POSTGENOMICA O GENOMICA FUNZIONALE Analisi della sequenza genomica per identificare geni, sequenze di controllo, e tutti gli altri elementi che contribuiscono all’espressione di geni specifici e del genoma nel suo insieme e Studio del trascrittoma: studio dei trascritti di una cellula per comprendere lo schema di espressione del genoma nel suo insieme Tecnica: microarray di espressione Studio della variabilità cellulare dell’espressione genica Tecnica: PCR quantitativa (RealTime PCR) Studio del proteoma: studio del contenuto proteico di una cellula per comprendere tutte le sue capacità biochimiche Tecnica: microarray di proteine
Analisi di una libreria di cDNA attraverso microarray Microarray: deposizione (“stampa”) su vetrino di materiale particolare di microscopiche gocce. Ogni spot è uno specifico cDNA ottenuto per PCR gene-specifica dopo trascrizione inversa. Assetto ordinato in griglie dell’ intera libreria di cDNA. Campione: estrazione di RNA cellulare, conversione a cDNA con marcatura con fluorescenza di tutti i cDNA (diversa fluorescenza per i diversi campioni cellulari) Ibridazione ed esame microarray secondo tipo cellulare un tipo cellulare
Studio del trascrittoma attraverso microarray con cDNA Esempio: valutazione dell’ espressione genica nel campione sperimentale trattato Esperimento Es: trattamento farmaco Esperimento: trattamento farmaco Immagine combinata controllo
Studio del trascrittoma attraverso chip a DNA Microarray ad alta densità con oligo sintetizzati in superficie (1 milione/cm2); Uno o più oligo corrispondono ad un DNA (gene) espresso
Studio del trascrittoma attraverso microarray con DNA
Studio del trascrittoma attraverso chip a DNA
Studio del trascrittoma attraverso chip a DNA Chip con 1046 cDNA Chip con 65000 oligonucleotidi rappresentante 1641 geni
Studio del proteoma La differenza tra due proteomi si può osservare confrontando lo schema delle macchie Purificazione proteina da gel Identificazione della composizione amminoacidica in funzione del rapporto tra massa e carica