CLONAGGIO POSIZIONALE: UTILIZZO DEI MARCATORI ASSOCIATI GENETICAMENTE PER COSTRUZIONE DI UN CONTIGUO DI CLONI GENOMICI
METODI PER L’IDENTIFICAZIONE DI GENI ESPRESSI Ricerca per omologia attraverso ibridazione intra o interspecifica di cloni genomici interi o parziali su: 1) Southern blot 2) Northern blot 3) Librerie di cDNA 4) Zoo blot Ricerca elementi caratteristici del genoma: Ricerca di specifiche sequenze consensus Identificazione di isole “CpG” Ricerca di moduli di lettura aperti (ORF) Ricerche attraverso banche dati e programmi di analisi di sequenze Ricerca omologia in banche dati Predizione della funzione dalla struttura nucleotidica
Ricerca per omologia attraverso ibridazione interspecifica
Proteina del glutine
Ibridazione di uno zoo blot (Southern blot)
METODI PER L’IDENTIFICAZIONE DI GENI ESPRESSI Ricerca per omologia attraverso ibridazione intra o interspecifica di cloni genomici interi o parziali su: 1) Southern blot (DNA interspecifica, zoo blot) 2) Northern blot (RNA intraspecifica o interspecifica) 3) Librerie di cDNA Ricerca elementi caratteristici del genoma: Ricerca di specifiche sequenze consensus Identificazione di isole “CpG” Ricerca di moduli di lettura aperti (ORF) Ricerche attraverso banche dati e programmi di analisi di sequenze Ricerca omologia in banche dati Predizione della funzione dalla struttura nucleotidica
La bioinformatica per comprendere il genoma
Bioinformatica: la ricerca di sequenze consensus
Bioinformatica: confronti di sequenze nelle banche dati
Metodologie integrate per predire geni espressi
Identificazione di isole CpG Isole CpG rare nei vertebrati Rappresentano i siti a più alta concentrazione di G+C del genoma Ipometilate al 5’ dei geni dei vertebrati 56% dei geni dei vertebrati associati alle CpG (tutti gli housekeeping e 40% geni tessuto specifici) Metilazione come metodo di controllo dell’espressione genica - Riconosciute da enzimi di restrizione che tagliano quando sono le isole CpG sono ipometilate. Es: SacII (CCGCGG), EagI (CGGCCG) tagliano raramente nel genoma ma molte volte nelle isole. Tagliano se C non sono metilate
Ricerca di ORF in una sequenza genomica