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Introduzione al Linguaggio R di Giorgio Valentini - Rev. 1 di Sergio Capone: ftp://ftp.itisvinci.com Dipartimento di Informatica ITIS Leonardo da Vinci.

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1 Introduzione al Linguaggio R di Giorgio Valentini - Rev. 1 di Sergio Capone: ftp://ftp.itisvinci.com Dipartimento di Informatica ITIS Leonardo da Vinci Carpi 2011 1

2 Cosè R? E un applicativo che dispone di unambiente specifico per lelaborazione interattiva 1 di dati È un ambiente di sviluppo integrato 2 ed è un software open source reperibile su Internet. Quindi è un ambiente di risorse software integrate per la gestione e lelaborazione di dati e per lulteriore loro rappresentazione grafica R si interfaccia verso programmi e/o moduli scritti anche con altri linguaggi 2

3 Caratteristiche generiche di R R è un linguaggio ad alto livello 1 orientato alla analisi dei dati R è un linguaggio ad alto livello interpretato 2 R è dotato di un insiemi di operatori, ad alto livello, per effettuare calcoli su array 3 e matrici R supporta paradigmi di programmazione imperativa, object-oriented e funzionale 4. 3

4 R per la bioinformatica R è uno dei linguaggi maggiormente utilizzati dalla comunità internazionale dei bioinformatici R permette di strutturare dati complessi ed eterogenei R dispone di library 1 (librerie/biblioteche) specifiche per la bioinformatica R è il linguaggio utilizzato dal progetto internazionale open source Bioconductor * per la gestione ed elaborazione di dati genomici 2 e proteomici 3 4

5 Lutile storia di R R deriva dal linguaggio S, progetto sviluppato da John Chambers negli anni 80 presso i Bell Laboratory. S ha consentito a John Chamber nel 1999 di ritirare il prestigioso ACM Software Systems Award. R è un progetto Open Source: – Il progetto nasce inizialmente grazie a Ross Ihaka e Robert Gentleman dellUniversità di Auckland (Nuova Zelanda) – Attualmente è seguito da una comunità internazionale di ricercatori e sviluppatori sia in ambito accademico che industriale – È un progetto incentrato sul web: www.r-project.orgwww.r-project.org – Dispone di archivi software e documentazione: cran.r- project.org/cran.r- project.org/ 5

6 Dove viene usato? Agricoltura, astrofisica, climatologia, ecologia e studi ambientali, economia, ingegneria elettrica e elettronica, finanza, genetica e bioinformatica, geografia, psicologia, scienze sociali … … 6

7 Dove prelevare R? Al CRAN (the Comprehensive R Archive Network) http://cran.r-project.org/http://cran.r-project.org/ Sono disponibili distribuzioni binarie per : – Linux per tutte le principali distribuzioni – Apple Macintosh e MacOS X dalla 8.6 e succ. – Windows dalla ver. 95 a Seven 32 e 64 bit – Unix (su diverse piattaforme hardware) 7

8 Risorse testuali Un corso introduttivo scaricabile dal web: W. Venables and D.M. Smith, An Introduction to R: http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf. 2008 http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf Libri sulla programmazione avanzata in R: 1) Robert Gentleman R Programming for Bioinformatics, CRC/Computer Science & Data Analysis Volume 12, Chapman & Hall, 2008 2) J. Chambers Software for Data Analysis: Programming with R, Springer, 2008 8

9 Risorse per la bioinformatica Materiale didattico è alle pagine web del corso: Linguaggi di Programmazione per la Bioinformatica: http://homes.dsi.unimi.it/~valenti/LPBio0708.htm http://homes.dsi.unimi.it/~valenti/LPBio0708.htm Un libro specifico sull utilizzo di R per la bioinformatica e Bioconductor: Gentleman, R.; Carey, V.; Huber, W.; Irizarry, R.; Dudoit, S. Bioinformatics and Computational Biology Solutions using R and Bioconductor, Springer, 2005 9


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