Proteina DNA RNA Fenotipo Citoplasma Nucleo Regolazione trascrizionale post-trascrizionale Regolazione post-traduzionale Modulazione funzionale Stabilità Trasporto Maturazione Traduzione Modificazione
Double Dimension Protein Gel
Quantizzazione dell’espressione Organizzazione genica del genoma REGOLAZIONE GENICA Durante lo sviluppo In risposta a stimoli ambientali Ibridazione genomica comparativa Immunoprecipitazione della cromatina Screening di mutazioni DIAGNOSTICA Tessuti malati/tessuti sani Profili di espressione dei tumori
Total RNA Affinity purification mRNA Reverse transcription dNTP (33P, Cy3, Cy5, Biotin)
Reverse transcription SIGNAL AMPLIFICATION Affinity purification mRNA DENDRIMERS Reverse transcription SIGNAL AMPLIFICATION T7 promoter - poliT poliA Transcription cDNA Random primer Labeling T7 promoter
IMMAGINE FINALE COMPUTERIZZATA Software: “sovrapposizione” Controllo Condizione IMMAGINE FINALE COMPUTERIZZATA ANALISI DEI DATI Marcatura radioattiva biotina Microarrays NT Software: “sovrapposizione” e “normalizzazione” IRR
<<<<<<<<<<<<<<<<<< +1.99 -3 and less +3 and greater -1.99
DMP1497/2b rad53 YLL150 rad6 K699 wt TTR1 RNR2 RNR3 RNR4 HSP26 CUP1 NT 80 400 NT 80 NT 80 TTR1 RNR2 RNR3 RNR4 HSP26 CUP1 ADH1 ERG5 HHF1 28S
CUP1 NT 15' 30' 1h 2h 4h
K-mean clustering
DNA-protein Crosslink Lisi Frammentazione Immunopurificazione Identificazione DNA purificato
Transcriptional regulatory networks in Saccharomyces cerevisiae Transcriptional regulatory networks in Saccharomyces cerevisiae. Lee TI, Rinaldi NJ, Robert F, Odom DT, Bar-Joseph Z, Gerber GK, Hannett NM, Harbison CT, Thompson CM, Simon I, Zeitlinger J, Jennings EG, Murray HL, Gordon DB, Ren B, Wyrick JJ, Tagne JB, Volkert TL, Fraenkel E, Gifford DK, Young RA. Science 2002 Oct 25;298(5594):763-4