Porting RGCAD - Gianfranco Gargano II Corso di formazione INFN su aspetti pratici dell'integrazione di applicazioni in GRID Porting RGCAD.

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1 Porting RGCAD - Gianfranco Gargano II Corso di formazione INFN su aspetti pratici dell'integrazione di applicazioni in GRID Porting RGCAD

2 Porting RGCAD - Gianfranco Gargano II Corso di formazione INFN su aspetti pratici dell'integrazione di applicazioni in GRID CAD Polmonare

3 Porting RGCAD - Gianfranco Gargano II Corso di formazione INFN su aspetti pratici dell'integrazione di applicazioni in GRID RGCAD Individuazione del parenchima polmonare. Individuazione dei candidati nodulo all’interno del parenchima. Classificazione dei candidati nodulo

4 Porting RGCAD - Gianfranco Gargano II Corso di formazione INFN su aspetti pratici dell'integrazione di applicazioni in GRID Individuazione dei Candidati Noduli I candidati nodulo all’interno del volume segmentato in precedenza vengono individuati applicando iterativamente un algoritmo region growing.

5 Porting RGCAD - Gianfranco Gargano II Corso di formazione INFN su aspetti pratici dell'integrazione di applicazioni in GRID Individuazione dei Candidati Noduli Combinazione lineare di due regole di inclusione: 1.Mean Bottom Threshold: vengono inclusi i voxel la cui intensità luminosa, mediata con quella dei 26 voxel vicini, è maggiore di una soglia (t 1 ); 2.Simple Bottom Threshold; vengono inclusi i voxel la cui intensità luminosa è maggiore di una soglia (t 2 );

6 Porting RGCAD - Gianfranco Gargano II Corso di formazione INFN su aspetti pratici dell'integrazione di applicazioni in GRID Individuazione dei candidati noduli Per migliorare le prestazioni questo sistema può essere reso multi threshold: Ricerca i noduli con un set di soglie Ci altri set di soglie da adoperare ? Filtra i candidati nodulo in base al volume Fai l’OR dei candidati nodulo Cambia il set ( t 1 e t 2 ) di soglie nosì

7 Porting RGCAD - Gianfranco Gargano II Corso di formazione INFN su aspetti pratici dell'integrazione di applicazioni in GRID Porting RGCAD Istallato gcc 4.0.1 sulla UI Compilate tutte le librerie necessarie (root, dcmtk) Compilata la libreria del CAD Le compilazioni sono state effettuate a 32 bit su una macchina a 64 bit

8 Porting RGCAD - Gianfranco Gargano II Corso di formazione INFN su aspetti pratici dell'integrazione di applicazioni in GRID Porting CAD E’ risultato impossibile leggere il formato di originale dei dati di input del CAD (file in formato DICOM, standard per le immagini mediche); E’ stata operata una conversione dei dati su una macchina a 32 bit (il mio mac): i dati sono stati convertiti da file DICOM ad un file.root contenente l’istanza di una classe matrice della libreria del CAD; E’ stato possibile grazie a questa conversione eseguire un run dell’applicazione sulla UI a 64 bit

9 Porting RGCAD - Gianfranco Gargano II Corso di formazione INFN su aspetti pratici dell'integrazione di applicazioni in GRID Porting RGCAD Trasportate le librerie sui CE; Eseguito il primo run del CAD su GRID;

10 Porting RGCAD - Gianfranco Gargano II Corso di formazione INFN su aspetti pratici dell'integrazione di applicazioni in GRID Porting CAD Ho creato un job parametrico in modo da far eseguire lo step di individuazione dei candidati noduli con un diverso valore dei parametri t 1 e t 2 da ogni job. Nel job creato la le due soglie assumono i valori contenuti in un insieme di compie di cardinalità pari a 625 (quindi 625 job); In seguito il job principale è stato modificato in modo da generare un numero inferiore di job i quali si occuperanno di eseguire la fase di individuazione di soglie con un sottoinsieme dell’insieme di coppie di parametri.

11 Porting RGCAD - Gianfranco Gargano II Corso di formazione INFN su aspetti pratici dell'integrazione di applicazioni in GRID Conclusioni Il porting del CAD polmonare RGCAD può dirsi completato; Sono riuscito ad eseguire un run completo con un job parametrico usando un set di 625 coppie di soglie; Il job generava altri 50 sotto-job ogni dei quali eseguiva la ricerca dei noduli con circa 100 copie di soglie; Il tempo di calcolo al di fuori di una infrastruttura GRID è di circa 24 ore; All’interno della GRID GILDA il tempo di run è stato di circa 1 ora;

12 Porting RGCAD - Gianfranco Gargano II Corso di formazione INFN su aspetti pratici dell'integrazione di applicazioni in GRID …per il futuro Porterò il CAD nella GRID BIOMED; Collaborerò con il team barese di g-LITE;