ESERCITAZIONE PROSITE & INTERPRO. Prosite Elenco dei motivi in PROSITE.

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Transcript della presentazione:

ESERCITAZIONE PROSITE & INTERPRO

Prosite

Elenco dei motivi in PROSITE

Funzioni coinvolgenti ZINCO ZINC

Motivo funzionale LIM

Descrizione di LIM

Descrizione con 2 tipi di motivi Profilo Espressione regolare

Espressione regolare per LIM Selettività Sensitività Espressione regolare Elenco veri positivi

Matrice di Profilo per LIM Possibili aminoacidi 61 Posizioni sulla sequenza

Descrizione con 2 tipi di motivi Allineamento multiplo Organizzazione in domini dei veri positivi

Allineamento multiplo per LIM

Architettura in domini

ScanProsite

2 tipi di ricerche MKGLLWSKNRKSSTASASSSSTSTSHKTTTA STASSSSPSSSSQTIRNSTSGASPYMHSH HHHGQGHSHHRGEDNNRDKRKSSVFPPSK QYTSTSSSQVNLGMYHSDTNTRSSRSIASTL KDDSPSVCSEDEISNSSSQKSNAQDETPIAYK KSAHSKDSLLPSRSSSLSPPQSRCSTGT C-X(2)-[CH]-[AIL]-T Per sequenza Per motivo funzionale

Ricerca per sequenza xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx incollare sequenza di CSKP_HUMAN

6 Motivi trovati Motivo trovato Posizioni/e

Ricerca di un motivo C-X(2)-[CH]-[AIL]-T-C Espressione regolare Banche dati solo SP senza varianti di splicing

53 sequenze positive trovate Proteina trovata Posizione motivo

INTERPRO

INTERPRO SCAN xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx incollare sequenza di CSKP_HUMAN

Risultati ricerca