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1 http://compgen. bio. unipd

2 Il Dogma Centrale della Biologia

3 I NUCLEOTIDI MACROMOLECOLE: GLI ACIDI NUCLEICI
Gli acidi nucleici sono polimeri di NUCLEOTIDI I nucleotidi svolgono anche altri ruoli importanti nelle cellule: ATP trasduttore di energia nelle reazioni biochimiche GTP fonte di energia nella sintesi delle proteine cAMP nucleotide essenziale nella trasduzione dei segnali intracellulari

4 MACROMOLECOLE: GLI ACIDI NUCLEICI
RNA DNA

5 APPAIAMENTO DELLE BASI COMPLEMENTARI
LA DOPPIA ELICA A DOPPIO FILAMENTO DIAMETRO UNIFORME DESTRORSA ANTIPARALLELA APPAIAMENTO DELLE BASI COMPLEMENTARI

6 LA REPLICAZIONE DEL DNA
Durante la sintesi del DNA (replicazione) i due filamenti che costituiscono l’elica vengono srotolati da un enzima (elicasi) e ciascuno dei due filamenti fa da stampo per la sintesi di un filamento ad esso complementare Le due eliche di DNA generate dalla replicazione hanno sequenza identica all’elica originaria e contengono ciascuna un solo filamento presente nella doppia elica parentale L’enzima che catalizza la sintesi di nuovi nucleotidi e’ la DNA polimerasi La replicazione inizia da punti specifici, le origini di replicazione, in corrispondenza dei quali inizia l’apertura delle due eliche (forchetta di replicazione)

7 LA REPLICAZIONE DEL DNA
La polimerizzazione del DNA avviene sempre in direzione 5’-3’: i nucleotidi vengono aggiunti sempre all’estremita’ 3’-OH del filamento che si sta sintetizzando come copia del filamento stampo

8 LA REPLICAZIONE DEL DNA
La polimerizzazione del DNA avviene sempre in direzione 5’-3’ L’elicasi si muove in una sola direzione, srotolando progressivamente l’elica I due filamenti antiparalleli non possono essere duplicati nello stesso modo uno puo’ essere sintetizzato nella stessa direzione in cui si muove l’elicasi, in direzione 5’-3’ (filamento guida) l’altro non possiede un gruppo ossidrile 3’ al punto di biforcazione, non puo’ essere sintetizzato in maniera continua, in direzione 3’-5’ (filamento in ritardo), seguendo l’elicasi 5’ 3’ direzione elicasi ? 5’

9 LA REPLICAZIONE DEL DNA
Il filamento in ritardo viene invece sintetizzato in direzione opposta a quella in cui si muove la forchetta di replicazione, mediante la sintesi progressiva di una serie di piccoli frammenti (frammenti di Okazaki), ciascuno polimerizzato in direzione 5’-3’ le estremita’ dei frammenti di Okazaki vengono ricongiunte mediante formazione di legami covalenti ad opera dell’enzima DNA ligasi 5’ 3’ direzione elicasi

10 LA REPLICAZIONE DEL DNA

11 LA REPLICAZIONE DEL DNA
Oltre la parte piu’ estrema di un filamento di DNA non c’e’ piu’ spazio per la sintesi di un innesco! Quindi la replicazione del DNA rimane incompleta, ovvero un frammento terminale di un cromosoma resta a singola elica a questo ovvia la replicazione dei telomeri ad opera dell’enzima telomerasi, che utilizza come stampo un RNA parte dell’enzima stesso La telomerasi nei mammiferi e’ attiva solo nelle cellule embrionali, staminali, cancerose e nei linfociti. Sempre attiva negli animali a crescita indefinita 

12 IL DNA ED I CROMOSOMI Different levels of DNA condensation.
Double-strand DNA. Chromatin strand (DNA with histones). Chromatin during interphase with centromere. Condensed chromatin during prophase. (Two copies of the DNA molecule are now present) Chromosome during metaphase.

13 Cromosomi umani condensati

14 Proteine associate al DNA
Istoni: sono le proteine + abbondanti nei cromosomi. Il loro ruolo è di legarsi al DNA cromosomico carico negativamente, infatti sono proteine molto basiche (25% LYS ed ARG) 5 tipi di istoni sono associati al DNA eucariotico (H1, H2A, H2B, H3 ed H4). Sono tra le proteine più altamente conservate (un solo aa di differenza in H3 di riccio di mare e vitello!). Proteine non istoniche: ne esistono di diversi tipi; alcune hanno ruolo strutturale, altre sono implicate nella regolazione dell’espressione genica (per es. RNA polimerasi). Al contrario degli istoni differiscono notevolmente in numero e tipo, tra un tipo cellulare ed un altro entro un organismo, in momenti diversi nello stesso tipo cellulare ed in organismi diversi.

