Il DNA Trascrizione Traduzione Trascritto primario (pre-mRNA) mRNA cDNA Traduzione Precursore Proteina nativa

mRNA E SUE PRINCIPALI PROPRIETA’ L’mRNA prima di essere esportato nel citoplasma è sottoposto al processamento degli introni (splicing) e a modificazioni alle due estremità. L’RNA messaggero degli organismi eucariotici prima di essere esportato nel citoplasma è ampiamente modificato tramite il processamento delle sequenze introniche, non codificanti, e l’aggiunta all’estremità 5’ del CAP e al 3’ della coda di poly(A). Quest’ultima è una caratteristica molto importante per gli studi sull’espressione genica, essendo alla base di tutte le tecniche per lo studio dei trascritti genici.

The…OMICs technologies LIVELLI di ANALISI DEFINIZIONE METODO GENOMA Set completo dei geni Sequenziamento del DNA TRASCRITTOMA mRNA di una cellula o di un tessuto EST, Arrays 2D Elettroforesi Mass. Spectr. (MS) PROTEOMA Set completo delle proteine Set completo dei metaboliti METABOLOMA Risonanza magnetica Spettrometria

The…OMICs technologies LIVELLI di ANALISI DEFINIZIONE METODO Insieme dei fenotipi visualizzabili Popolazioni – progenie - mutagenesi Osservazione Misurazione Standardizzazione FENOTIPOMA INTERATTOMA Insieme delle interazioni proteina proteina di un sistema TWO-hybrid TAP (tandem affinity purification) Predictive interactomics

Functional Genomics gene by gene Sequenza FUNZIONE? “whole genome” Dalla specie modello alla specie coltivata FUNZIONE

Gene by Gene Approach 1. Bioinformatics: Protein Identity … 2. Expression Profiles (RT-PCR, Northern,…) 3. Gene Inactivation (antisense RNA, RNAi) 4. Ectopic expression (overexpression, …) 5. Interacting Proteins (immunoprecipitazione) 6. Protein localization (sub-cellular)

Whole genome Approach 1. Bioinformatics: Nucleotidic and Protein Identity 2. Expression Profiles (Microarray, gene-trap) 3. Gene Inactivation (TDNA Insertional mutagenesis, SALK) 4. Ectopic expression (activation-tagging …) 5. Interacting Proteins (TAP, two-hybrid) 6. Protein localization (sub-cellular)