Case studies Reaxys.

Presentazione sul tema: "Case studies Reaxys."— Transcript della presentazione:

1 Case studies Reaxys

2 Esempio n. 1 Cercare delle sostanze che abbiano una
densità compresa tra 0,9-1,1 g/cm3 Viscosità compresa tra 0,2-0,12 Poise (g/cm*s) Tensione superficiale compresa tra dyn/cm Tutti questi parametri sono da considerarsi a 20° C DN.DEN=‘0,9-1,1’ PROXIMITY DEN.T=’20’ AND DV.DV between 0,2 and 0,12 PROXIMITY DV.T=’20’ AND ST.ST=’55-65’ PROXIMITY ST.T=’20’ Quindi ricercare la viscosità intesa come Dynamic viscosity e selezionare il range, in analogia a quanto fatto con la densità e impostare la temperatura Cercare ora i dati sulla tensione superficiale (Surface tension) utilizare l’operatore = e selezionare anche la temperatura Quindi lanciare la ricerca

3 Esempio n. 2 Cercare tutte le strutture bicicliche con le seguenti caratteristiche Anelli del tipo 6-6, 6-5, 5-5 Gli atomi possono essere C,N, O o S Possono essere anche aromatici

4 Esempio n. 3 Cerco informazioni sulla sublimazione di composti come in figura a pressione atmosferica Disegnare la struttura del composto, quindi nelle proprietà avanzate impostare la pressione di sublimazione a 760 mmHg

5 Esempio n. 4 Sintetizzare dei pirroli 4-eteroaril-3 sostituiti utilizzando come solvente l’etanolo, possibilmente con una resa superiore al 85%. Vorrei che almeno uno dei reagenti fosse disponibile per l’acquisto. Come si può fare?

6 Esempio n. 5 Identificazione di alcuni composti attivi come antimicobatterici, di derivazione naturale Recuperare degli spettri relativi alle stesse sostanze Come fare? Ricerca di spettri di farmaci

7 Esempio n. 6 La reazione thio-Michael porta alla formazione di legami carbonio-zolfo attraverso l’addizione dello zolfo nucleofilo sul centro elettrofilo di un alchene Molte molecole chirali contenenti legami C-S hanno dimostrato proprietà farmacologiche Cercare delle sintesi in ambiente acquoso con catalizzatori come b-ciclodestrina o albumina serica bovina Disegnare la reazione Effettuare la ricerca e applicare i filtri su solvente e catalizzatori Addizioni stereoselettive thio-Michael

8 Esempio n. 7 Cercare composti contenenti il Vanadio (V) IDE.MF=‘*V*’
Utilizzare la ricerca avanzata Tra le available properties utilizzare Identification Molecular formula (IDE.MF) Lookup per il simbolo del Vanadio

9 Esempio n. 8 Cercare composti naturali con proprietà antimalariche associate ad alcune piante Genus: Cunonia Dysoxylum Croton Garcinia Calophyllum Morinda Ricordarsi di cerrcare le varianti ortografiche, sostantivi, aggettivi… La proprietà antimalarica va ricercata in contiene PHARM.E = 'anti-malaria';'anti-malarial activity';'anti-malarial' ecc… L’origine natrale, all’interno dell’origine naturale, non limitarsi a cercare esiste, ma specificare “contiene” INP.INP = '*cunonia*' ; '*dysoxylum*' ; '*croton*' ; '*garcinia*' ; '*calophyllum*' ; '*morinda*‘ ecc….

10 Esempio n. 9 Trovare ligandi per il solco minore del DNA con bassi valori di IC50. Esistono composti isolati da fonti naturali? Questo quesito ha vari approcci possibili

11 Oppure effettuo tutta la ricerca nelle proprietà
Cerco nei basic Index BI.BISUB = 'minor' NEXT BI.BISUB = 'groove' PROXIMITY BI.BISUB = 'bind*'   Quindi applico il filtro sulle sostanze naturali Oppure effettuo tutta la ricerca nelle proprietà BI.BISUB = 'minor' NEXT BI.BISUB = 'groove' PROXIMITY BI.BISUB = 'bind*' PROXIMITY PHARM.TY = 'ic50’ Effettuare la ricerca partendo dalla letteratura e applicando i filtri Citation Basic Index: 'minor AND groove AND (bind* OR ligand*') filtered by Natural Product available filtered by Bioactivity Attenzione che queste ricerche rallentano il sistema (uso di asterischi). Può essere utile cercare poche cose alla volta e combinare i risultati delle varie riceche alla fine

12 Esempio n. 10 Cercare reazioni catalizzate da complessi cationici del Rodio (I). Un esempio di catalizzatore di questo genere è bis(1,5-cyclooctadiene)rhodium (I)

13 Disegnare la struttura da ricercare
Dopo aver disegnato la struttura nell’editor trasferirla nella schermata di ricerca

14 Applico al set di risultati il filtro sul catalizzatore
1 3 2 Applico al set di risultati il filtro sul catalizzatore Selezionare le caratteristiche del composto Impostare ulteriori filtri Lanciare la ricerca February 5, Slide 14

15 2. dettaglio dei risultati
Quando si esegue una ricerca per "similarity" i risultati vengono prima presentati in formato riassunto. 1. cliccare per vedere 2. dettaglio dei risultati 1 2 February 5, Slide 15

16 Esempio n. 11 Disegnare con l’editor di Reaxys la seguente struttura
Cercare i catalizzatori nel db che hanno questa struttura Questo legame si ottiene selezionandolo, tasto destro del mouse, edit bondany

17 Esempio n.12 Cercare le sostanze riportate all’interno di una lista di brevetti e da queste esportare i dati sugli enzimi con i valori di IC50

18 Una lista di brevetti si importa da un file di testo con il formato
CIT.PN=ep ;ep ;wo200/123113;us101004 Quindi Load Query/Batch dal file In questo modo vengono cercati i documenti desiderati Successivamente si selezionano i dati di interesse per l’output. Prima di fare l’output, selezionare i filtri di interesse sulla Bioactivity e su IC50

19 Esempio n. 13 Formazione di una catena di-n-propilamminoetilica su un anello condensato Vorresti cercare in Reaxys reazioni simili e vedere le procedure sperimentali e i dettagli di reazione, per trovare la sequenza migliore e più veloce per ottenere il tuo risultato.

20 Esempio n. 14 Disegnare un carbene -->Edit Atom -->Radical
-->Divalent Triplet ( for a triplet carbene)

21 Esempio n. 15 Ricercare sostanze con struttura trifluorometilbenzenica, che punto di fusione tra C° e spettro NMR con coupling nuclei 19F in solvente CDCl3 a 50MHz

22 Esempio n. 16 Cercare reazioni che danno come prodotto composti con sottostruttura spiro ossindolica. Analizzare le condizioni delle reazioni identificate ed eliminare quelle che hanno resa inferire a 60% e solvente basso bollente. Selezionare le reazione ad un unico step.