15 Compattazione del DNA nel nucleo
Nucleosoma: è la struttura fondamentale della cromatina Fibra di cromatina di 30 nm (avvolgimenti destrorsi impilati della “collana di perle”) 11 nm 200 bp = 145 bp avvolte + 55 bp di DNA linker

16 Compattazione del DNA nel nucleo
Domini ad anse 300 nm

17 TRASCRIZIONE DEL DNA, TRADUZIONE DELL’RNA

18 TRASCRIZIONE DEL DNA, TRADUZIONE DELL’RNA
L’espressione dell’informazione genica segue il PRINCIPIO DI COLINEARITA’

19 ESPRESSIONE GENICA Solo una frazione molto piccola del DNA presente nelle cellule viene trascritta A seconda delle loro necessita’, le cellule trascrivono specifici segmenti del DNA genomico (I GENI), sintetizzando molecole di RNA che hanno la stessa sequenza dei segmenti trascritti Parte di questi RNA e’ codificante per proteine, cioe’ e’ in grado di specificare la sequenza amminoacidica di una data proteina negli Eucarioti, gli RNA codificanti, prima di essere tradotti, vengono modificati (trascritto primario -> trascritto maturo) altri RNA hanno ruolo funzionale e con sono codificanti

20 TRASCRIZIONE Viene trascritto solo uno dei due strand

21 TRASCRIZIONE INIZIO DELLA TRASCRIZIONE
Il promotore indica alla polimerasi: dove iniziare la trascrizione quale filamento leggere la direzione da prendere

22 TRASCRIZIONE 2) ALLUNGAMENTO DEL TRASCRITTO 3) TERMINAZIONE

23 Terminazione della trascr. - Palidromi/forcine
I segnali di terminazione sono nella sequenza di DNA, ma espletano la loro funzione solo quando sono trascritti in mRNA Inducono l’RNA di nuova sintesi ad assumere una struttura secondaria (generalmente delle forcine di terminazione) tale da far staccare la polimerasi

24 Animazione TRASCRIZIONE

25 IL GENE

26 MATURAZIONE DELL’RNA dal trascritto primario al messaggero maturo
Gene eucariotico con due introni

27 MATURAZIONE DELL’RNA dal trascritto primario al messaggero maturo
MODIFICAZIONI PRINCIPALI Aggiunta di una guanosina modificata all’estremita’ 5’ con un legame 5’-5’ che forma un gruppo terminale detto CAP, necessario al legame dell’mRNA ai ribosomi ed all’inizio della traduzione. Aggiunta di una sequenza di adenosine (coda di poli-A) all’estremita’ 3’ del trascritto, con funzione stabilizzante del messaggero. Rimozione delle regioni introniche mediante splicing, processo che consiste nel taglio delle regioni introniche e nella giunzione degli elementi esonici, a formare l’mRNA maturo.

28 TRADUZIONE La traduzione e’ il processo con cui viene sintetizzata un data proteina, attraverso reazioni chimiche di polimerizzazione di amminoacidi, in una sequenza dipendente dall’informazione contenuta nella sequenza di basi dell’mRNA corrispondente. L’apparato cellulare per la traduzione comprende le seguenti componenti, localizzate nel citoplasma: RNA messaggero Ribosomi, complessi enzimatici ribonucleopreoteici RNA transfer (tRNA), molecole adattatore che legano ciascuno uno specifico amminoacido e riconoscono uno specifico codone Amminoacil-tRNA sintetasi, enzimi che catalizzano il caricamento dei tRNA (amminoacilazione) Diversi fattori di inizio, di allungamento e di terminazione della sintesi proteica

29 I RIBOSOMI Grandi complessi di RNA ribosomiale e proteine, specializzati nella sintesi di proteine, ovvero nella traduzione degli RNA messaggeri, che avviene nel citoplasma. Sono formati da due subunita’, tra le quali si trova un “canale” al cui interno scorre l’RNA messaggero.

