Stato dell’arte dei campioni MITO 16 A

357 patients (89%) with tumor sample available 384 patients enrolled in institutions contributing to biomarker study (606 blocks) 16 patients: sample not available 10 patients: tumor sample collected after start of chemotherapy (6 IDS, 1 RIST, 3 post chem) 357 patients (89%) with tumor sample available for IHC analysis 17 patients: inadequate block 67 patients: inadequate block (morphology) for nucleic acid extraction 374 patients enrolled in institutions contributing to biomarker study revision N paz esclusi 16+10+17=43 Ongoing la revisione dei patologi 248 pz P (57 anche M) 105 pz solo M 4 pz sede da definire TOTALE BLOCCHETTI 414 290 patients (72,5%) with tumor sample available for nucleic acid extraction 220 pz P (42 anche M) 66 pz solo M TOTALE BLOCCHETTI 332 N paz esclusi 16+10+17+67=110 TEORICAMENTE…

MITO 16A: Campioni non disponibili (16 pazienti) Centro Pt ID Motivo 320 281 Deceduta 603 332 ERRORE DIAGNOSI 145 170 In attesa 177 339 377 1 315 In attesa da altro ospedale (AORN Monaldi) 71 Restituiti per altri studi 117 43 165 367 24 RITIRO CONSENSO 119 355 388 123 Solo Vetrini 219 298 47 329

MITO 16A: Campioni non basale (alla diagnosi) (10 pazienti) ID CENTRO N PAZ Motivo 1 IDS 320 4 368 366 3 post chemio 160 Ristadiazione

MITO 16A: Campioni scartati come risultato della revisione 17 pazienti per IHC e per estrazione di acidi nucleici CENTRO ID N. PAZIENTI 1 6 145 5 240 270 320 2 367 380 603 610 12 pazienti: Materiale insufficiente per creazione TMA o sezione intera 5 pazienti: risultato revisione non coerente con la diagnosi di carcinoma ovarico

LA SCELTA DEL BLOCCHETTO E’ FONDAMENTALE MITO 16A: Campioni inadeguati per l’estrazione degli acidi nucleici (67 pazienti) LA SCELTA DEL BLOCCHETTO E’ FONDAMENTALE CENTRO ID N. PAZIENTI 1 3 6 43 47 145 15 172 2 180 222 272 320 12 344 355 360 367 7 368 377 380 396 588 Il campione deve avere almeno una area di cm 0,5x 0,5 con >70%cellule tumorali e <del 20% di necrosi!!!!!!!!!!!!!!!

MITO 16A: CAMPIONI UTILIZZABILI CENTRO N. Pazienti N PAZIENTI con campione N PAZIENTI con campione elegibile per IHC N PAZIENTI con campione elegibile per estrazione ac nucl 1 40 38 36 33 6 5 4 3 27 2 43 11 10 9 47 8 109 145 50 46 41 26 160 172 7 180 182 198 212 213 215 219 222 238 240 249 260 270 272 CENTRO N. Pazienti N PAZIENTI con campione N PAZIENTI con campione elegibile per IHC N PAZIENTI con campione elegibile per estrazione ac nucl 320 60 57 51 39 321 3 344 8 6 353 5 355 7 360 4 2 363 365 366 9 367 27 26 24 17 368 28 20 377 380 1 382 396 587 588 598 603 11 608 14 610 615 622   400 384 357 290

A che punto siamo… ESTRAZIONE ACIDI NUCLEICI: DNA: estrazioni completate. controllo di qualità (Mario Negri): completato! NGS 140 genes (Mario Negri): ongoing RNA: estrazioni completate. controllo di qualità (INT-Mi) completato! Campioni di buona qualità inviati al Mario Negri e ad Aviano per le analisi proposte ESTRAZIONE ACIDI NUCLEICI: IHC: programmazione: priorità dei biomarcatori e riduzione di marcatori su sezione intera, digital pathology

Stato dell’arte dei campioni MITO 16 B

256/265 patients with tumor sample available 299 patients enrolled in institutions contributing to biomarker study (531 blocks (192 fase 4)) 4 patients: with sample not available (fase 4) 1 patients: only slide 3 patient: dead 1 patient: error 98 patients: with sample not yet available 20 patients: tumor sample collected after start of chemotherapy 256/265 patients with tumor sample available for IHC analysis 14 patients: inadequate block 41 patients: inadequate block for nucleic acid extraction (morphology) 279 patients enrolled in institutions contributing to biomarker study revision 144 pz P (31 anche M) 96 pz solo M 16 pz sede da definire 9 paz under revision TOTALE BLOCCHETTI 296 215/224 patients with tumor sample available for nucleic acid extraction (73 pz fase 4) 137 pz P (26 anche M) 66 pz solo M 12 pz sede da definire TOTALE BLOCCHETTI 250 TEORICAMENTE…

MITO 16B: Campione non basale (alla diagnosi) (20 pazienti) ID CENTRO N. PAZIENTI Motivo 1 post chemio 109 171 270 320 5 360 365 366 2 627 629 635 636 638 680 708

MITO 16B: Campioni scartati come risultato della revisione 14 pz per IHC e per estrazione di acidi nucleici CENTRO ID N. PAZIENTI 147 1 320 380 396 498 624 625 626 627 2 636 643 679 14 pazienti: Materiale insufficiente per creazione TMA o sezione intera

MITO 16B: Campioni non idonei per estrazione acidi nucleici (41 pazienti) ID CENTRO N. PAZIENTI 1 6 42 109 145 4 172 2 222 272 294 320 8 344 368 5 396 625 627 3 635 636 639 643 647 680 689

MITO 16B: CAMPIONI UTILIZZABILI 9 pz: revisione in corso CENTRO N. Pazienti N PAZIENTI con campione N PAZIENTI con campione elegibile per IHC N PAZIENTI con campione elegibile per estrazione ac nucl 1 39 35 34 33 6 42 9 7 43 3 2 47 5 60 68 109 138 145 30 147 171 172 4 173 198 212 215 222 8 238 249 260 270 272 275 3+1 under revision 282 292 294

MITO 16B: CAMPIONI UTILIZZABILI CENTRO N. Pazienti N PAZIENTI con campione N PAZIENTI con campione elegibile per IHC N PAZIENTI con campione elegibile per estrazione ac nucl 305 2 320 61 46 40 32 344 6 4 353 1 360 363 3 1+2 under revision 365 8 7 366 368 27 13 380 396 5 447 459 462 497 498 499 560 2 under revision  2 under revision   587 603 608 610 624 625 626 627 10 9 628  2 under revision  629

MITO 16B: CAMPIONI UTILIZZABILI CENTRO N. Pazienti N PAZIENTI con campione N PAZIENTI con campione elegibile per IHC N PAZIENTI con campione elegibile per estrazione ac nucl 632 8 635 3 2 1 636 5 4 638 639 7 642 643 646 647 648 649 1 under revision  651 652 653 656 673 674 679 6 680 684 689 706 707 708 710 712 713 406 299 256 215 265 224

A che punto siamo… Revisione anatomo patologica: aggiornata ai casi ricevuti (9 paz in corso) Estrazione di DNA: aggiornata ai casi ricevuti e revisionati