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Verifica della espressione dei geni predetti Al fine di verificare che i geni predetti siano effettivamente trascritti si può fare una ricerca in banca dati usando come sonda le putative sequenze di mRNA corrispondenti ai geni predetti. BLAST su mRNA partendo dal risultato di GENSCAN (utilizzando la sequenza fasta) chiedendo nella 'print option': predicted CDS and peptidesGENSCANfasta I matches devono mostrare un grado di identità superiore al 99%.
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Verifica della espressione dei geni predetti Nel caso non vengano osservati matches, possiamo effettuare la ricerca con la banca dati di sequenze EST. In questo caso conviene restringere la ricerca alle EST umane Usare il programma RepeatMasker per mascherare tutte le sequenze ripetute che potrebbero dare matches aspecifici.RepeatMasker Cercare utilizzando BLAST nella banca dati EST. Analizzare i risultati
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Verifica della espressione dei geni predetti Fare una ricerca sulla banca dati nr, partendo dalla sequenza dei CDS predetti da Genescan (BlastX) e dalla sequenza peptidica predetta. Suggerire altre ricerche da fare per cercare degli indizzi a livello funzionale?
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