solo omozigoti A1-A1 e A2-A2, mentre la legge di Hardy-Weinberg prevederebbe il 50% di individui eterozigoti A1-A2

10 Genetica delle Popolazioni a.a. 10-11 prof S. Presciuttini L'indice di panmissia Una deficienza di eterozigoti nelle popolazioni rispetto agli attesi dell'equilibrio di Hardy-Weinberg spesso indica presenza di accoppiamento assortativo (non casuale), cioè deviazione dalla panmissia Una deficienza di eterozigoti nelle popolazioni rispetto agli attesi dell'equilibrio di Hardy-Weinberg spesso indica presenza di accoppiamento assortativo (non casuale), cioè deviazione dalla panmissia Le cause della deviazione possono essere diverse, ma il risultato è un eccesso di omozigoti rispetto a quelli che ci attendiamo, date le frequenze alleliche Le cause della deviazione possono essere diverse, ma il risultato è un eccesso di omozigoti rispetto a quelli che ci attendiamo, date le frequenze alleliche L'eccesso di omozigoti è generalmente misurato dall' indice di panmissia (P) L'eccesso di omozigoti è generalmente misurato dall' indice di panmissia (P) dove H obs è la proporzione osservata di genotipi eterozigoti nella popolazione, e H exp è la loro proporzione attesa in base all'equilibrio di Hardy-Weinberg.

11 Genetica delle Popolazioni a.a. 10-11 prof S. Presciuttini Correlazione fra gameti Sewall Wright sviluppò un approccio generale alla deviazione dalla panmissia basato sul concetto di correlazione Sewall Wright sviluppò un approccio generale alla deviazione dalla panmissia basato sul concetto di correlazione Il coefficiente di correlazione è definito in genere per variabili numeriche, ma l'idea di correlazione si può applicare anche agli oggetti fisici Il coefficiente di correlazione è definito in genere per variabili numeriche, ma l'idea di correlazione si può applicare anche agli oggetti fisici  Consideriamo il caso semplice in cui estraiamo un campione di coppie di oggetti da una popolazione in cui questi oggetti sono distribuiti in categorie discrete (i libri di una biblioteca suddivisi in romanzi e saggi, o gli studenti di una città suddivisi per tipo di scuola, o i gameti di una popolazione suddivisi per gli alleli di un particolare locus)  Se procediamo rigorosamente a caso nel formare le coppie, dovrà valere la legge di Hardy-Weinberg nel predire il numero di coppie formate da ciascun appaiamento possibile, a meno delle fluttuazioni dovute alla limitatezza del campione  Ma se esiste un vizio nella procedura di campionamento, un qualsiasi tipo di allontanamento dall'estrazione casuale, ne conseguirà un certo livello di “associazione” fra gli oggetti che vengono accoppiati.

12 Genetica delle Popolazioni a.a. 10-11 prof S. Presciuttini Correlazione positiva o negativa Se si assegnano valori numerici arbitrari agli oggetti che formano le coppie, si può misurare il livello dell'associazione calcolando il coefficiente di correlazione fra i due valori, che risulta indipendente dai valori stessi Se si assegnano valori numerici arbitrari agli oggetti che formano le coppie, si può misurare il livello dell'associazione calcolando il coefficiente di correlazione fra i due valori, che risulta indipendente dai valori stessi Si può ad esempio assegnare un valore numerico qualsiasi ai due alleli di un locus diallelico, e, dato un campione di individui, si può pensare di calcolare il coefficiente di correlazione fra l'allele di provenienza maschile (variabile X) e quello di provenienza femminile (variabile Y, o viceversa) Si può ad esempio assegnare un valore numerico qualsiasi ai due alleli di un locus diallelico, e, dato un campione di individui, si può pensare di calcolare il coefficiente di correlazione fra l'allele di provenienza maschile (variabile X) e quello di provenienza femminile (variabile Y, o viceversa) Un valore diverso da zero del coefficiente significherebbe un allontanamento dall'accoppiamento casuale degli alleli. Un valore diverso da zero del coefficiente significherebbe un allontanamento dall'accoppiamento casuale degli alleli. Il coefficiente di correlazione può essere positivo o negativo, a seconda che nel campione prevalga un eccesso di coppie con oggetti identici o un eccesso di coppie di oggetti diversi Il coefficiente di correlazione può essere positivo o negativo, a seconda che nel campione prevalga un eccesso di coppie con oggetti identici o un eccesso di coppie di oggetti diversi

