Nei sistemi intensivi di acquacoltura può essere necessario il ricorso a sistemi di trattamento degli scarichi. A causa delle elevate portate dacqua di ricambio e della relativamente alta diluizione dei contaminanti, il trattamento di questi reflui pone significative problematiche. Le tecnologie di trattamento si stanno comunque imponendo nellacquacoltura dei paesi più sviluppati e sono basate su: sedimentazione o decantazione, filtrazione altri trattamenti (anaerobico, fitodepurazione, ecc.). Spesso queste tecniche sono implementate in sistemi di trattamento a tecnologia avanzata. Sistemi di trattamento ancor più evoluti sono quelli destinati al ricircolo dellacqua, che comprendono biofiltri, stadi di nitrificazione, sistemi di frazionamento ed adsorbimento a carboni attivi, sistemi a scambio ionico, ozonizazzione, ecc.

Nei paesi in via di sviluppo, invece, i costi gestionali dei sistemi di trattamento degli scarichi rendono il trattamento stesso improponibile a livello aziendale. In ogni caso, gli impianti di trattamento devono essere efficaci, oltre che proponibili economicamente e dal punto di vista gestionale. Limpiego di bacini di sedimentazione correttamente progettati risulta essere un sistema economicamente sostenibile in molte aziende. I sistemi di sedimentazione risultano essere efficaci per labbattimento dei solidi sospesi, ma lo stesso processo può anche aumentare il tasso di rilascio delle sostanze disciolte, in seguito ai processi di decomposizione dei solidi che avvengono nei bacini ad acqua ferma. I fanghi accumulati nei bacini di sedimentazione dovrebbero essere periodicamente rimossi e distribuiti sul terreno agrario.

Labbattimento delle sostanze sospese può anche essere effettuato in bacini di sedimentazione attraverso lazione di organismi-filtro, quali ad esempio ostriche e mitili. In stagni estensivi può essere effettuata la policoltura di pesci con alghe Gracilaria o Caulerpa che permettono una riduzione del carico di nutrienti nellacqua di rifiuto. Altri tipi di pratiche integrate possono manifestare vantaggiosi effetti in termini di riduzione del carico organico delleffluente, ad esempio la policoltura di bivalvi e alghe marine, lallevamento di salmonidi in gabbie galleggianti con lallevamento di mitili, lallevamento integrato di ostriche e gamberi. Infine, per evitare leccessivo accumulo di sedimenti organici, un ulteriore approccio risolutivo può essere lo spostamento del sito di allevamento. La rotazione dei siti può contribuire al recupero dei sedimenti attraverso la dispersione naturale e la degradazione dei rifiuti nei periodi durante i quali le aree di allevamento sono lasciate abbandonate. Per favorire lossigenazione e la mineralizzazione dei sedimenti possono essere compiute periodicamente delle operazioni di movimentazione dei sedimenti. Il carico di sostanze sedimentate per unità di superficie derivante dai sistemi di allevamento a gabbie galleggianti può essere ridotto con lancoraggio delle gabbie a punto singolo.

Tuttavia, lo sviluppo di interventi quali quelli menzionati (rotazione dei siti di allevamento, dispersione dei sedimenti marini) può in certi casi risultare indesiderabile, a causa del fatto che queste pratiche possono comportare il disturbo di unarea molto più ampia del fondo marino. Al momento attuale sono ancora in corso di sperimentazione altre tecnologie più o meno sofisticate, quali ad esempio limpiego di pompe o mixer sommergibili o collettori di cattura dei rifiuti al di sotto delle gabbie galleggianti. Attrezzature di questo tipo potrebbero essere impiegate a breve su larga scala per raccogliere o disperdere i rifiuti organici depositati.