Strutture alternative del DNA

Gli acidi nucleici possono formare vari tipi di doppia elica

Gli acidi nucleici possono formare vari tipi di doppia elica Coppie di basi per giro Rotazione tra due basi Diametro B 10 (10,4) 36 (34,6) 20 (19) A 11 32,7 23 Z 12 -30 18

Strutture superiori del DNA

Superavvolgimento del DNA

Il superavvolgimento negativo DNA superavvolto negativamente Il superavvolgimento negativo può convertirsi nella separazione locale dei due filamenti

separazione dei filamenti (denaturazione di regioni ricche in A+T) struttura Z (in corrispondenza di regioni di alternanza Pu/Py) strutture cruciformi (in corrispondenza di palindromi)

Superavvolgimento del DNA Positivo = DNA superspiralizzato Negativo = DNA sottospiralizzato

Enzimi che alterano la topologia del DNA Topoisomerasi: tipo I tipo II

Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

Topoisomerasi

Enzimi che agiscono sugli acidi nucleici Polimerasi: DNA polimerasi RNA polimerasi Ligasi Nucleasi: esonucleasi endonucleasi

Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

Proprietà del DNA Appaiamento (associazione) Denaturazione Rinaturazione

Fattori che influenzano la denaturazione Temperatura Forza ionica pH

Spettro di assorbimento del DNA 220 240 260 280 300 320 0.5 1.0 1.5 lunghezza d’onda (nm) Assorbanza effetto ipercromico

Fusione (melting) della doppia elica 70 80 90 100 T ( °C) Assorbanza relativa 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 Fusione (melting) della doppia elica e misura del Tm (Temperature of melting = Temperatura di fusione) Tm = 83°C

Dipendenza della denaturazione del DNA dal contenuto in G+C Tm (°C) G+C (moli %)

B. LEWIN, IL GENE - Edizione compatta, Zanichelli Editore S. p. A B. LEWIN, IL GENE - Edizione compatta, Zanichelli Editore S.p.A. Copyright © 2007

Riassociazione del DNA

Riassociazione del DNA

Appaiamento su filtro (ibridazione)

Sequenze palindromiche

Strutture a "forcina"

Struttura cruciforme

Strutture dell'RNA

Struttura "pseudonodo"

Alterazione dell’informazione: le mutazioni Una modificazione chimica di una base Incorporazione di una base sbagliata

Il "Dogma centrale"

Il "Dogma centrale" Replicazione DNA Trascrizione inversa RNA Traduzione Replicazione DNA RNA Proteina inversa