Lavori lung: stato dell’arte luglio/dicembre 2009

Presentazione sul tema: "Lavori lung: stato dell’arte luglio/dicembre 2009"— Transcript della presentazione:

1 Lavori lung: stato dell’arte luglio/dicembre 2009
M.E. Fantacci per MAGIC-5-lung

2 Argomenti Database pubblici di ricerca I-ELCAP LIDC CAD
Segmentazione: aggiornamenti RG: nuovi risultati VBNA: nuovo approccio di classificazione Formiche: studio FP CAD + RAD OSIRIX: import/export annotazioni Le pagine di Roberto

3 I-ELCAP

4 I-ELCAP

5 I-ELCAP

6 I-ELCAP

7 I-ELCAP

8 I-ELCAP

9 Aggiornamento database: I-ELCAP
50 casi annotati slice thickness ricostruita 1.25mm (annotati da due rad) Lacune: Mancano info su size dei noduli e i commenti alle annotazioni non sono compresi nel csv scaricabile

10 Aggiornamento database: LIDC
Scaricati 53 casi con fetta <=1mm e 173 con fetta >1 e <=2 mm Disponibili annotazioni ufficiali con size e con corrispondenza 1,2,3 e 4 radiologi di 38 casi con fetta <=1 mm e 142 >1 e <=2mm (i restanti sono sani oppure rotti, 6 assenti ingiustificati) visti da 1 rad: visti da 2 rad: visti da 3 rad: visti da 4 rad:

11 Distribuzione diametri LIDC (fino a 10 mm)
Casi con slice thickness <=1 mm Casi con slice thickness >1 mm <=2mm

12 Is morphological closing the best choice?
Massafra – De Nunzio - Maggiore Lung Segmentation: 2) cavity filling implemented & tested Some problems shown in july.... Is morphological closing the best choice? 1) too large circular crowns r = 16 r = 8 r = 1 3) border artifacts

13 Is morphological closing the best choice?
A general Method for Identification and repair of concavities in segmented medical images WORK IN PROGRESS!!! W.F. Sensakovic*, A. Starkey, and S.G. Armato III Flowchart detailing the generalized method for identification and repair of incorrect concavities.

14 RG-Lung CAD Individuazione del parenchima: - RegionGrowing;
- Eliminazione Trachea; - Individuazione contorno anatomico mediante Rolling Ball; Indiduazione dei candidati nodulo: - RegionGrowing Iterativo; - Analisi dimensionale; Riduzione Falsi positivi: - Filtro sul volume e sulla sfericità; - Rete neurale; - SupportVectorMachine.

15 RG-Lung CAD: risultati su database LIDC con la rete neurale
Sens. at 4 FP/CT 8 FP/CT LIDC AL 4 67% 70% GS20 69% 71% ANODE09 80%

16 RG-Lung CAD: risultati su database LIDC con SupportVectorMachine
Sens. at 4 FP/CT 8 FP/CT LIDC AL 4 67% GS20 69% 76% ANODE09 74% 77%

17 Confronto RG-VBNA ANODE LIDC 4rad GS20

18 Aggiornamento VBNA CAD
Work in progress: Risettaggio dei parametri e allenamento su subset LIDC Prova di miglioramento della classificazione VBNA : allenamento e combinazione di classificatori specializzati nel rigettare ognuno una diversa categoria di falsi positivi

19 Formiche: analisi dei falsi positivi
Da dove siamo partiti... Analisi della posizione dei Falsi Positivi dei database Anode09 - Gstest – LIDC Analisi del volume con relative modifiche al codice Volmin ≈ (4/3)πrmin3 Volmax ≈ (4/3)πrmax3 Modifica del parametro Alfa Nuova analisi della posizione dei falsi positivi dei rispettivi database 19

20 handling of RAD and CAD findings
Plug-in for Osirix: handling of RAD and CAD findings MGROI objects (Torino, Bari) VBNA Rois (Pisa) ? Advanced instrument for the medical images annotation Region of interest handled by development framework (ROOT, MatLab...) How can we import/export ROIs ?

21 P.Bosco: demo for the export/import osirix plugin
MGROI objects (Torino, Bari) VBNA Rois (Pisa) XML format Osirix Plugin development (Obj-C language, Cocoa Framework) Development framework conversion macros Done (but we can improve it following radiologist's advices) work in progress for MGROI... P.Bosco: demo for the export/import osirix plugin

22 Le pagine di Roberto: cultura e letteratura
In corso Partecipazione ANODE09 (?) Accettati Pattern Recognition: lavoro sulle formiche Pubblicati IJI: lavoro sulla segmentazione CBM: lavoro sui pleurici

23 Le pagine di Roberto: pubblicita’ e spettacolo
Da luglio 2009: 1 AIFM (invito), 2 SIF, (?, invito), 1 IEEE NSS/MIC, 1 EUROPACS (invito SIRM), 1 ICFDT (Frascati, invito) Gia’ previsti per il 2010: PHYSICS FOR HEALTH IN EUROPE WORKSHOP ECR, CARS (demo, invito), SIRM (“invito”)

24 Le pagine di Roberto: cronache locali / PI
ALE: data presunta del parto: 3 dicembre 2009 ILA: data effettiva del matrimonio: 17 ottobre 2009