30 I RIBOSOMI

31 I RIBOSOMI Nelle cellule eucariotiche si trovano:
ribosomi adesi al reticolo endoplasmatico; ribosomi liberi nel citoplasma, che sintetizzano le proteine che rimangono nella cellula (proteine citoplasmatiche strutturali e funzionali) Ribosomi di mitocondri e cloroplasti, organuli che sono in grado di sintetizzare proteine

32 I RIBOSOMI

33 TRADUZIONE Met Leu Gly

34 Il CODICE GENETICO

35 tRNA

36 Caricamento di un tRNA Reazioni:
amino acid + ATP → aminoacyl-AMP + PPi (attivazione AA) aminoacyl-AMP + tRNA → aminoacyl-tRNA + AMP (caricamento sullo specifico tRNA)

37 TRADUZIONE INIZIO

38 TRADUZIONE ALLUNGAMENTO

39 TRADUZIONE TERMINAZIONE

40 Animazioni TRADUZIONE

41 Materiale integrativo per autoapprendimento

42 IL DNA E’ IL MATERIALE GENETICO
Sin dall’inizio del ‘900 era noto che i determinanti delle caratteristiche ereditarie, detti geni, risiedessero nei cromosomi Al microscopio erano osservabili il nucleo cellulare, e la meccanica dei cromosomi durante la divisione cellulare, la gametogenesi e la fecondazione Dagli anni ’20 era noto che i cromosomi erano costituiti di DNA e proteine Il DNA appariva semplice, privo di variabilita’, mentre le proteine erano note come una categoria di molecole molto diverse tra loro

43 IL DNA E’ IL MATERIALE GENETICO
La dimostrazione scientifica del fatto che il DNA sia materiale genetico venne da un esperimento di Frederick Griffit ed altri successivi che dimostrarono che il DNA poteva agire da principio trasformante … Streptococcus pneumoniae In seguito, Avery e coll. dimostrarono che il DNA era il principio trasformante trattando campioni contenenti lisati acellulari di cellule S uccise in modo da degradare selettivamente proteine, DNA , carboidrati e lipidi. Solo distruggendo il DNA si perdeva la capacità trasformante

44 IL DNA E’ IL MATERIALE GENETICO
Esperimenti di Hershey e Chase (1952) sulla replicazione virale: Utilizzando batteriofagi T2 marcati con 35S o 32P dimostrarono che era il DNA virale ad entrare nelle cellule batteriche ospiti e a modificarne il programma genetico

45 IL DNA E’ IL MATERIALE GENETICO
35S (proteine marcate) 32P (DNA marcato)

46 IL DNA E’ IL MATERIALE GENETICO
La composizione chimica del DNA era nota a meta’ del secolo scorso Inoltre era stato osservato che, in tutti i campioni considerati era valida la regola di Chargraff (A=T, C=G, A+G = T+C) La struttura del DNA fu determinata mediante cristallografia ai raggi X. Watson e Crick descrissero la struttura della doppia elica del DNA nel 1953.

47 LA REPLICAZIONE DEL DNA
POSSIBILI IPOTESI ALTERNATIVE

48 LA REPLICAZIONE DEL DNA
Replicazione Semiconservativa (Meselson e Stahl, 1957)

49 LA REPLICAZIONE DEL DNA
Le DNA polimerasi DNA-dipendenti sono gli enzimi responsabili della sintesi di polideossinucleotidi in direzione 5’-3’ Esse necessitano sempre di un filamento primer (innesco) per iniziare la sintesi, ovvero sono in grado di aggiungere nucleotidi ad un 3’-OH per dare inizio alla sintesi del DNA sono necessari primer a RNA, sintetizzati dall’enzima RNA primasi DNA stampo RNA primer 5’ 3’-OH Nuovo filamento di DNA

50 LA REPLICAZIONE DEL DNA
filamento guida

51 LA REPLICAZIONE DEL DNA
filamento in ritardo

52 LA RIPARAZIONE DEL DNA La sequenza del DNA deve essere mantenuta costante con il procedere delle generazioni cellulari Mutazioni nella sequenza del DNA possono avere conseguenze devastanti Tuttavia il DNA e’ soggetto ad errori di replicazione, poiche’ il meccanismo e’ ad alta fedelta’ ma non perfetto, ed e’ soggetto a danni, dovuti all’azione di agenti ambientali fisici o chimici: radiazioni ionizzanti luce ultravioletta composti mutageni (agenti alchilanti, …)

53 LA RIPARAZIONE DEL DNA Le cellule normali sono dotate di tutta una serie di meccanismi per la rilevazione di errori (incorporazione di nucleotidi errati) e danni al DNA (depurinazione, deaminazione, alchilazione, …) e per la riparazione del DNA difetti nel sistema di rilevazione o di riparazione del DNA causano tumori e patologie genetiche Xeroderma Pigmentoso Ataxia teleangiectasia Breast cancer BRCA1 e 2

54 LA RIPARAZIONE DEL DNA Le DNA polimerasi DNA-dipendenti hanno anche attivita’ esonucleasica e di correzione di bozze

55 Struttura dei cromosomi
Cromatina: Eterocromatina regioni cromosomiche sempre altamente condensate, che appaiono scure in tutte le fasi del ciclo cellulare; spesso adiacenti ai centromeri o ai telomeri; contengono DNA ripetitivo; povere in geni e poco trascritte. Eucromatina regioni cromosomiche condensate solo durante la mitosi e la meiosi; ricche in geni ed attivamente trascritte.

