Modello dell’organizzazione ad anse nel nucleoide batterico 12 Modello dell’organizzazione ad anse nel nucleoide batterico ©G.Micheli 2001
Rilevanza funzionale in vivo? 13 a,b,c Ancoraggi nel nucleoide batterico Componenti degli ancoraggi: RNA? - 1) in vivo l’RNA nascente si osserva solo alla periferia del nucleoide + 2) in vitro l’RNasi rilassa il nucleoide (aumento di viscosità, diminuzione del coeff.di sedimentaz.) + 3) Gli inbitori della trascrizione non influenzano il numero di domini cromosomici, ma i nucleoidi si rilassano più facilmente Parete -Membrana? (replicazione) Proteine istone-simili? (HU, H-NS, …) DNA ancorato? Rilevanza funzionale in vivo? ©G.Micheli 2001
Le principali proteine istone-simili del nucleoide batterico 14bis Le principali proteine istone-simili del nucleoide batterico Caratteristiche Struttura pm (kDa) Geni Funzioni HU basica molto abbondante 30000 copie/cellula nessun consenso eterodimero a b 9.2-9.5 9.5 hup A (90.4 min) B (9.9 min) compatta il DNA in strutture nucleosoma-simili induce curvatura nel DNA riconosce DNA curvo interviene nella ricombinazione generale H-NS histone-like nucleoid structuring protein neutra aumenta in fase stazionaria 20000-40000 copie/cellula nesun consenso omodimero 2 x 15.5 hns (27.8 min) è un repressore trascrizionale influenza la ricombinazione IHF integration Host Factor aumenta in funzione del ciclo cellulare 5-10 volte meno abbondante di HU debole specificità di sequenza (YA 2 N 4 T GATW) 11.2 10.5 him A (38.6 min) D (25 min) induce forte curvatura (fino a 140°) nel DNA interviene nella ricombinazone sito-specifica e nella trasposizione FIS Factor for inversion stimulation abbondante in fase esponenziale 10000-60000 copie/cellula scarsa specificità di sequenza (KN YRN WN M) 2 x 11.5 fis (73.4 min) induce curvatura (fino a 90°) nel DNA è un regolatore trascrizionale ©G.Micheli 2001