Seminari degli studenti Divisione in gruppi di 3 (6) persone (ulteriormente suddivise in 3 coppie) Assegnazione di tre articoli originali per gruppo. Gli articoli sono divisi in tre tematiche (A, B, C) Ciascuno studente (coppia) del gruppo sceglie uno dei tre articoli da presentare in un breve seminario secondo un calendario prestabilito. Gli altri componenti del gruppo dovranno prepararsi a rispondere a domande (semplici) sull’articolo alla fine del seminario dei compagni di gruppo
VALUTAZIONE Seminario da 0 a 5 Domande ai componenti dello stesso gruppo di chi presenta (una per seminario) da 0 a 2 Esame finale da 8 a 21 Altri elementi che potranno contribuire al voto finale: 1) interventi durante la discussione dei seminari, 2) presenze
Letteratura scientifica articoli originali rassegne “reviews” libri di testo enciclopedia
INDICATORI BIBLIOMETRICI IMPACT FACTOR NATURE 25.814 SCIENCE 23.872 CELL 32.44 EMBO J 13.999 MOL CELL BIOL 9.666 J BIOL CHEM 7.368 EUR J BIOCHEM 2.852 CITATION INDEX Citazioni per anno Indice h
Genoteche e banche di cDNA
Trasferimento (blot)
Ibridazione
Western blot
Watson et al. , BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S. p Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005
Schema di Northern blot (Analisi di espressione)
Analisi di espressione (mRNA)
Altre tecniche di analisi Estensione del primer (primer extension) Protezione dalla S1/RNasi (mapping) RT-PCR RT-qPCR (Real time)
Estensione del primer (primer extension) mRNA totale Estensione del primer (primer extension) cap mRNA globina 3’ 5’ oligo antisenso marcato ibridazione estensione con RT Analisi dei frammenti estesi su gel di sequenza frammento protetto
Protezione da RNasi (RNase Protection)
Protezione da RNasi (RNase Protection) mRNA totale Protezione da RNasi (RNase Protection) cap mRNA globina 3’ 5’ sonda RNA antisenso ibridazione trattamento con RNasi Analisi dei frammenti protetti su gel di sequenza frammento protetto
Protezione da RNasi (RNase Protection)
(profilo trascrizionale) Microarray (profilo trascrizionale)
Profilo differenziale mediante microarray
Tecniche di analisi di interazione DNA(RNA)-Proteine Foot-printing EMSA (electrophoretic mobility shift assay) Chromatin immunoprecipitation (CHIP)
Analisi interazioni DNA-proteine: saggio di footprinting
Analisi interazioni DNA-proteine: saggio EMSA
Analisi interazioni DNA-proteine: saggio EMSA
Analisi interazioni DNA-proteine: saggio EMSA
Chromatin immunoprecipitation (Chip)
Chromatin immunoprecipitation (Chip)
Chip in lievito per Gal4 e Sug1 An example of a ChIP assay done in yeast using an antibodies raised against the gene-specific transcription factor Gal4 and the general transcription factor and proteasome constituent Sug1. Different PCR primers (amplifying DNA segments A-E) were employed to probe for the presence of the two proteins along the GAL1 gene under non-inducing (raffinose) or inducing (galactose) conditions. Gal4 is known to be localized to the promoter. Therefore, the ChIP signals in regions B and C for this protein reflect the presence of longer DNAs in the sample which are co-IP’d with Gal4 and amplify using the B and C region primers. This reflects the relatively low resolution of the ChIP assay. Sug1 is an elongation factor and is therefore found throughput the gene.
Coimmunoprecipitazione
Affinity co-purification (pull down)
CLIP (cross-linking immunoprecipitation)
CLIP seq By Bluewhale22 - Own work, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=31434082
Sistema dei due ibridi
Sistema dei due ibridi
Sistema dei tre ibridi
Sistemi (sperimentali) di espressione In vitro: - estratti cellulari In vivo: - cellule procariotiche - cellule eucariotiche in coltura - animali transgenici
Gene reporter
Vettori di clonaggio per lievito
Ricombinazione omologa
Watson et al. , BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S. p Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005
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Vettori episomali
Trasfezione di cellule in coltura Vettore Tipo vettori plasmidici transiente o stabile vettori virali transiente/stabile siRNA transiente
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CRISPR/Cas9 Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats/CRISPR associated system
CRISPR/Cas9 Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats/CRISPR associated system