Stato dell’arte dei campioni MITO 16 A

Presentazione sul tema: "Stato dell’arte dei campioni MITO 16 A"— Transcript della presentazione:

1 Stato dell’arte dei campioni MITO 16 A

2 357 patients (89%) with tumor sample available
384 patients enrolled in institutions contributing to biomarker study (606 blocks) 16 patients: sample not available 10 patients: tumor sample collected after start of chemotherapy (6 IDS, 1 RIST, 3 post chem) 357 patients (89%) with tumor sample available for IHC analysis 17 patients: inadequate block 67 patients: inadequate block (morphology) for nucleic acid extraction 374 patients enrolled in institutions contributing to biomarker study revision N paz esclusi =43 Ongoing la revisione dei patologi 248 pz P (57 anche M) 105 pz solo M 4 pz sede da definire TOTALE BLOCCHETTI 414 290 patients (72,5%) with tumor sample available for nucleic acid extraction 220 pz P (42 anche M) 66 pz solo M TOTALE BLOCCHETTI 332 N paz esclusi =110 TEORICAMENTE…

3 MITO 16A: Campioni non disponibili (16 pazienti)
Centro Pt ID Motivo 320 281 Deceduta 603 332 ERRORE DIAGNOSI 145 170 In attesa 177 339 377 1 315 In attesa da altro ospedale (AORN Monaldi) 71 Restituiti per altri studi 117 43 165 367 24 RITIRO CONSENSO 119 355 388 123 Solo Vetrini 219 298 47 329

4 MITO 16A: Campioni non basale (alla diagnosi) (10 pazienti)
ID CENTRO N PAZ Motivo 1 IDS 320 4 368 366 3 post chemio 160 Ristadiazione

5 MITO 16A: Campioni scartati come risultato della revisione
17 pazienti per IHC e per estrazione di acidi nucleici CENTRO ID N. PAZIENTI 1 6 145 5 240 270 320 2 367 380 603 610 12 pazienti: Materiale insufficiente per creazione TMA o sezione intera 5 pazienti: risultato revisione non coerente con la diagnosi di carcinoma ovarico

6 LA SCELTA DEL BLOCCHETTO E’ FONDAMENTALE
MITO 16A: Campioni inadeguati per l’estrazione degli acidi nucleici (67 pazienti) LA SCELTA DEL BLOCCHETTO E’ FONDAMENTALE CENTRO ID N. PAZIENTI 1 3 6 43 47 145 15 172 2 180 222 272 320 12 344 355 360 367 7 368 377 380 396 588 Il campione deve avere almeno una area di cm 0,5x 0,5 con >70%cellule tumorali e <del 20% di necrosi!!!!!!!!!!!!!!!

7 MITO 16A: CAMPIONI UTILIZZABILI
CENTRO N. Pazienti N PAZIENTI con campione N PAZIENTI con campione elegibile per IHC N PAZIENTI con campione elegibile per estrazione ac nucl 1 40 38 36 33 6 5 4 3 27 2 43 11 10 9 47 8 109 145 50 46 41 26 160 172 7 180 182 198 212 213 215 219 222 238 240 249 260 270 272 CENTRO N. Pazienti N PAZIENTI con campione N PAZIENTI con campione elegibile per IHC N PAZIENTI con campione elegibile per estrazione ac nucl 320 60 57 51 39 321 3 344 8 6 353 5 355 7 360 4 2 363 365 366 9 367 27 26 24 17 368 28 20 377 380 1 382 396 587 588 598 603 11 608 14 610 615 622 400 384 357 290

8 A che punto siamo… ESTRAZIONE ACIDI NUCLEICI:
DNA: estrazioni completate. controllo di qualità (Mario Negri): completato! NGS 140 genes (Mario Negri): ongoing RNA: estrazioni completate. controllo di qualità (INT-Mi) completato! Campioni di buona qualità inviati al Mario Negri e ad Aviano per le analisi proposte ESTRAZIONE ACIDI NUCLEICI: IHC: programmazione: priorità dei biomarcatori e riduzione di marcatori su sezione intera, digital pathology

9 Stato dell’arte dei campioni MITO 16 B

10 256/265 patients with tumor sample available
299 patients enrolled in institutions contributing to biomarker study (531 blocks (192 fase 4)) 4 patients: with sample not available (fase 4) 1 patients: only slide 3 patient: dead 1 patient: error 98 patients: with sample not yet available 20 patients: tumor sample collected after start of chemotherapy 256/265 patients with tumor sample available for IHC analysis 14 patients: inadequate block 41 patients: inadequate block for nucleic acid extraction (morphology) 279 patients enrolled in institutions contributing to biomarker study revision 144 pz P (31 anche M) 96 pz solo M 16 pz sede da definire 9 paz under revision TOTALE BLOCCHETTI 296 215/224 patients with tumor sample available for nucleic acid extraction (73 pz fase 4) 137 pz P (26 anche M) 66 pz solo M 12 pz sede da definire TOTALE BLOCCHETTI 250 TEORICAMENTE…

11 MITO 16B: Campione non basale (alla diagnosi) (20 pazienti)
ID CENTRO N. PAZIENTI Motivo 1 post chemio 109 171 270 320 5 360 365 366 2 627 629 635 636 638 680 708

12 MITO 16B: Campioni scartati come risultato della revisione
14 pz per IHC e per estrazione di acidi nucleici CENTRO ID N. PAZIENTI 147 1 320 380 396 498 624 625 626 627 2 636 643 679 14 pazienti: Materiale insufficiente per creazione TMA o sezione intera

13 MITO 16B: Campioni non idonei per estrazione acidi nucleici
(41 pazienti) ID CENTRO N. PAZIENTI 1 6 42 109 145 4 172 2 222 272 294 320 8 344 368 5 396 625 627 3 635 636 639 643 647 680 689

14 MITO 16B: CAMPIONI UTILIZZABILI
9 pz: revisione in corso CENTRO N. Pazienti N PAZIENTI con campione N PAZIENTI con campione elegibile per IHC N PAZIENTI con campione elegibile per estrazione ac nucl 1 39 35 34 33 6 42 9 7 43 3 2 47 5 60 68 109 138 145 30 147 171 172 4 173 198 212 215 222 8 238 249 260 270 272 275 3+1 under revision 282 292 294

15 MITO 16B: CAMPIONI UTILIZZABILI
CENTRO N. Pazienti N PAZIENTI con campione N PAZIENTI con campione elegibile per IHC N PAZIENTI con campione elegibile per estrazione ac nucl 305 2 320 61 46 40 32 344 6 4 353 1 360 363 3 1+2 under revision 365 8 7 366 368 27 13 380 396 5 447 459 462 497 498 499 560 2 under revision  2 under revision   587 603 608 610 624 625 626 627 10 9 628  2 under revision  629

16 MITO 16B: CAMPIONI UTILIZZABILI
CENTRO N. Pazienti N PAZIENTI con campione N PAZIENTI con campione elegibile per IHC N PAZIENTI con campione elegibile per estrazione ac nucl 632 8 635 3 2 1 636 5 4 638 639 7 642 643 646 647 648 649 1 under revision  651 652 653 656 673 674 679 6 680 684 689 706 707 708 710 712 713 406 299 256 215 265 224

17 A che punto siamo… Revisione anatomo patologica: aggiornata ai casi ricevuti (9 paz in corso) Estrazione di DNA: aggiornata ai casi ricevuti e revisionati