Software per la Bioinformatica

Presentazione sul tema: "Software per la Bioinformatica"— Transcript della presentazione:

1 Software per la Bioinformatica
Università degli studi di Siena sett.-nov. 2004

2 Cosa è esattamente la Bioinformatica?
È la scienza che si occupa del trattamento ed analisi dei dati biologici con metodi informatici In altre parole è la scienza che, attraverso algoritmi, processa i dati biologici per formulare ipotesi sui processi vitali Algoritmi → software

3 Il Bioinformatico È uno sviluppatore È un utilizzatore

4 Perché un corso di bioinformatica?
Insieme alle biotecnologie, la bioinformatica sta dando il maggior impulso alla ricerca nelle scienze della vita È utilizzabile in tutti i campi della biologia molecolare L’uso dei software bioinformatici sta diventando di routine… …forse troppo?

5 Dove posso trovare risorse per la Bioinformatica?
Su internet si possono trovare Servizi online Software gratuiti Che genere di informazioni si ottengono? Primarie Derivate Parametri confronti I punti di partenza:

6 Le parole da sapere Banca dati (database) Server & client entry query
flat-file cross-reference XML (eXented Markup Language) Server & client algoritmo implementazione software online

7 Quali dati posso trattare?
Sequenza Funzione Struttura

8 Banche dati Primarie Derivate Interconnesse

9 Banche dati di acidi nucleici
Genbank Annotated nucleic acids sequences database Problemi: mantenere le annotazioni Sovrapposizioni delle sequenze Polimorfismo e varanti

10 Il DNA Trascrizione Traduzione Trascritto primario (pre-mRNA) mRNA
cDNA Traduzione Precursore Proteina nativa

11 Banche dati di proteine
Swissprot Annotated protein sequences database Problemi: Derivano per lo più da traduzioni

12 Banche dati di strutture
Protein Data Bank 3D protein structures database

13 Banche dati derivate PROSITE ProDom FSSP, SCOP, CATH OMIM
Pattern funzionali ProDom Domini proteici FSSP, SCOP, CATH Famiglie strutturali OMIM Geni e malattie geniche associate

14 Esempi Genbank Swissprot ORFinder ClustalW BLAST Expasy tools Prosite
PDB CATH SCOP Pfam Deepview