56 Struttura dei cromosomi
Centromeri: sono le costrizioni primarie, le regioni di associazione tra i cromatidi fratelli essenziali per la segregazione dei cromosomi durante la divisione cellulare (i frammenti acentrici vengono persi) il cinetocore e’ il complesso proteico ponte tra centromero e microtubuli del fuso mitotico le sequenze centromeriche sono sequenze di DNA ripetitivo, nei mammiferi uno dei componenti principali dei centromeri e’ il DNA α-satellite esistono proteine che sono in grado di associarsi in maniera specifica alle sequenze del DNA centromerico

57 Struttura dei cromosomi
Telomeri: regioni terminali dei cromosomi, composte di DNA altamente ripetuto, non codificante. Strutture specializzate costituite da DNA e proteine che “incappucciano” le estremità dei cromosomi eucariotici. Hanno diverse funzioni: Mantenimento dell’integrità strutturale; Assicurare la replicazione dell’intero DNA; Preservare l’architettura 3D del nucleo. Origini di replicazione: ARS (Autonomously Replicating Sequences) sono sequenze in grado di dare inizio alla replicazione del DNA. Ad esse si legano proteine che formano il complesso di pre-replicazione, in grado di reclutare le proteine coinvolte nella replicazione del DNA. Negli Eucarioti ci sono diverse ARS per cromosoma.

58 GLI ENZIMI DELLA TRASCRIZIONE EUCARIOTICI
L’enzima che sintetizza RNA copiando DNA e’ una RNA polimerasi DNA-dipendente. Negli Eucarioti esistono tre diverse RNA polimerasi, che trascrivono categorie distinte di geni: RNA polimerasi I -> rRNA 28S, 18S, 5,8S RNA polimerasi II -> RNA cod. polipeptidi, snRNA, miRNA RNA polimerasi III -> rRNA 5S, tRNA, + altri piccoli RNA L’enzima RNA polimerasi trascrive il DNA ma non e’ in grado, da sola, di iniziare il processo di trascrizione, ne’ di scegliere l’esatto sito d’inizio della trascrizione (TSS)

59 ESPRESSIONE GENICA - PROMOTORI
La regione di DNA prossimale alla parte trascritta del gene (promotore) contiene una serie di sequenze segnale che vengono riconosciute da specifici fattori di trascrizione che interagiscono con l’RNA polimerasi, permettendone il corretto posizionamento e favorendo l’inizio della trascrizione. I promotori per la RNA polimerasi II generalmente comprendono: uno o piu’ dei seguenti elementi di sequenza riconosciuti da fattori di trascrizione generali: TATA box, seq. TATAAA, -25 al TSS, determina il TSS GC box, seq. GGGCGG, presente in geni housekeeping CAAT box, -80 al TSS, influenza il livello di trascrizione Altri elementi di sequenza riconosciuti da fattori di trascrizione tessuto-specifici, ad es.: CRE (elemento di risposa al cAMP), seq. GTGACGT(A/C)A(A/G)

60 SCELTA DEL SITO D’INIZIO DELLA TRASCRIZIONE
Il RUOLO DEL PROMOTORE

61 ESPRESSIONE GENICA Oltre ai promotori, esistono nel genoma altri tipi di sequenze che regolano l’espressione genica: ENHANCERS, regioni potenziatrici dell’espressione, composte di piu’ elementi di sequenza leganti fattori di trascrizione. Questi possono agire su piu’ geni, a distanza variabile ed in entrambi gli orientamenti SILENCERS, elementi silenziatori, possono inibire l’attivita’ trascrizionale INSULATORS, elementi che agiscono da isolanti, delimitando e separando le zone di influenza di altri elementi

62 Il ruolo dell’RNA nella sintesi proteica

63 TRADUZIONE

64 TRAFFICO DELLE PROTEINE

65 MODIFICAZIONI POST-TRADUZIONALI