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Software per la Bioinformatica Università degli studi di Siena sett.-nov. 2004.

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Presentazione sul tema: "Software per la Bioinformatica Università degli studi di Siena sett.-nov. 2004."— Transcript della presentazione:

1 Software per la Bioinformatica Università degli studi di Siena sett.-nov. 2004

2 Cosa è esattamente la Bioinformatica? È la scienza che si occupa del trattamento ed analisi dei dati biologici con metodi informatici È la scienza che si occupa del trattamento ed analisi dei dati biologici con metodi informatici In altre parole è la scienza che, attraverso algoritmi, processa i dati biologici per formulare ipotesi sui processi vitali In altre parole è la scienza che, attraverso algoritmi, processa i dati biologici per formulare ipotesi sui processi vitali Algoritmi software Algoritmi software

3 Il Bioinformatico È uno sviluppatore È uno sviluppatore È un utilizzatore È un utilizzatore

4 Perché un corso di bioinformatica? Insieme alle biotecnologie, la bioinformatica sta dando il maggior impulso alla ricerca nelle scienze della vita Insieme alle biotecnologie, la bioinformatica sta dando il maggior impulso alla ricerca nelle scienze della vita È utilizzabile in tutti i campi della biologia molecolare È utilizzabile in tutti i campi della biologia molecolare Luso dei software bioinformatici sta diventando di routine… Luso dei software bioinformatici sta diventando di routine… …forse troppo? …forse troppo?

5 Dove posso trovare risorse per la Bioinformatica? Su internet si possono trovare Su internet si possono trovare Servizi online Servizi online Software gratuiti Software gratuiti Che genere di informazioni si ottengono? Che genere di informazioni si ottengono? Primarie Primarie Derivate Derivate Parametri Parametri confronti confronti I punti di partenza: I punti di partenza:

6 Le parole da sapere Banca dati (database) Banca dati (database) entry entry query query flat-file flat-file cross-reference cross-reference XML (eXented Markup Language) XML (eXented Markup Language) Server & client Server & client algoritmo algoritmo implementazione implementazione software software online online

7 Quali dati posso trattare? Sequenza Sequenza Funzione Funzione Struttura Struttura

8 Banche dati Primarie Primarie Derivate Derivate Interconnesse Interconnesse

9 Banche dati di acidi nucleici Genbank Genbank Annotated nucleic acids sequences database Annotated nucleic acids sequences database Problemi: Problemi: mantenere le annotazioni mantenere le annotazioni Sovrapposizioni delle sequenze Sovrapposizioni delle sequenze Polimorfismo e varanti Polimorfismo e varanti

10 Il DNA Trascrizione Trascrizione Trascritto primario (pre-mRNA) Trascritto primario (pre-mRNA) mRNA mRNA cDNA cDNA Traduzione Traduzione Precursore Precursore Proteina nativa Proteina nativa

11 Banche dati di proteine Swissprot Swissprot Annotated protein sequences database Annotated protein sequences database Problemi: Problemi: Derivano per lo più da traduzioni Derivano per lo più da traduzioni

12 Banche dati di strutture Protein Data Bank Protein Data Bank 3D protein structures database 3D protein structures database

13 Banche dati derivate PROSITE PROSITE Pattern funzionali Pattern funzionali ProDom ProDom Domini proteici Domini proteici FSSP, SCOP, CATH FSSP, SCOP, CATH Famiglie strutturali Famiglie strutturali OMIM OMIM Geni e malattie geniche associate Geni e malattie geniche associate

14 Esempi Genbank Genbank Swissprot Swissprot ORFinder ORFinder ClustalW ClustalW BLAST BLAST Expasy tools Expasy tools Prosite Prosite PDB CATH SCOP Pfam Deepview


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