Interpretazione dei profili

Presentazione sul tema: "Interpretazione dei profili"— Transcript della presentazione:

1 Interpretazione dei profili
Parte 12a Esercitazioni: Interpretazione dei profili

2 Prova pratica: Interpretazione dei profili STR
Esempio di profilo di buona qualità (Fusion 6C, parziale) Identificare: I bin allelici Il nome degli alleli Gli stutter L’intensità del segnale La lunghezza dell’amplicone Eventuali interalleli Delimitatori di locus Indicatori di qualità La tipologia di marcatori (STR? Autosomici , Y, X) Locus AMELX/AMELY

3 Prova pratica: Interpretazione dei profili
Low template DNA

4 Prova pratica: Interpretazione dei profili
Reazione fallita - Low template DNA?

5 Prova pratica: Interpretazione dei profili
Non è un misto… è semplicemente il ladder allelico

6 Prova pratica: Interpretazione dei profili
DNA degradato

7 Prova pratica: Interpretazione dei profili
Eccesso di DNA stampo –segnali >30000 RFU Risulta in comparsa di picchi sovrannumerari dovuti a trasbordo cromatico (in D22 e D19), ed eventuale difetto di adenilazione (in FGA)

8 Prova pratica: Interpretazione dei profili
Low template DNA; nota che il soggetto è un maschio Ma risulta come femmina in base al locus amelogenina

9 Prova pratica: Interpretazione dei profili
Low template DNA, si noti: 1) RFU sotto 1000 (soglia stocastica) 2) Molti loci appaiono in omozigosi AMEL-X si perde

10 Prova pratica: Interpretazione dei profili
AMELX null; D3S sbilanciato

11 Prova pratica: Interpretazione dei profili
Mistura femmina maschio circa 3:1

12 Prova pratica: Interpretazione dei profili
Eccesso di DNA stampo –segnali >30000 RFU Risulta in comparsa di picchi sovrannumerari dovuti a trasbordo cromatico vedi ad esempio TH01, (verde in giallo)

13 Prova pratica: Interpretazione dei profili
Eccesso di DNA stampo –segnali >30000 RFU Risulta in comparsa di picchi sovrannumerari dovuti a trasbordo cromatico, vedi ad esempio TH01 e D18S51, (verde in giallo)

14 Interpretazione dei profili
Prova pratica: Interpretazione dei profili Profilo di microsatelliti del cromosoma Y: Notare: Loci in emizigosi Loci multi-copy Problemi con sbilanciamento allelico?

15 Prova pratica: Interpretazione dei profili
Profilo Y-STR, allele nullo al locus DYF387S1

16 Prova pratica: Interpretazione dei profili
Profilo Y-STR, mutazione somatica (da 2 a 3 copie) sbilanciata al locus DYF387S1