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Universita' di Ferrara - Corso di laurea in Scienze Biologiche, A.A. 2001-2002 BANCHE DATI BIOLOGICHE Docente: Dr. Stefania Bortoluzzi Dipartimento di.

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Presentazione sul tema: "Universita' di Ferrara - Corso di laurea in Scienze Biologiche, A.A. 2001-2002 BANCHE DATI BIOLOGICHE Docente: Dr. Stefania Bortoluzzi Dipartimento di."— Transcript della presentazione:

1 Universita' di Ferrara - Corso di laurea in Scienze Biologiche, A.A BANCHE DATI BIOLOGICHE Docente: Dr. Stefania Bortoluzzi Dipartimento di Biologia Universita' di Padova viale G. Colombo 3, 35131, Padova Tel

2 PROGRAMMA DEL CORSO (36 ore) Introduzione allutilizzo di database (3+3+3) Struttura e organizzazione di database (cenni). Database compositi e information retrieval. Database primari: database di sequenze nucleotidiche e proteiche e database di strutture. Database secondari. Database di sequenze genomiche.

3 PROGRAMMA DEL CORSO (36 ore) Analisi di sequenze ( ) Formato FASTA, traduzione, mascheramento, inverso complementare: utilizzo di BCM sequence utilities. Ricerca di similarità. Omologia e Analogia, Ortologia e Paralogia. Allineamento di sequenze a coppie. Allineamento globale o locale. Algoritmo di Needleman & Wunsch; algoritmo di Smith & Waterman Comparazione di una sequenza con un database: introduzione a FastA e BLAST. BLAST specializzati: Human Genome, BLAST 2, PSI- and PHI-BLAST. Allineamento multiplo di sequenze (cenni); ClustalW.

4 PROGRAMMA DEL CORSO (36 ore) Analisi di una regione genomica di interesse (3) Mappa fisica (NCBI MapView). Uso di Genome Browser ed ENSEMBL per lannotazione di Gaps della sequenza genomica, STS, geni noti, trascritti, ESTs.

5 PROGRAMMA DEL CORSO (36 ore) Recupero di informazioni riguardanti un gene umano di interesse (3) LOCUSLINK UniGene GenCards OMIM

6 PROGRAMMA DEL CORSO (36 ore) Esercitazione pre esame (3) Un paio di domande teoriche Insieme di esercizi simili a quelli che avremo fatto insieme durante il corso, ma con integrazione dei diversi argomenti con breve relazione


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