Analisi di sequenze Iniziamo con operazioni semplici... Il formato FASTA Uso di ReadSeq Esempi.

Presentazione sul tema: "Analisi di sequenze Iniziamo con operazioni semplici... Il formato FASTA Uso di ReadSeq Esempi."— Transcript della presentazione:

1 Analisi di sequenze Iniziamo con operazioni semplici... Il formato FASTA Uso di ReadSeq Esempi

2 Inverso complementare Uso di BCM Reverse Complement Esempi Analisi di sequenze

3 Traduzione Il codice genetico Senza sovrapposizione  triplette  codoni 20 amminoacidi e 4 nucleotidi  4, 4 2, 4 3 =64  piu’ parole del necessario  degenerazione (tutti i codoni hanno un significato  alcuni aa sono specificati da piu’ codoni. Numero di codoni per aa: da 1 a 6 Vacillamento nella terza posizione.

4 Es. Serina CodonetRNAanticodone UCU o UCCtRNAser1AGG + vacillamento UCA o UCGtRNAser2AGU + vacillamento AGU o AGCtRNAser3UCG + vacillamento Codoni di STOP:UAG, UGA e UAA Diversi codici genetici Codice genetico mitocondriale di animali AUA  Met invece di Ile UGA  Trp invece di STOP AGA e AGG  STOP invece di Arg (UAA, UAG, AGA, AGG) Altri codici in micoplasmi, protozoi e funghi.

5 Uso di BCM 6 frames translation

6 Mascheramento 25% del genoma degli eucarioti e formata da DNA altamente ripetitivo Ripetizioni in tandem, DNA a sequenza semplice (LCR regioni a bassa complessita’) Sequenza delle ripetizioni e’ specie specifica Primati: alpha satellite 340 basi Minisatellite (6 bp) telomeri Microsatellite (unita’<4 bp, <150 ripetizioni) Uso di BCM RepeatMasker