13 Genetica delle Popolazioni a.a. 10-11 prof S. Presciuttini Wright usò il simbolo F per designare il coefficiente di correlazione fra gameti, che chiamò “indice di fissazione”. Wright usò il simbolo F per designare il coefficiente di correlazione fra gameti, che chiamò “indice di fissazione”. Una correlazione positiva fra gameti può verificarsi in due modi: Una correlazione positiva fra gameti può verificarsi in due modi:  accoppiamento fra consanguinei  accoppiamento assortativo (deviazione dalla panmissia) Nel caso di accoppiamento assortativo dovuto a struutra della popolazione, Wright mostrò che il coefficiente di correlazione fra gameti era uguale al complemento a 1 dell'indice di panmissia: Nel caso di accoppiamento assortativo dovuto a struutra della popolazione, Wright mostrò che il coefficiente di correlazione fra gameti era uguale al complemento a 1 dell'indice di panmissia: F = 1–P Essendo equivalente al coefficiente di correlazione, l'indice di fissazione può essere sia positivo che negativo ed è quindi compreso fra +1 e – 1. Essendo equivalente al coefficiente di correlazione, l'indice di fissazione può essere sia positivo che negativo ed è quindi compreso fra +1 e – 1.

14 Genetica delle Popolazioni a.a. 10-11 prof S. Presciuttini Indice di panmissia e indice di fissazione In una popolazione che non è panmittica, ma che è costituita da una o più sottopopolazioni panmittiche l'indice di panmissia calcolato come P = H obs /H exp è minore di 1, e scende a zero nel caso estremo in cui le popolazioni siano monomorfiche per alleli diversi. In una popolazione che non è panmittica, ma che è costituita da una o più sottopopolazioni panmittiche l'indice di panmissia calcolato come P = H obs /H exp è minore di 1, e scende a zero nel caso estremo in cui le popolazioni siano monomorfiche per alleli diversi. Ad esempio, nel caso visto in precedenza per descrivere l'effetto di Wahlund, l'indice di panmissia della popolazione totale è P = H obs /H exp = 450/495 = 0,909, ovvero circa il 91% Ad esempio, nel caso visto in precedenza per descrivere l'effetto di Wahlund, l'indice di panmissia della popolazione totale è P = H obs /H exp = 450/495 = 0,909, ovvero circa il 91% Alla diminuzione dell'indice di pammissia corrisponde quindi un aumento dell'omozigosità degli individui di ciascuna sottopopolazione rispetto a quella attesa nella popolazione totale Alla diminuzione dell'indice di pammissia corrisponde quindi un aumento dell'omozigosità degli individui di ciascuna sottopopolazione rispetto a quella attesa nella popolazione totale Tale aumento di omozigosità ha preso il nome di indice di fissazione (F), il quale risulta quindi definito come Tale aumento di omozigosità ha preso il nome di indice di fissazione (F), il quale risulta quindi definito come

15 Genetica delle Popolazioni a.a. 10-11 prof S. Presciuttini Il significato generale dell'indice di fissazione L'indice di fissazione F ha un significato molto più generale dell'aumento di omozigosità osservato in una popolazione per effetto della struttura in sottopopolazioni con frequenze alleliche diverse L'indice di fissazione F ha un significato molto più generale dell'aumento di omozigosità osservato in una popolazione per effetto della struttura in sottopopolazioni con frequenze alleliche diverse In effetti qualunque diminuzione dell'eterozigosità media della popolazione corrispponde ad un aumento dell'omozigosità di tutti o parte degli individui che la costituiscono, e quindi il coefficiente di fissazione ha esattamente lo stesso significato del coefficiente di inincrocio. In effetti qualunque diminuzione dell'eterozigosità media della popolazione corrispponde ad un aumento dell'omozigosità di tutti o parte degli individui che la costituiscono, e quindi il coefficiente di fissazione ha esattamente lo stesso significato del coefficiente di inincrocio. Che la deviazione dalla panmissia sia dovuta a frammentazione della popolazione o ad accoppiamento preferenziale fra individui imparentati (= inincrocio della prole) o a qualunque altra causa, la conseguenza rilevante è un aumento del coefficiente di inincrocio, che può essere misurato sia a livello della popolazione, sia a livello del singolo individuo Che la deviazione dalla panmissia sia dovuta a frammentazione della popolazione o ad accoppiamento preferenziale fra individui imparentati (= inincrocio della prole) o a qualunque altra causa, la conseguenza rilevante è un aumento del coefficiente di inincrocio, che può essere misurato sia a livello della popolazione, sia a livello del singolo individuo